Dự kiến phiên tòa diễn ra trong 3 ngày.
Trong phiên sáng 15/5, Tòa phúc thẩm tiến hành phần thủ tục, kiểm tra căn cước và xét hỏi nội dung kháng cáo của các bị cáo, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan. Trước phiên tòa phúc thẩm diễn ra, cựu Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thanh Long đã nộp thêm 1 tỷ đồng khắc phục hậu quả của vụ án.
Theo nội dung kháng cáo trong vụ án, bị cáo Nguyễn Thanh Long (cựu Bộ trưởng Bộ Y tế) cùng nhiều bị cáo khác kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt. Cựu Bộ trưởng Bộ Y tế bị tuyên phạt mức án sơ thẩm 18 năm tù về tội "Nhận hối lộ" số tiền 2,25 triệu USD.
Trong số các bị cáo kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt có bị cáo Phan Quốc Việt (Tổng Giám đốc Công ty Việt Á), Trịnh Thanh Hùng (cựu Vụ phó Vụ Khoa học công nghệ các ngành kinh tế kỹ thuật, Bộ Khoa học và Công nghệ), Phạm Duy Tuyến (cựu Giám đốc CDC Hải Dương), Nguyễn Nam Liên (cựu Vụ trưởng Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế)… Bị cáo Vũ Đình Hiệp (Phó Tổng giám đốc Công ty Việt Á) kháng cáo đề nghị xem xét, đánh giá lại đúng bản chất của vụ án và tội danh đối với bị cáo.
Công ty Việt Á kháng cáo với nội dung đề nghị không tịch thu sung công quỹ nhà nước số tiền được xác định là hưởng lợi bất chính từ việc bán kit xét nghiệm cho các tổ chức, cá nhân không bị xem xét khởi tố trong vụ án. Công ty Việt Á còn yêu cầu các tổ chức mua kit xét nghiệm không qua thủ tục đấu thầu thanh toán tiền theo như Hợp đồng đã ký kết. Phía Việt Á còn kháng cáo, đề nghị Tòa cấp phúc thẩm hủy bỏ các biện pháp phong tỏa, hạn chế giao dịch đối với các tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp này và các công ty trong hệ thống của Việt Á không liên quan đến vụ án…
Một số người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan cũng có kháng cáo. Trong đó, bà Đàm Thị Trinh (mẹ bị cáo Phan Quốc Việt) đề nghị hủy bỏ việc kê biên, phong tỏa 52 sổ, thẻ tiết kiệm đứng tên bà Trinh. Bà Hồ Thị Thanh Thủy (vợ bị cáo Phan Quốc Việt) có đơn kháng cáo với nội dung đề nghị hủy bỏ việc kê biên, phong tỏa 2 sổ, thẻ tiết kiệm đứng tên 2 con của bà và bị cáo Phan Quốc Việt với tổng số tiền là 20 tỉ đồng tại Ngân hàng thương mại cổ phần Á Châu (ACB). Bà Nguyễn Kiều Oanh (vợ bị cáo Trịnh Thanh Hùng) kháng cáo đề nghị Tòa phúc thẩm hủy bỏ việc phong tỏa 8 sổ tiết kiệm với tổng số tiền gần 4 tỉ đồng, trả lại cho bà và bị cáo Hùng. Một số cá nhân có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan cũng kháng cáo đề nghị cấp phúc thẩm xem xét về phần tài sản liên quan.
Theo nội dung vụ án, đầu năm 2020, dịch COVID-19 bùng phát và lây lan đến nhiều quốc gia, trong đó có Việt Nam. Trước tình hình trên, Chính phủ đã triển khai nhiều chủ trương, biện pháp để ứng phó, trong đó có giao cho Bộ Khoa học và Công nghệ chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan chủ động, tích cực triển khai việc nghiên cứu, chế tạo sinh phẩm phục vụ công tác phòng chống dịch. Khi đó, Phan Quốc Việt đã đặt vấn đề, thống nhất với Trịnh Thanh Hùng về việc giúp Công ty Việt Á được tham gia nghiên cứu với mục đích sử dụng kết quả Đề tài để sản xuất, bán thương mại kit xét nghiệm. Tổng Giám đốc Việt Á thỏa thuận về việc chia phần trăm doanh thu của Công ty Việt Á từ việc tiêu thụ kit xét nghiệm; trao đổi, bàn bạc để giúp Công ty Việt Á sử dụng biên bản nghiệm thu Đề tài để lập hồ sơ gửi Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành, sản xuất, bán ra thị trường, giúp Công ty Việt Á hưởng lợi bất chính số tiền đặc biệt lớn… Phan Quốc Việt đã thỏa thuận ăn chia, đưa tiền hối lộ, tiền cảm ơn nhiều lần, với tổng số tiền 3,45 triệu USD và 4 tỉ đồng.
Trong quá trình phạm tội, Phan Quốc Việt đã đưa hối lộ Nguyễn Thanh Long (cựu Bộ trưởng Bộ Y tế) 2,25 triệu USD; Nguyễn Huỳnh (thư ký của ông Long) 4 tỉ đồng; Nguyễn Minh Tuấn (cựu Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế, Bộ Y tế) 300.000 USD; Trịnh Thanh Hùng (cựu Vụ phó Vụ Khoa học công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật, Bộ Khoa học và Công nghệ) 350.000 USD; Nguyễn Nam Liên (cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế) 100.000 USD... để tiêu thụ kit xét nghiệm tại các địa phương với số lượng lớn và được thanh toán theo giá đã nâng khống.
Theo nội dung vụ án, Phan Quốc Việt và cấp dưới đã thông đồng, cấu kết với lãnh đạo, nhân viên các cơ sở y tế công lập thực hiện hành vi trái quy định về đấu thầu, ứng hàng sử dụng trước, hợp thức thủ tục, hồ sơ thanh toán sau theo đơn giá do Công ty Việt Á đưa ra. Quá trình tiêu thụ kit xét nghiệm, Phan Quốc Việt chỉ đạo các nhân viên tính toán và chi tiền phần trăm ngoài hợp đồng; trực tiếp hoặc chỉ đạo đưa hối lộ tổng cộng hơn 34 tỉ đồng cho các lãnh đạo, nhân viên tại các cơ sở y tế công lập trên phạm vi cả nước.