Ngày 7/5/1955, Bộ Quốc phòng ra Nghị định số 284/NĐ-A thành lập Cục Phòng thủ bờ bể, là “cơ quan giúp Bộ Tổng tư lệnh chỉ đạo các lực lượng phòng thủ bờ bể, tổ chức đào tạo cán bộ, nhân viên thủy thủ; sản xuất, sửa chữa dụng cụ, phương tiện về thủy quân; xây dựng các thủy đội để bàn giao cho các khu và liên khu làm nhiệm vụ quản lý, bảo vệ chủ quyền, an ninh trên các vùng sông, biển”. Ngày 7/5/1955 trở thành mốc lịch sử đánh dấu sự ra đời của Hải quân nhân dân Việt Nam.
Ngày 24/8/1955, Cục Phòng thủ bờ bể tổ chức trọng thể Lễ thành lập hai thủy đội Sông Lô và Bạch Đằng tại Trường Huấn luyện bờ bể, bên bờ sông Cấm, thành phố Hải Phòng. Đại tướng Võ Nguyên Giáp, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng - Tổng Tư lệnh và đồng chí Đỗ Mười, Chủ tịch Ủy ban quân chính thành phố Hải Phòng, cùng đông đảo cán bộ, chiến sĩ Cục Phòng thủ bờ bể và nhân dân thành phố Hải Phòng đã chứng kiến buổi ra mắt của hai thủy đội. Đây là những viên gạch đầu tiên, là tiền thân của lực lượng tàu chiến đấu của Hải quân nhân dân Việt Nam sau này.
Đến cuối năm 1963, lực lượng Hải quân Việt Nam đã có sự phát triển vượt bậc. Sau gần 9 năm xây dựng (5/1955 - 12/1963), Hải quân nhân dân Việt Nam đã có các lực lượng tàu tuần tiễu ven biển, tàu phóng ngư lôi, tàu săn ngầm, vận tải, trinh sát và một số tàu phục vụ khác như tàu dầu, tàu chở nước, tàu đo đạc biển, trục vớt…, có khả năng tác chiến độc lập hoặc hiệp đồng chiến đấu trên biển; hệ thống cầu cảng, các đơn vị công binh công trình, lực lượng bảo đảm, phục vụ cùng với các cơ sở vật chất kỹ thuật đã được xây dựng; hệ thống ra đa, đài trạm quan sát được bố trí dọc ven biển từ Quảng Ninh đến Cửa Tùng. Cùng với đó là sự phát triển nhanh chóng cả về số lượng, chất lượng của đội ngũ cán bộ, chiến sĩ hải quân, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ.
Khi cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước bước vào giai đoạn ác liệt, trước yêu cầu của tình hình mới, ngày 3/1/1964, Bộ Quốc phòng quyết định đổi tên Cục Hải quân thành Bộ Tư lệnh Hải quân với nhiệm vụ: lãnh đạo, chỉ huy xây dựng Quân chủng Hải quân, tự đảm nhận nhiệm vụ hoạt động chiến đấu trên không phận, hải phận, bờ biển miền Bắc. Đây là sự kiện quan trọng đánh dấu bước phát triển mới trong lịch sử Hải quân nhân dân Việt Nam về quy mô tổ chức và sức mạnh chiến đấu trên con đường xây dựng một quân chủng mới - Quân chủng Hải quân, một quân chủng chiến đấu bằng lực lượng binh chủng hợp thành và phương tiện kỹ thuật hiện đại, lực lượng nòng cốt của chiến tranh nhân dân trên chiến trường sông nước, biển và hải đảo của Tổ quốc.
Chưa đầy 10 năm thành lập, quân chủng Hải quân nhân dân Việt Nam đã lập công ra quân đánh thắng trận đầu vào ngày 2 và 5/8/1964 - anh dũng đánh đuổi tàu khu trục Maddox của đế quốc Mỹ xâm phạm vùng biển miền Bắc, bắn rơi 1 máy bay; hiệp đồng chiến đấu với lực lượng Phòng không và quân, dân các địa phương ven biển miền Bắc bắn rơi 8 máy bay, bắn bị thương nhiều chiếc khác, bắt sống giặc lái, lập nên chiến công đánh thắng trận đầu. Chiến thắng này đã viết tiếp truyền thống “bách chiến, bách thắng”, đã ra quân là đánh thắng của Quân đội nhân dân Việt Nam.
Chiến thắng đó chỉ là một trong những mốc son của Hải quân nhân dân Việt Nam trong cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước. Cùng với quân dân cả nước trong hành trình vĩ đại đó, Hải quân đã nêu cao ý chí quyết tâm “Đánh địch mà đi, mở luồng mà tiến”, làm nòng cốt phối hợp, hiệp đồng với các lực lượng vũ trang đánh bại chiến tranh phong tỏa sông, biển miền Bắc bằng thủy lôi và bom từ trường của đế quốc Mỹ. Hải quân đã mở tuyến, thông luồng, nối lại tuyến vận tải đường biển chiến lược chi viện miền Nam, dũng cảm, táo bạo, kịp thời tiến công giải phóng và làm chủ quần đảo Trường Sa… góp phần cùng quân và dân ta giải phóng hoàn toàn miền Nam, thống nhất đất nước.
Theo Trung tướng Nguyễn Văn Bổng, Chính ủy Quân chủng Hải quân, Đảng ủy, Bộ Tư lệnh Quân chủng thường xuyên nắm chắc tình hình trên các vùng biển trọng điểm; kịp thời tham mưu, đề xuất với Quân ủy Trung ương, Bộ Quốc phòng xử lý thắng lợi các tình huống, không để bị động bất ngờ, bảo vệ được chủ quyền và các mục tiêu chiến lược, các hoạt động kinh tế biển, đồng thời giữ vững môi trường hòa bình, ổn định trên biển để phát triển đất nước.
Được Đảng, Nhà nước, quân đội và nhân dân quan tâm, đầu tư xây dựng nên những năm 2010 - 2015 là thời kỳ Hải quân nhân dân Việt Nam phát triển với tốc độ rất nhanh, tạo bước biến đổi quan trọng cả về lượng và chất. Đến năm 2014, Hải quân đã có đủ 5 thành phần lực lượng chiến đấu là: Tàu mặt nước, Tàu ngầm, Không quân Hải quân, Pháo binh - Tên lửa bờ, Hải quân đánh bộ - Đặc công Hải quân và các lực lượng phục vụ bảo đảm hậu cần, kỹ thuật, nghiên cứu khoa học kỹ thuật quân sự Hải quân. Các cơ sở giáo dục đào tạo ở các bậc trình độ chuyên môn kỹ thuật hải quân từ sơ cấp đến đại học và trên đại học được trang bị và cải tiến thiết bị phục vụ dạy và học hiện đại, giáo trình giảng dạy tiên tiến. Các nhà máy, xí nghiệp tiếp tục được củng cố, nâng cấp và xây dựng. Các cơ sở sản xuất, làm kinh tế quốc phòng khác được trang bị những thiết bị công nghệ mới hiện đại, nâng cao năng lực sản xuất kinh doanh và năng lực cạnh tranh để không ngừng phát triển phục vụ nhiệm vụ quốc phòng và làm kinh tế.
Cũng theo Trung tướng Nguyễn Văn Bổng, bám sát các nghị quyết lãnh đạo của Đảng, sự chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư và Quân ủy Trung ương, Quân chủng Hải quân chủ động tham mưu kịp thời cho Đảng, Nhà nước, Quân ủy Trung ương và Bộ Quốc phòng về xử lý, giải quyết những vấn đề có liên quan đến tình hình trên biển, thực hiện nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền biển, đảo và xây dựng Hải quân tiến lên hiện đại; thường xuyên duy trì tốt các hoạt động quản lý, nâng cao khả năng bảo vệ, giữ vững chủ quyền biển, đảo, thềm lục địa; tăng cường củng cố nền quốc phòng toàn dân, thế trận quốc phòng nhân dân trên các vùng biển, đảo; tích cực tổ chức các hoạt động tuyên truyền về biển đảo, huy động nguồn lực cho nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền và xây dựng hải quân chính quy, tinh nhuệ, hiện đại.
Trải qua 69 năm xây dựng, chiến đấu, chiến thắng và trưởng thành, các thế hệ cán bộ, chiến sĩ trong Quân chủng bằng mồ hôi, công sức và cả xương máu của mình nối tiếp nhau xây đắp và tô thắm truyền thống vẻ vang “Chiến đấu anh dũng; mưu trí, sáng tạo; làm chủ vùng biển; quyết chiến, quyết thắng”. Hải quân nhân dân Việt Nam đã lập nhiều thành tích, chiến công xuất sắc và đặc biệt xuất sắc, có những chiến công như huyền thoại, góp phần xứng đáng vào sự nghiệp chống Mỹ, cứu nước và xây dựng, bảo vệ Tổ quốc.
Trong giai đoạn hiện nay, nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền biển, đảo Tổ quốc đang đặt ra những yêu cầu cao hơn. Phát huy truyền thống 69 năm xây dựng, chiến đấu, chiến thắng và trưởng thành, tập thể cán bộ, chiến sĩ Quân chủng Hải quân nguyện ra sức xây dựng Quân chủng cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, hiện đại, luôn sẵn sàng chiến đấu trong mọi tình huống, góp phần ngăn ngừa đẩy lùi nguy cơ chiến tranh, xung đột để bảo vệ vững chắc chủ quyền biển, đảo thiêng liêng, bảo vệ Tổ quốc từ sớm, từ xa.