Trong hai ngày, Hội thảo đã có 2 phiên dẫn đề quan trọng, 1 phiên đặc biệt và 7 phiên thảo luận chính.
Thông qua các phát biểu của phiên dẫn đề, lãnh đạo và quan chức cấp cao từ Indonesia, Australia, Anh, EU, Canada, khẳng định rằng Biển Đông là ưu tiên của các nước, ủng hộ việc duy trì khu vực hòa bình, ổn định, thịnh vượng, đảm bảo an toàn, an ninh, hàng hải. Các lãnh đạo của các nước đề cao giá trị của việc tuân thủ luật pháp quốc tế, khuyến khích tăng cường hợp tác. Trưởng SOM ASEAN Indonesia nhấn mạnh vai trò trung tâm và quan trọng của ASEAN sẽ đảm bảo cho Biển Đông là vùng biển hòa bình, ổn định và thịnh vượng.
Đánh giá tình hình và cục diện thế giới và khu vực, nhiều ý kiến cho rằng trong môi trường chiến lược hiện nay, trật tự thế giới không còn tồn tại hình thái đa cực thực sự như trước Chiến tranh thế giới II; xu hướng cùng tồn tại hòa bình và trật tự quốc tế đang gặp nhiều thách thức. Biển Đông vẫn tiềm ẩn nhiều nguy cơ với các nguy cơ quân sự hóa tại khu vực và hành vi đơn phương, đặt trong bối cảnh cạnh tranh chiến lược Mỹ - Trung. Bên cạnh những thách thức an ninh truyền thống và phi truyền thống, nhiều thách thức mới nảy sinh, trong đó có xu hướng tác chiến ngầm dưới biển, sử dụng các cơ sở hạ tầng dưới nước trong các hoạt động quân sự hoặc phi quân sự, làm gia tăng các nguy cơ đe dọa tự do, an toàn, an ninh hàng hải.
Đánh giá về ASEAN, nhiều ý kiến cho rằng dù ASEAN đang gặp nhiều thách thức, song tổ chức này không nên né tránh khó khăn mà cần mạnh mẽ khẳng định vai trò, đóng góp cho hòa bình, ổn định, giúp các bên cùng tồn tại hòa bình. Nhiều ý kiến kêu gọi ASEAN phát huy hơn nữa tinh thần Hiệp ước Thân thiện và hợp tác để kiểm soát xung đột khu vực. Một số ý kiến kêu gọi làm sống lại tinh thần Bandung, tìm công thức để các bên cạnh tranh cùng tồn tại hòa bình, nhân dịp kỷ niệm 70 năm Hội nghị Bandung năm 2025. Đa số nhấn mạnh ASEAN cần duy trì tính “trung tâm” và đoàn kết, đồng thời phát huy ngoại giao đa phương và dựa trên luật pháp quốc tế, thông qua việc đổi mới cách tiếp cận, điều chỉnh chính sách phù hợp, cải thiện các cơ chế và tăng cường, đa dạng hoá các đối tác quốc tế.
Các học giả đã thảo luận các thách thức chung với an toàn và tự do hàng hải quốc tế, nhấn mạnh Biển Đỏ và Biển Đông có nhiều điểm đồng. Nhiều bài học, kinh nghiệm đã được chia sẻ; gồm cả việc phát huy vai trò của các tổ chức quốc tế như IMO (Tổ chức hàng hải quốc tế). Học giả Israel cho biết 10 năm trước, không ai nghĩ các chủ thể phi nhà nước có thể làm thay đổi cuộc chơi ở Trung Đông như hiện nay, cho rằng đó là bài học mà khu vực Đông Nam Á không nên coi nhẹ.
Hội thảo khoa học quốc tế về Biển Đông lần thứ 16 diễn ra trong bối cảnh kỷ niệm 30 năm Công ước Liên hợp quốc về Luật Biển năm 1982 (UNCLOS). Thẩm phán Tòa án luật biển quốc tế (ITLOS) Hidehisa Horinouchi khẳng định tầm quan trọng của Công ước Liên hợp quốc về Luật Biển năm 1982 (UNCLOS). UNCLOS vẫn tiếp tục phát triển để điều chỉnh các vấn đề mới như vùng - đáy biển quốc tế, nguồn cá, bảo tồn và sử dụng bền vững đa dạng sinh học biển, biến đổi khí hậu.
Để thích ứng với các vấn đề mới, Thẩm phán chỉ ra ba phương thức: thông qua các văn kiện thực thi, đàm phán các thỏa thuận mới hoặc dựa vào giải thích của các cơ quan tài phán (qua các án lệ và qua ý kiến tư vấn). Các chuyên gia pháp lý cho rằng UNCLOS cần được giải thích và áp dụng một cách có thiện chí. Cũng có ý kiến để đảm bảo UNCLOS, nên có sự tham gia cam kết của các nước lớn, trong đó có Mỹ; và nước trong khu vực như Campuchia cũng nên phê chuẩn UNCLOS.
Đánh giá về việc thực hiện nghĩa vụ không sử dụng hay đe dọa sử dụng vũ lực, các học giả lo ngại về tình trạng gia tăng đẩy mạnh các hoạt động “vùng xám” tại Biển Đông và có xu hướng chuyển sang sắc “tối”, theo hướng “sử dụng vũ lực”; xác định hành động sử dụng vũ lực cần phải được xem xét dựa vào luật pháp quốc tế. Có ý kiến cho rằng mặc dù luật pháp quốc tế còn “lỗ hổng”, nhưng giải quyết tranh chấp và kiểm soát các hoạt động “vùng xám” trên Biển Đông, đa số ý kiến đề xuất các quốc gia cần tăng cường hiểu biết chung và đạt được đồng thuận, đảm bảo tính minh bạch, tuân thủ luật pháp quốc tế và giải quyết tranh chấp bằng các biện pháp hòa bình thông qua đàm phán và không đe dọa hoặc sử dụng vũ lực, đồng thời phải hạn chế bất kỳ hành động nào có thể làm phức tạp tranh chấp.
Các học giả nhận định công nghệ mới như trí tuệ nhân tạo (AI) có thể làm thay đổi cách thức vận hành tàu thuyền trên không gian biển; kéo theo những thách thức, rủi ro về an ninh mạng khó kiểm soát, khiến phá vỡ thế cân bằng. Tuy nhiên, nhiều ý kiến cho rằng không nên phủ nhận những lợi ích về kinh tế, môi trường, giảm thiểu tiêu thụ nhiên liệu, cải thiện hiệu quả vận hành của công nghệ mới. Điều quan trọng là các chủ thể cần sử dụng công nghệ có trách nhiệm và an toàn; cũng cần phát triển những quy định điều chỉnh để đảm bảo vận hành công nghệ hiệu quả, đồng thời giúp ngăn chặn nguy cơ chạy đua vũ trang sử dụng AI, thậm chí là sử dụng AI trong xung đột.
Thảo luận về lựa chọn chính sách, đa số học giả ủng hộ các biện pháp ngoại giao, hợp tác để duy trì hòa bình ổn định khu vực và giải quyết các thách thức khu vực và toàn cầu, giúp đạt được các mục tiêu phát triển bền vững. Có ý kiến học giả khu vực cho rằng ngoại giao sẽ hiệu quả hơn khi kết hợp với quốc phòng. Học giả đến từ châu Âu cho biết, trước tình hình an ninh khu vực, ngày càng nhiều các nước châu Âu có những động thái tích cực và hiệu quả tại Biển Đông dù năng lực còn hạn chế. Sự can dự này tác động tới các chương trình mua sắm quốc phòng, tích hợp thêm công nghệ hiện đại, giúp các nước EU sở hữu lực lượng hải quân hùng mạnh trong tương lai.
Phát biểu bế mạc Hội thảo, Tiến sĩ Nguyễn Hùng Sơn, Phó Giám đốc Học viện Ngoại giao khẳng định, trong bối cảnh thế giới có nhiều biến động với sự chuyển dịch địa chính trị; cạnh tranh mở rộng sang tầm nhìn và quan điểm cùng phát triển khoa học công nghệ, vẫn còn nhiều công cụ giúp quản lý căng thẳng: ngoại giao, luật quốc tế, cam kết chung và hợp tác hòa bình. Vai trò của ASEAN trở nên quan trọng hơn bao giờ hết, ASEAN cần tiếp tục thể hiện vai trò trung tâm thúc đẩy tuân thủ và củng cố các chuẩn mực chung giúp đảm bảo hòa bình ổn định tại khu vực.
Bên lề Hội thảo, cũng diễn ra Phiên đặc biệt với tiêu đề “Thế hệ trẻ và an ninh biển” với các học giả trẻ toàn cầu tham dự Chương trình Lãnh đạo trẻ thuộc Hội thảo quốc tế Biển Đông. Mục tiêu của Chương trình Lãnh đạo nhằm giúp xây dựng và bồi dưỡng một thế hệ trẻ học giả quốc tế có thể đóng góp tích cực cho hòa bình, ổn định và hợp tác khu vực trong tương lai.