Tuy nhiên, do tình hình di biến động dân cư, nhiều trẻ chưa được tiêm chủng đầy đủ và tỷ lệ tiêm chủng thực tế trong cộng đồng vẫn chưa đạt 95%.
Từ ngày 31/8 đến hết ngày 30/9, Thành phố Hồ Chí Minh đã tiêm được 204.423 mũi vaccine sởi. Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh nhận định, đến hết ngày 30/9, Thành phố đã cơ bản hoàn thành mục tiêu của Chiến dịch tiêm vaccine sởi. Theo kết quả rà soát trên Hệ thống tiêm chủng quốc gia, tỷ lệ bao phủ đủ 2 mũi vaccine sởi cho trẻ từ 1 đến 5 tuổi đã đạt 95,09% (430.979/453.247 trẻ, bao gồm cả những trẻ đã tiêm đủ 2 mũi sởi trước chiến dịch). Kết quả này sẽ giúp dịch sởi ở Thành phố Hồ Chí Minh được kiểm soát, khó có khả năng bùng phát thành dịch lớn.
Tuy nhiên, một nghiên cứu khảo sát ngẫu nhiên mới đây của Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Thành phố Hồ Chí Minh đối với trẻ từ 1 đến 5 tuổi ở những địa phương có lượng lớn người nhập cư cao như Bình Chánh, Bình Tân, Hóc Môn, Thủ Đức và Quận 12, cho thấy: Trong số 504 trẻ được khảo sát thì có đến 31% trẻ đang sinh sống thực tế trên địa bàn nhưng đăng ký trên Hệ thống thông tin tiêm chủng quốc gia ở nơi khác (16% trẻ nhập trên Hệ thống ở tỉnh và 15% trẻ ở quận huyện, phường, xã khác của Thành phố). Như vậy, nếu chỉ thực hiện rà soát mời tiêm trên Hệ thống thông tin tiêm chủng quốc gia thì sẽ bỏ sót khoảng 30% trẻ thực sự có mặt trên địa bàn.
Kết quả khảo sát cũng ghi nhận, trong 504 trẻ thì có 135 trẻ thuộc đối tượng tiêm chủng trong Chiến dịch này (do chưa tiêm đủ 2 mũi trước ngày 31/8). Tuy nhiên, hiện mới chỉ có 54% trẻ được tiêm chủng từ ngày 31/8 - 30/9. Kết quả này phản ánh thực tiễn dù thống kê trên Hệ thống, Thành phố đã đạt được độ bao phủ vaccine sởi nhưng do tình hình di biến động dân cư nên vẫn còn những trẻ chưa được tiêm bù vaccine trong cộng đồng. Do đó, tỷ lệ bao phủ vaccine trên thực tế chưa đạt 95%.
Điều này lý giải cho việc, Thành phố Hồ Chí Minh có thể không bùng phát dịch sởi lớn nhưng số ca mắc sẽ giảm chậm và có thể xuất hiện chùm ca bệnh ở những nơi có tỷ lệ tiêm chủng thấp. Thực tế trong tuần 39 vừa qua, Thành phố đã ghi nhận 111 ca sởi, tăng 25,8% so với trung bình 4 tuần trước. Bên cạnh đó, số ca bệnh từ 9 tháng đến 12 tháng tuổi không giảm trong các tuần qua và hầu hết các trẻ này đều chưa được tiêm chủng dù đây là nhóm tuổi bắt buộc phải tiêm vaccine sởi mũi thứ nhất.
Trước tình hình này, Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh đề nghị UBND các quận, huyện, thành phố Thủ Đức chỉ đạo các đơn vị tiếp tục thực hiện “đi từng ngõ, gõ từng nhà, rà từng đối tượng” để phát hiện trẻ mới di biến động, cập nhật danh sách và mời trẻ tiêm; không để sót trẻ chưa tiêm trên địa bàn; tăng cường tuyên truyền, vận động các gia đình có trẻ đủ 9 tháng tuổi cần khẩn trương đưa trẻ đi tiêm chủng theo lịch tiêm chủng mở rộng, không trì hoãn vì bất cứ lý do gì ngoài các chỉ định của nhân viên y tế; tiếp tục truyền thông đến các gia đình có trẻ từ 1 đến 10 tuổi, nếu chưa tiêm đủ mũi cần chủ động liên hệ trạm y tế nơi cư trú hoặc trường học và cơ sở tư nhân để biết lịch tiêm chủng và đưa trẻ đi tiêm ngay.