Về diễn biến vụ án, từ đầu năm 2021 đến tháng 6/2021, Cao Thị Minh Thuận (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn sản xuất và thương mại Phú Hưng Phát - Công ty Phú Hưng Phát) đã cùng đồng phạm đã tổ chức sản xuất hơn 9,4 triệu quyển sách giáo khoa giả các loại của Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam và Nhà xuất bản khác với tổng trị giá theo giá in trên bìa là hơn 260 tỷ đồng. Trong số các bị cáo, Cao Thị Minh Thuận là người chủ mưu, cầm đầu, điều hành toàn bộ hoạt động sản xuất, buôn bán sách giáo khoa giả tại Công ty Phú Hưng Phát, chỉ đạo các bị cáo khác thực hiện tội phạm, trực tiếp chỉ đạo sản xuất giúp sức cho Cao Thị Minh Thuận thực hiện hành vi sản xuất sách giả. Nhóm của Thuận đã tiêu thụ hơn 6,3 triệu quyển, còn hơn 3 triệu quyển chưa kịp bán, đã bị Công an thu giữ. Tổng số thu lời bất chính là hơn 30 tỷ đồng. Các bị cáo khác đóng vai trò là đồng phạm tham gia giúp sức trong việc quản lý kho hàng hóa, liên hệ các xưởng in, theo dõi công nợ, kết nối các đơn hàng.
Sau khi vụ việc Công ty Phú Hưng Phát bị phát hiện, Cao Thị Minh Thuận liên hệ với Trần Hùng ( khi đó là Phó Cục trưởng Cục Quản lý Thị trường, Tổ trưởng Tổ 304, Tổng Cục Quản lý Thị trường) nhờ giúp đỡ. Hùng ra điều kiện sẽ tha nếu Thuận chỉ ra các cơ sở vi phạm khác. Không yên tâm, Thuận vẫn thông qua Hải đặt vấn đề sẽ đưa tiền cho Trần Hùng. Sau khi nhận 300 triệu đồng, Trần Hùng hướng dẫn Thuận thay đổi lời khai về nguồn gốc số sách, từ sách giả thành sách do người khác ký gửi; đồng thời chỉ đạo Đội Quản lý thị trường số 17 xử lý vụ việc theo hướng mà Thuận thay đổi lời khai. Vụ việc lẽ ra phải được chuyển sang cơ quan điều tra nhưng chỉ bị xử phạt hành chính.
Quá trình giải quyết vụ án, bị cáo Trần Hùng (cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Thị trường, cựu Tổ trưởng Tổ 304, Tổng Cục Quản lý Thị trường) liên tục kêu oan. Tuy nhiên, tại phiên phúc thẩm, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định kháng cáo của bị cáo là không có căn cứ. Trần Hùng đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, thông qua Nguyễn Duy Hải (lao động tự do) nhận 300 triệu đồng của Thuận để tác động xử lý vụ việc Công ty Phú Hưng Phát. Tòa sơ thẩm tuyên án 9 năm tù là có căn cứ, không oan. Do đó, Tòa phúc thẩm đề nghị bác kháng cáo.
Ngoài bị cáo Hùng, một số bị cáo khác cũng bị đề nghị bác kháng cáo về việc xin giảm nhẹ hoặc hưởng án treo. Đáng chú ý, với trường hợp Cao Thị Minh Thuận, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị giảm từ 10 năm tù xuống 8 năm tù vì Thuận đã nộp thêm tiền để khắc phục toàn bộ tiền hưởng lợi và tiền phạt, với tổng số 6,7 tỉ đồng. Lê Việt Phương (cựu Phó đội trưởng Đội Quản lý thị trường số 17, Cục Quản lý Thị trường Hà Nội) cũng được đề nghị giảm từ 30 tháng tù xuống 30 tháng tù cho hưởng án treo. Một số bị cáo khác được đề nghị giảm án tù hoặc chuyển từ án tù sang cho hưởng án treo.
Trước đó, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên án sơ thẩm, trong đó, Cao Thị Minh Thuận (Giám đốc Công ty Phú Hưng Phát) bị tuyên phạt 10 năm tù về tội "Sản xuất, buôn bán hàng giả".
Bị cáo Trần Hùng (cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Thị trường, cựu Tổ trưởng Tổ 304, Tổng Cục Quản lý Thị trường) bị Tòa tuyên phạt án sơ thẩm 9 năm tù về tội "Nhận hối lộ"; Lê Việt Phương (cựu Phó Đội trưởng Đội Quản lý thị trường số 17, Cục Quản lý Thị trường Hà Nội) bị phạt 30 tháng tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".