Cụ thể, Tòa tuyên buộc bị cáo Nguyễn Đức Chung bồi thường 25 tỷ đồng, bị cáo Võ Tiến Hùng bồi thường 4 tỷ đồng và bị cáo Nguyễn Trường Giang bồi thường hơn 7 tỷ đồng. Quá trình chuẩn bị xét xử sơ thẩm, gia đình bị cáo Nguyễn Đức Chung đã nộp tại Cục Thi hành án dân sự thành phố Hà Nội 10 tỷ đồng để khắc phục hậu quả; gia đình bị cáo Nguyễn Trường Giang đã nộp 1 tỷ đồng để khắc phục hậu quả; số tiền gia đình các bị cáo đã nộp nói trên được Hội đồng xét xử đối trừ vào phần trách nhiệm, nghĩa vụ bồi thường của từng bị cáo. Theo đó, bị cáo Nguyễn Đức Chung còn phải bồi thường 15 tỷ đồng, bị cáo Nguyễn Trường Giang còn phải bồi thường hơn 6 tỷ đồng.
Do các bị cáo phải liên đới thực hiện nghĩa vụ dân sự nên Hội đồng xét xử tiếp tục kê biên số tài sản của các bị cáo (trước đó đã bị Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an ra lệnh kê biên tài sản) để bảo đảm cho việc thi hành án. Trong đó, riêng bị cáo Chung bị kê biên 1 nhà đất và 2 căn hộ chung cư.
Hội đồng xét xử xác định, đây là vụ án đồng phạm giản đơn. Các bị cáo không có sự bàn bạc, phân công, phân nhiệm nhưng đều hiểu và tiếp nhận ý chí của nhau với tính chất, mức độ, mục đích, động cơ khác nhau. Vai trò chính trong vụ án là bị cáo Nguyễn Đức Chung - người phải chịu trách nhiệm chính, trách nhiệm nêu gương của người đứng đầu; đồng thời phải chịu trách nhiệm trực tiếp, trách nhiệm cá nhân đối với những vi phạm trong việc mua, quản lý, sử dụng chế phẩm Redoxy-3C gây thiệt hại cho thành phố. Bị cáo Chung là người quyết định việc mua bán chế phẩm Redoxy-3C trái pháp luật và phân công, chỉ đạo cấp dưới thực hiện trái quy định về quản lý, sử dụng vốn nhà nước, để Công ty Arktic (là Công ty thuộc sở hữu của thành viên trong gia đình bị cáo) được hưởng khoản lợi nhuận không chính đáng, gây thiệt hại cho ngân sách hơn 36 tỷ đồng. Hành vi của bị cáo Nguyễn Đức Chung đã vi phạm Điều 22 - Luật Tổ chức Chính quyền địa phương; vi phạm Quy chế Thử nghiệm xử lý ô nhiễm nước sông, mương, hồ, ban hành kèm theo Quyết định số 1919/QĐ-UBND ngày 23/4/2009 của UBND thành phố Hà Nội; vi phạm khoản 4 Điều 5 - Luật Quản lý, sử dụng vốn nhà nước đầu tư vào sản xuất kinh doanh tại doanh nghiệp; vi phạm khoản 4 Điều 37 - Luật Phòng, chống tham nhũng: “Người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu cơ quan không được để vợ hoặc chồng, bố, mẹ, con kinh doanh trong phạm vi do mình quản lý trực tiếp”.
Ngoài ra, bị cáo Nguyễn Đức Chung còn chỉ đạo bị cáo Võ Tiến Hùng mua chế phẩm Redoxy-3C của Công ty Arktic trái với tinh thần, nội dung chỉ đạo của chính bị cáo tại cuộc họp ngày 22/8/2016 tại trụ sở Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội. Sau đó, theo yêu cầu, chỉ đạo và phục vụ mục đích cá nhân của bị cáo Nguyễn Đức Chung, bị cáo Nguyễn Trường Giang đã chi nhiều tỷ đồng để mua quà tặng, tài trợ cho một số cơ quan, đơn vị. Mặt khác, cho đến nay vẫn chưa có cơ quan có thẩm quyền đánh giá về chất lượng, tính hiệu quả trong việc sử dụng chế phẩm Redoxy-3C để xử lý ô nhiễm nước sông, mương, hồ.
Đối với bị cáo Võ Tiến Hùng, Hội đồng xét xử đánh giá, trong quá trình tham gia thực hiện công tác xử lý, cải tạo, khắc phục ô nhiễm nước sông, hồ trên địa bàn thành phố Hà Nội, bị cáo Hùng đã tiếp nhận chỉ đạo trái pháp luật của bị cáo Nguyễn Đức Chung. Cụ thể, bị cáo đã không tuân thủ các quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng vốn nhà nước; không tuân thủ quy trình xử lý nước ô nhiễm; chỉ đạo, điều hành Công ty Thoát nước Hà Nội mua chế phẩm Redoxy-3C qua Công ty Arktic gây thiệt hại cho ngân sách thành phố.
Trong vụ án này, bị cáo Nguyễn Trường Giang là đồng phạm với bị cáo Nguyễn Đức Chung. Bị cáo Giang biết rõ nguồn gốc của Công ty Arktic, biết rõ động cơ, mục đích, hành động của bị cáo Nguyễn Đức Chung và thành viên trong gia đình bị cáo Chung thông qua Công ty. Nhưng vì động cơ vụ lợi, Nguyễn Trường Giang đã thực hiện một loạt các hành vi xuyên suốt từ ý tưởng, tham gia, hướng dẫn Đoàn công tác, nhận chế phẩm mẫu, tổ chức thử nghiệm, hội thảo, thực hiện mua chế phẩm Redoxy-3C và bán chế phẩm này cho Công ty Thoát nước Hà Nội để thu lợi cho Công ty Arktic và cá nhân bị cáo, gây thiệt hại cho ngân sách thành phố. Khi có nguy cơ bị phát hiện, điều tra, bị cáo đã bàn bạc, thống nhất với những người có liên quan nội dung khai báo với Cơ quan điều tra nhằm che giấu chủ sở hữu thực sự của Công ty Arktic.
Quá trình điều tra và tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Đức Chung cho rằng không làm sai; các bị cáo Nguyễn Trường Giang và Võ Tiến Hùng đều khai nhận hành vi đã thực hiện nhưng nhận thức là không làm sai. Hội đồng xét xử đánh giá là các bị cáo Nguyễn Trường Giang và Võ Tiến Hùng có tình tiết giảm nhẹ là đã khai báo thành khẩn, có thái độ ăn năn hối cải, có nhận thức, tích cực hợp tác với Cơ quan điều tra…Tòa đã tuyên phạt bị cáo Chung 8 năm tù (tổng hợp với bản án 5 năm tù trước đó, hình phạt chung đối với bị cáo Chung là 13 năm tù), bị cáo Giang 4 năm 6 tháng tù, bị cáo Hùng 4 năm tù về cùng tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.