Diện tích lúa, rau màu bị gãy đổ gần 300 ha; trong đó, Hải Dương 200 ha, Yên Bái 77,49 ha, Thái Bình trên 20.000 ha.
Hiện khu vực Bắc Trung Bộ chưa ghi nhận việc ngập úng. Tuy nhiên, nếu lượng mưa lớn như dự báo, diện tích bị ngập khoảng 10.000 - 15.000 ha vùng trũng thấp khu vực Bắc sông Mã, Nam sông Chu thuộc tỉnh Thanh Hóa, vùng hạ du sông Cả thuộc tỉnh Nghệ An.
Hiện các diện canh tác lúa trong khu vực hầu hết ở giai đoạn làm đòng, nguy cơ cao bị thiệt hại khi gặp gió lớn và bị ngập úng; thời điểm mưa lớn trong thời gian triều kém nên khả năng tiêu thoát tự chảy không tốt.
Các địa phương khu vực Bắc Bộ tính đến 15h ngày 7/9 các địa phương hiện đang vận hành 130 trạm với 339 máy để tiêu nước.
Hiện tại, trên hệ thống thủy lợi Bắc Nam Hà, lượng mưa trong hệ thống không lớn. Đơn vị quản lý đang vận hành các trạm bơm Cốc Thành 5 máy, Sông Chanh 10 máy, Vĩnh Trị 2 máy, Cổ Đam 2 máy, Nhâm Tràng 1 máy, Hữu Bị 4 máy để tiêu nước.
Trên hệ thống thủy lợi Bắc Hưng Hải, tính đến 15h ngày 7/9, mực nước tại thượng lưu các điểm chốt thấp hơn mực nước tiêu thiết kế từ 0,78 - 1,48 m.
Tại khu vực Bắc Trung Bộ, tỉnh Thanh Hóa đang vận hành 5 trạm bơm, 15 cống tiêu lớn (Bộ Đầu, Ngọc Đỉnh, Thành Châu, Lộc Động, Cống Nguyễn, Bái Trung, Cống T2,T3, Cống Na, Tứ Thôn, Mộng Giường, Âu Mỹ Quan Trang, Âu Báo Văn,...).
Về tình hình các hồ chứa thủy lợi, tại khu vực Bắc Bộ, dung tích bình quân của các hồ đạt từ 80 - 96% dung tích thiết kế. Các hồ đang vận hành xả tràn là hồ Tràng Vinh, hồ Yên Lập, hồ Chúc Bài Sơn (Quảng Ninh), hồ Núi Cốc (Thái Nguyên). Các hồ chứa lớn như: hồ Núi Cốc, hồ Đại Lải, hồ Cấm Sơn cũng đang vận hành xả, mực nước hiện đạt từ 88 - 95% dung tích thiết kế.
Tại khu vực Bắc Trung Bộ, dung tích bình quân của các hồ chứa thủy lợi đạt từ 43 - 65% dung tích thiết kế. Hồ Tả Trạch (Thừa Thiên - Huế) đang tiếp tục vận hành xả tràn.
Theo Cục Thủy lợi, các tỉnh, thành phố vùng ảnh hưởng lớn của bão như: Quảng Ninh, Hải Phòng, Hải Dương đang khẩn trương khắc phục hậu quả do bão (mất điện, hư hỏng hạ tầng..). Lãnh đạo các tỉnh đã chỉ đạo khẩn trương khắc phục sự cố để vận hành tiêu nước ngay khi điều kiện cho phép.
Cục Thủy lợi đề nghị các địa phương, đơn vị khai thác công trình thủy lợi tăng cường trực ban, theo dõi tình hình mưa bão từ Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia để cập nhật chính xác tình hình mưa và điều kiện thủy văn. Các đơn vị tiếp tục rà soát tình trạng sẵn sàng vận hành của công trình thủy lợi tiêu úng, bảo đảm không để xảy ra sự cố do chủ quan, bố trí nhân lực, nguyên vật liệu đầy đủ, bảo đảm vận hành công trình.
Đối với các địa phương xảy ra mưa lớn, khẩn trương vận hành công trình thủy lợi để tiêu úng, bảo đảm giảm thiếu tối đa thiệt hại do mưa lớn gây ra.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các địa phương đã kiểm đếm, hướng dẫn cho 51.319 tàu cá/219.913 người; toàn bộ tàu thuyền đã vào nơi tránh trú. Các tỉnh, thành phố từ Quảng Ninh - Nghệ An và Quảng Bình đã cấm biển. Đã sơ tán 52.979 người trên lồng bè, chòi canh nuôi thuỷ sản, trong các nhà yếu đến nơi an toàn.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị các địa phương duy trì nghiêm lệnh cấm biển; kiên quyết không để người dân quay trở lại trên tàu cá, các lồng, bè, chòi canh khi bão đổ bộ; đồng thời đảm bảo an ninh, an toàn cho khu sơ tán dân, cũng như nơi neo đậu tàu thuyền, lồng bè.
Đối với vùng đồng bằng, ven biển, kiên quyết cấm đường đối với khu vực ven biển đến 20h ngày 7/9.
Do các tuyến đê biển từ Quảng Ninh đến Ninh Bình được thiết kế chống bão cấp 9, cấp 10, triều 5% nên có nguy cơ mất an toàn khi bão đổ bộ; sẵn sàng lực lượng, vật tư, phương tiện để ứng phó khi có tình huống xấu xảy ra.
Đối với miền núi phía Bắc, các địa phương triển khai lực lượng xung kích kiểm tra, rà soát các khu dân cư ven sông, suối, khu vực thấp trũng, có nguy cơ cao xảy ra ngập lụt, lũ quét, sạt lở đất để chủ động di dời, sơ tán người dân đến nơi an toàn. Cùng với đó là tổ chức lực lượng canh gác, kiểm soát giao thông tại các ngầm, tràn, khu vực ngập sâu, có nguy cơ xảy ra sạt lở; kiên quyết không cho người và phương tiện qua lại nếu không bảo đảm an toàn...
Theo thông tin từ Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia, do tác động của cơn bão số 3, khu vực Đông Bắc Bộ và Thanh Hóa từ chiều ngày 7/9 đến hết đêm 7/9 có mưa to đến rất to với lượng mưa phổ biến 100 - 250 mm, cục bộ có nơi trên 400 mm; ngày và đêm 8/9, có mưa vừa, có nơi mưa to và dông với lượng mưa phổ biến 20 - 60 mm, có nơi trên 150 mm.
Phía Tây Bắc Bộ, từ chiều ngày 7/9 đến sáng ngày 9/9, có mưa to đến rất to với lượng mưa phổ biến 100 - 300 mm, cục bộ có nơi trên 450 mm.