Theo ông Nguyễn Trí Ngọc, Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư ký, Tổng hội Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam kiến nghị sửa Luật 71/2014/QH13 (phần liên quan đến mặt hàng phân bón), trong đó chuyển phân bón sang mặt hàng chịu thuế VAT 5%. Bên cạnh đó, Tổng hội cũng kiến nghị sử dụng các công cụ chính sách để điều tiết, bình ổn giá phân bón; tăng cường các chính sách hỗ trợ người nông dân chuyển đổi phương thức sản xuất nông nghiệp bền vững, sử dụng phân bón hiệu quả, giảm chi phí phân bón.
Ông Nguyễn Trí Ngọc cho biết, kiến nghị chuyển phân bón sang mặt hàng chịu thuế VAT 5% này được đưa ra dựa trên kết quả toạ đàm mới đây giữa Tổng hội với các chuyên gia đầu ngành của Hiệp hội Phân bón Việt Nam, Cơ quan Phát triển Quốc tế Hoa Kỳ (USAID), Hội Tư vấn thuế Việt Nam và nhất là kết quả phân tích định lượng cụ thể của Dự án Tăng cường Năng lực cạnh tranh khu vực tư nhân Việt Nam (USAID IPSC).
Phân tích định lượng này dựa trên nghiên cứu các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước đại diện của các chủng loại phân bón (đạm ure DAP, lân, NPK) như: Phân bón Mau, phân bón Phú Mỹ, Đạm Hà Bắc, DAP Hải Phòng, Phân bón Bình Điền, Supe Lâm Thao, Phân lân Văn Điển, Phân lân Ninh Bình, Phân bón miền Nam)-nhóm doanh nghiệp sản xuất phân bón chiếm thị gần 60% tổng sản lượng tiêu thụ trong nước. Theo phân tích này, đối với người nông dân sử dụng chủ yếu phân bón trong nước, giá bán các loại phân bón giữ nguyên hoặc giảm, sẽ giúp chi phí sử dụng phân bón trong nước ước giảm 453 tỷ đồng.
Cũng phân tích cho thấy, đối với doanh nghiệp sản xuất ure, định lượng tác động của việc áp thuế VAT 5% với mặt hàng phân bón nói chung sẽ khiến giá bán sản phẩm ure có dư địa giảm 2% do các doanh nghiệp sản xuất phân ure sẽ được khấu trừ VAT đầu vào lên tới 9,3%. Đối với doanh nghiệp sản xuất phân DAP, giá bán thành phẩm có dư địa giảm 1,13% do được khấu trừ thuế VAT đầu vào ở mức 8,1%. Với doanh nghiệp sản xuất phân lân, giá bán thành phẩm có dư địa giảm 0,87%, do được khấu trừ thuế VAT đầu vào 7,7%. Duy chỉ có giá bán sản phẩm NPK có thể tăng không đáng kể 0,09% hoặc giữ nguyên.
Nghiên cứu này cũng cho thấy, khi được áp thuế VAT đầu ra, doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước sẽ được khấu trừ thuế VAT đầu vào, từ đó giảm áp lực khi đầu tư, sửa chữa máy móc thiết bị, đầu tư công nghệ mới, xanh hóa sản xuất.
Đối với với những doanh nghiệp nhập khẩu phân bón, giá bán sản phẩm có thể tăng 5%, do thuế nhập khẩu nhiều sản phẩm phân bón đang áp dụng ở mức 0% nên sẽ không có thuế đầu vào để khấu trừ.
Đối với Nhà nước, nếu áp thuế VAT 5% với mặt hàng phân bón, thu ngân sách Nhà nước sẽ tăng thêm 1.541 tỷ đồng, do thu thuế VAT đầu ra của phân bón lên tới 6.225 tỷ đồng, khấu trừ thuế VAT đầu vào là 4.713 tỷ đồng.
Đối với nông dân, giá ure, DAP và lân sản xuất trong nước có thể giảm, giá NPK có thể tăng không đáng kể, hoặc giữ nguyên. Trong khi đó, giá Urê, DAP, NPK nhập khẩu có thể tăng. Như vậy, phân bón sản xuất trong nước sẽ có thêm lợi thế cạnh tranh về giá so với các sản phẩm nhập khẩu.
Hiện Việt Nam phải nhập khẩu DAP 64 do trong nước chưa sản xuất được, để đáp ứng nhu cầu này trong tương lai cạnh tranh với hàng nhập khẩu, USAID IPSC nhìn nhận việc được khấu trừ thuế VAT sẽ giúp doanh nghiệp nâng cấp công nghệ mang tính chiều sâu trong bối cảnh đa phần các nhà máy sản xuất phân ure ở Việt Nam đều có tuổi đời xây dựng trên 10 năm.
Với kết quả nghiên cứu định lượng, USAID IPSC đã đề xuất áp dụng thuế VAT đối với phân bón cần dựa trên tầm nhìn dài hạn, hướng đến sự phát triển bền vững ngành sản xuất phân bón trong nước, và sự phát triển bền vững của ngành nông nghiệp, tạo môi trường thuế bình đẳng giữa nhà sản xuất phân bón trong nước và nhà nhập khẩu phân bón, loại trừ cạnh tranh bất lợi cho sản xuất nội địa; tạo nền tảng giảm giá phân bón, giảm chi phí phân bón cho người sản xuất nông nghiệp.
Về phía Hội Tư vấn thuế Việt Nam, Phó Chủ tịch Nguyễn Đình Cư cũng cho biết, với phương án áp thuế VAT 5% với phân bón, lợi nhuận doanh nghiệp sẽ tăng lên đúng bằng số thuế được khấu trừ, trong khi người nông dân không phải chịu tác động làm tăng chi phí sản xuất khi sử dụng phân bón trong nước, thậm chí có thể giảm đi, bởi nhà sản xuất trong nước được hoàn thuế đầu vào, có cơ sở giảm chi phí sản xuất.
Theo Luật Thuế giá trị gia tăng số 57/1997/L-CTN năm 1997, phân bón thuộc đối tượng chịu thuế GTGT 5%. Theo Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008, Điều 8-Thuế suất, khoản 2, điểm 2.b, phân bón áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 5%. Năm 2015, theo Luật Thuế GTGT số 71: Phân bón thuộc diện không chịu thuế VAT. Từ khi Luật Thuế 71 có hiệu lực đến nay không có đánh giá định lượng về ảnh hưởng của Luật 71 đến giá phân bón cũng như ảnh hưởng đến người tiêu dùng.
Ngày 18/12/2023, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã biểu quyết với 100% tán thành bổ sung vào chương trình xây dựng luật, pháp lệnh năm 2024 đối với Dự án Luật thuế giá trị gia tăng (sửa đổi) trình Quốc hội cho ý kiến tại kỳ họp thứ 7, thông qua tại kỳ họp thứ 8. Ngày 17/6/2024, Quốc hội đã nghe tờ trình về sửa đổi Luật Thuế giá trị gia tăng do Bộ trưởng Bộ Tài chính thừa ủy quyền Chính phủ trình bày. Theo nội dung tờ trình Chính phủ đề xuất đưa phân bón vào diện chịu thuế VAT ở mức 5%.
Việc đưa mặt hàng phân bón vào diện chịu thuế VAT 5% là phù hợp với bản chất của thuế VAT trên cơ sở kiểm soát chặt chẽ giữa thuế VAT đầu vào và thuế VAT đầu ra. Việc này cũng phù hợp với chủ trương chung của Việt Nam khi sửa đổi luật thuế VAT (mở rộng phạm vi chịu thuế để đảm bảo tính hệ thống). Ngoài ra, Việt Nam áp dụng thuế VAT 5% với mặt hàng phân bón sẽ phù hợp với xu hướng quốc tế và thấp hơn thuế suất thuế VAT của các nước đang áp dụng trên thế giới, Phó Chủ tịch kiêm Tổng Thư ký, Tổng hội Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam kiến nghị.