Thời gian gần đây, ngoài tác động của thiên tai mưa bão, sóng biển, nhiều người dân, du khách đã ngang nhiên giẫm đạp làm vỡ, chết nhiều loại san hô khiến hệ sinh thái san hô ở Hòn Yến đang bị hư hại, suy giảm nghiêm trọng.