Phó Trưởng Ban thường trực là Thứ trưởng Bộ Xây dựng phụ trách lĩnh vực hạ tầng kỹ thuật.
Các Ủy viên là Thứ trưởng các Bộ, ngành: Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Y tế, Tài chính, Kế hoạch và Đầu tư, Tài nguyên và Môi trường, Khoa học và Công nghệ, Thông tin và Truyền thông và đại diện lãnh đạo Ngân hàng Phát triển Việt Nam.
Ban Chỉ đạo Chương trình chỉ đạo xây dựng và thông qua kế hoạch 5 năm, hàng năm triển khai thực hiện Chương trình Quốc gia bảo đảm cấp nước an toàn giai đoạn 2016 - 2025 và Chương trình quốc gia chống thất thoát, thất thu nước sạch đến năm 2025; chỉ đạo triển khai thực hiện 2 Chương trình theo kế hoạch đã được phê duyệt.
Bên cạnh đó, giúp Thủ tướng Chính phủ xây dựng và quyết định phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành về bảo đảm cấp nước an toàn và chống thất thoát nước sạch; huy động và phân bổ các nguồn lực triển khai thực hiện 2 Chương trình.
Đồng thời, giúp Thủ tướng Chính phủ điều phối các hoạt động liên ngành giữa các bộ, ngành cơ quan trung ương và địa phương trong việc tổ chức triển khai thực hiện Chương trình; chỉ đạo và phối hợp giải quyết những vấn đề liên ngành liên quan đến 2 Chương trình; đôn đốc, kiểm tra, giám sát, đánh giá việc triển khai thực hiện bảo đảm cấp nước an toàn và chống thất thoát nước sạch tại các địa phương.