Ngay sau đó, các lực lượng chức năng đã phân luồng giao thông, hướng dẫn người dân di chuyển theo hướng khác để đảm bảo an toàn.
Theo lực lượng chức năng, mực nước sông Hồng dâng cao, nhiều cây cối, vật cản trôi mắc vào cầu phao đã gây áp lực quá mức cho cầu. Việc đóng cầu phao Phong Châu là cần thiết nhằm đảm bảo an toàn cho đến khi có thông báo mới.
Cầu phao Phong Châu được lắp đặt và neo giữ để phục vụ việc đi lại của người dân trong điều kiện lưu tốc dòng chảy từ 2,2 m/s trở xuống. Tuy nhiên, do mưa lớn nên nước từ thượng nguồn dồn về khiến mực nước và lưu tốc dòng chảy của sông Hồng lên cao và chảy xiết, gây mất an toàn cho cầu phao.
Trước đó, vào sáng 29/9, Lữ đoàn 249 (Binh chủng Công binh) đã tiến hành bắc cầu phao PMP 60 tấn, cách cầu Phong Châu bị sập do cơn bão số 3 gây ra khoảng 400m về phía hạ lưu sông Hồng.
Đúng 6 giờ ngày 30/9, Lữ đoàn công binh 249 (Binh chủng Công binh) đã chính thức cho thông xe cầu phao Phong Châu nối hai bờ sông Hồng thuộc huyện Tam Nông và huyện Lâm Thao (Phú Thọ). Cầu được vận hành trong thời gian từ 6 - 22 giờ hằng ngày. Các phương tiện xe thô sơ, xe máy, xe gắn máy, xe mô tô 3 bánh được phép lưu thông 2 chiều, vận tốc không quá 5 km/h. Đối với xe ô tô, chỉ cho phép ô tô con, xe bán tải (2 - 4 chỗ ngồi) lưu thông một chiều khi qua cầu, thời gian mỗi chiều lưu thông 10 phút, khoảng cách giữa các xe trên cầu không quá 30m, vận tốc không quá 10 km/h.
Các cơ quan chức năng tỉnh Phú Thọ xây dựng phương án phân luồng trong quá trình sửa chữa cầu Phong Châu. Theo đó, các xe có tổng tải trọng từ 10 tấn trở xuống, xe thô sơ, xe máy, người đi bộ được lưu thông qua sông Hồng bằng cầu phao thay cho cầu Phong Châu bị sập.