Thiếu giáo viên, cơ sở vật chất chưa hoàn chỉnh để triển khai những nội dung của Nghị quyết; Thiếu đầu tư về tài chính ở bậc giáo dục đại học… là những thách thức với các cấp học, bậc học khi thực hiện đổi mới giáo dục.