Qua đó cho thấy, trong phạm vi thu hồi đất để thực hiện dự án (thuộc địa bàn thành phố Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai) có hơn 1.120 căn nhà tại gần 700 thửa đất. Trong tổng số hơn 1.120 căn nhà nêu trên có gần 800 căn xây dựng trên các thửa đất nông nghiệp, số còn lại là nhà xây dựng trên các thửa đất đa mục đích (đất ở đô thị, đất nông nghiệp) và đất ở đô thị.
Hiện Ban Bồi thường đã chuyển kết quả kiểm đếm đất đai, tài sản cho chính quyền các địa phương xác nhận nguồn gốc đất. Đến nay, các địa phương đã xác nhận gần 430 thửa đất có hàng loạt trường hợp xây nhà trên đất nông nghiệp trước ngày 1/7/2014 (thời điểm Luật Đất đai 2013 có hiệu lực) và xây sau ngày 1/7/2014 đến trước thời điểm thông báo thu hồi đất để triển khai dự án.
Theo luật định, nếu giấy chứng nhận quyền sử dụng đất là đất nông nghiệp thì khi thu hồi đất Nhà nước sẽ đền bù đất nông nghiệp. Tuy nhiên ở Đồng Nai, do yếu tố lịch sử, đông lao động nhập cư, để đảm bảo quyền lợi cho người dân, tỉnh quy định với nhà ở trên đất nông nghiệp nếu xây dựng trước ngày Luật Đất đai 2013 có hiệu lực vẫn được đền bù nhà (bố trí tái định cư), còn xây dựng sau thời điểm Luật Đất đai 2013 có hiệu lực thì được hỗ trợ.
Tình trạng xây nhà trên đất nông nghiệp (ở thành phố Biên Hòa) trong phạm vi dự án cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu là vấn đề dư luận rất quan tâm bởi liên quan đến bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất, dễ phát sinh khiếu nại. Ngành chức năng Đồng Nai sẽ căn cứ quy định pháp luật nhằm đảm bảo lợi ích hợp pháp của người dân nhường đất phục vụ dự án. Tỉnh đang tính toán phương án ưu tiên, hỗ trợ người có nhà trên đất nhưng không đủ điều kiện bố trí tái định cư được mua nhà ở xã hội.
Cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu dài gần 54 km, từ Đồng Nai đến Bà Rịa - Vũng Tàu, trong đó đoạn qua Đồng Nai dài hơn 34 km, được chia làm 2 dự án thành phần (thành phần 1, thành phần 2). Để thực hiện dự án, ngành chức năng cần thu hồi đất của khoảng 3.500 hộ ở thành phố Biên Hòa và huyện Long Thành. Việc thu hồi đất tại dự án thành phần 1 do Ban Bồi thường đảm nhận, dự án thành phần 2 do huyện Long Thành thực hiện.