Nguyễn Thị Kim Liên đã bị cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Vĩnh Phúc bắt quả tang nhận hối lộ vào tháng 6/2019, tại huyện Vĩnh Tường.
Trước đó, ngày 18/6/2019, Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc đã phê chuẩn quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can, tạm giam Nguyễn Thị Kim Anh, Trưởng Đoàn Thanh tra, cùng hai thành viên là Đặng Hải Anh và Nguyễn Thuỳ Linh về tội nhận hối lộ. Tuy nhiên, Công an tỉnh Vĩnh Phúc cho biết, sẽ chuyển tội danh từ nhận hối lộ sang tội danh lợi dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản đối với các bị can trong vụ án này.
Tại kỳ họp thứ 44, Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã xem xét, thi hành kỷ luật Đảng ủy Thanh tra Bộ Xây dựng và một số cá nhân liên quan đến các vi phạm đã được kết luận tại Kỳ họp 43. Căn cứ quy định của Đảng về xử lý kỷ luật tổ chức đảng và đảng viên, Ủy ban Kiểm tra Trung ương quyết định thi hành kỷ luật: Khai trừ ra khỏi Đảng đối với Nguyễn Thị Kim Anh (cán bộ Phòng Phòng, chống tham nhũng), Đặng Hải Anh (cán bộ Phòng Thanh tra xây dựng 2); Khiển trách đối với Nguyễn Thị Kim Liên ( cán bộ phòng Thanh tra xây dựng 3).
Các đối tượng Nguyễn Thị Kim Anh, Nguyễn Thị Kim Liên, Đặng Hải Anh bị xác định đã vi phạm rất nghiêm trọng quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong quá trình thanh tra tại huyện Vĩnh Tường.