UBND tỉnh Đồng Nai cho rằng, Sở Tài nguyên và Môi trường xác định thẩm quyền của UBND tỉnh cho phép thực hiện khai thác khoáng sản làm vật liệu san lấp tại khu vực quy hoạch nhà ga T3, sân bay Long Thành để thi công cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu nhưng chưa đối chiếu chủ trương đầu tư dự án Sân bay Long Thành được Quốc hội thông qua tại Nghị quyết số 94/2015/QH13, năm 2015); khoản 2, Điều 65, Luật Khoáng sản và hướng dẫn của Bộ Tài nguyên và Môi trường là chưa phù hợp theo ý kiến của Ủy ban Kinh tế Quốc hội cũng như chỉ đạo của UBND tỉnh.
UBND tỉnh yêu cầu Sở Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan xác định thẩm quyền và chịu hoàn toàn trách nhiệm nếu xác định sai thẩm quyền. Sở tiến hành đánh giá tác động khi sử dụng khối lượng vật liệu san lấp tại khu vực quy hoạch nhà ga T3 có hay không làm thay đổi tổng mức đầu tư dự án Sân bay Long Thành, phải điều chỉnh chủ trương đầu tư do khi thực hiện giai đoạn 2, dự án Sân bay Long Thành sẽ bị thiếu hụt hơn 5 triệu m3 vật liệu san lấp; có hay không việc gây thiệt hại cho Dự án.
Tháng 7/2024, sau khi làm việc với Cảng vụ hàng không miền Nam, Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam và các đơn vị liên quan, Sở Tài nguyên và Môi trường Đồng Nai có văn bản đề xuất UBND tỉnh xem xét, quyết định cho phép khai thác vật liệu san lấp từ Sân bay Long Thành phục vụ thi công cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu.
Sở Tài nguyên và Môi trường Đồng Nai cho rằng, khu vực quy hoạch nhà ga T3, giai đoạn 2 dự án Sân bay Long Thành có diện tích gần 190 ha. Khu vực này đã được tỉnh Đồng Nai thu hồi đất; tuy nhiên, do giai đoạn 2 của Dự án chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt nên chưa có cơ sở giao đất cho ngành Hàng không. Hiện, Đồng Nai đang quản lý phần diện tích này.
Cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu đoạn qua Đồng Nai dài hơn 34 km, cần gần 5 triệu m3 đất san lấp. Thời gian qua, tỉnh gặp nhiều khó khăn trong việc bố trí nguồn đất đắp phục vụ dự án. Nguyên nhân là thủ tục cấp phép mỏ khoáng sản phức tạp, cần nhiều thời gian. Tỉnh đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ, Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét chấp thuận chủ trương cho phép thu hồi vật liệu san lấp tại khu vực quy hoạch nhà ga T3, Sân bay Long Thành, tạo nguồn đất đắp để triển khai cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu.
Giữa tháng 7/2024, Đồng Nai tiếp tục có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ báo cáo xử lý khó khăn, vướng mắc đối với thủ tục đất đai để thực hiện khai thác vật liệu cung cấp cho các dự án giao thông trọng điểm ở tỉnh. Theo đó, Đồng Nai kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chấp thuận cho tỉnh khai thác, sử dụng nguồn đất đắp làm vật liệu san lấp không thuộc quy hoạch mỏ tại một số khu vực với diện tích hơn 30 ha để phục vụ cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu.