Cụ thể, sư trụ trì chùa Mía đã tự ý lát nền nhà tiền đường ngoại, sân tam bảo, đường đi từ tam quan vào tam bảo bằng gạch Viglacera màu đỏ trùm lên nền gạch Bát Tràng vi phạm khoản 1 (mục a, b) và khoản 2 điều 34 của Luật Di sản Văn hóa, làm sai lệch yếu tố gốc cấu thành di tích, gây tổn hại đến di sản văn hóa. Trong khi đó, chùa Mía được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch xếp hạng là di tích kiến trúc nghệ thuật tại quyết định số 29VH/QĐ ngày 13/1/1964, nằm trong di tích làng cổ Đường Lâm được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch xếp hạng là di tích lịch sử, kiến trúc nghệ thuật tại quyết định số 77/2005/QĐ-BVHTT ngày 18/11/2005. Hiện nay, chùa Mía và làng cổ Đường Lâm được UBND thị xã Sơn Tây trực tiếp quản lý theo quyết định phân cấp của thành phố Hà Nội.
Tại thời điểm kiểm tra của Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội và đại diện phòng, ban của thị xã Sơn Tây cùng đại diện di tích chùa Mía, toàn bộ phía sân trước tam bảo và đường đi từ tam quan vào tam bảo đã được nhà chùa tự ý lát nền gạch Vigracera màu đỏ trùm lên gạch Bát Tràng. Đồng thời, nhà chùa nâng cốt nền sân cao thêm từ 10cm đến 20cm, hình thức lát theo mạch ô vuông hình trám, phá dỡ tường hoa bao quanh bể cảnh giữa sân tam bảo. Tổng diện tích lát sân và đường đi khoảng 420 m2.
Tại hạng mục tiền đường ngoại (7 gian nhà ngang) cũng được nhà chùa tự ý lát nền gạch Vigracera màu đỏ trùm lên gạch Bát Tràng, đồng thời trùm lên cả hệ thống chân tảng đá, hình thức lát theo mạch chữ công. Tổng diện tích lát nền hạng mục tòa tiền đường ngoại khoảng 70 m2, mới lát được 5 gian, còn lại 2 gian nhà chùa dừng lại khi có yêu cầu đình chỉ của UBND thị xã Sơn Tây.
Trước sự việc trên, Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội đề nghị UBND thị xã Sơn Tây chỉ đạo các phòng, ban chuyên môn của thị xã, UBND xã Đường Lâm và sư trụ trì chùa Mía khẩn trương bóc toàn bộ phần gạch Vigracera lát trùm lên nền gạch Bát Tràng và đưa ra khỏi di tích, trả lại nguyên trạng nền gạch Bát Tràng truyền thống tại đường vào, sân tam bảo và tòa tiền đường ngoại. Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội cũng đề nghị xử lý, kiểm điểm trách nhiệm của tập thể, cá nhân để xảy ra tình trạng vi phạm trong công tác quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị di tích chùa Mía; đồng thời có văn bản báo cáo kết quả xử lý, khắc phục thiếu sót trên với Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, UBND thành phố Hà Nội cùng các sở, ngành liên quan.