Tuy nhiên đến nay có hai hạng mục là mở mới ga Xuân Sơn Nam (huyện miền núi Đồng Xuân) và nâng cấp mở rộng ga Đông Tác (thành phố Tuy Hòa) không thể triển khai thi công vì vướng giải phóng mặt bằng.
Hạng mục mở mới ga Xuân Sơn Nam có tổng diện tích sử dụng đất hơn 1,1 ha. Tổng số hộ dân thuộc phạm vi ảnh hưởng của dự án là 49 hộ; trong đó có 32 hộ phải bố trí tái định cư. Các bước thực hiện bồi thường hỗ trợ tái định cư đã được Ủy ban nhân dân huyện Đồng Xuân thực hiện. Khu tái định cư xây dựng xong vào tháng 4/2022 với 32 lô, diện tích hơn 200 m2/lô. Các thủ tục bốc thăm chọn lô tái định cư cũng đã được thực hiện. Thế nhưng người dân chưa thể dọn đến nơi ở mới và bàn giao lại mặt bằng cho chủ đầu tư triển khai thi công.
Là người dân nằm trong khu vực giải phóng đền bù, ông Nguyễn Hữu Phước cho biết, các hộ dân trong xóm đều rất đồng tình, ủng hộ với chủ trương của Nhà nước khi xây dựng mới ga Xuân Sơn Nam và sẵn sàng bàn giao mặt bằng. Nhưng do chưa nhận được tiền đề bù nên người dân không thể xây dựng nhà mới ở khu tái định cư đã được nhà nước bố trí.
Ai cũng mong muốn cơ quan chức năng sớm giải quyết chi trả tiền đền bù hỗ trợ cho người dân. Điều này thực hiện càng sớm càng tốt để bà con xây dựng nhà trong mùa khô. Hiện giá vật liệu xây dựng ngày càng tăng trong khi số tiền đề bù thì có mức quy định không thể tăng được. Nếu bà con nhận tiền đền bù chậm ngày nào thì chi phí bù đắp để xây dựng nhà ở càng khó khăn.
Lý giải về việc chậm tiến độ chi trả tiền bồi thường và hỗ trợ tái định cư, Ủy ban nhân dân huyện Đồng Xuân cho biết, Cục Kiểm tra văn bản quy phạm pháp luật của Bộ Tư pháp có Kết luận kiểm tra số 18/KL-KTrVB ngày 6/5/2022 đã nêu rõ một số nội dung của Quyết định 31/2019/QĐ-UBND của Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên là chưa phù hợp với quy định của pháp luật đất đai.
Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên đã chỉ đạo Sở Tài nguyên và Môi trường có Văn bản số 2150/STNMT-QLĐĐ ngày 30/6/2022 hướng dẫn Ủy ban nhân dân các huyện, thị xã, thành phố triển khai thực hiện định giá đất cụ thể. Vậy nên Ủy ban nhân dân huyện Đồng Xuân phải tiến hành thực hiện lại đầy đủ trình tự các thủ tục như: thu thập thông tin thửa đất cần định giá, lập phương án giá đất... Điều này khiến cho tiến độ bàn giao mặt bằng cho chủ đầu tư thi công ga Xuân Sơn Nam chậm so với kế hoạch dự kiến.
Tại hạng mục nâng cấp mở rộng ga Đông Tác (thành phố Tuy Hòa), chủ đầu tư cũng chưa thể triển khai thi công đồng bộ do vướng mặt bằng. Mặc dù đã hoàn thành các thủ tục thu hồi đất, hỗ trợ đền bù nhưng vẫn còn 5 hộ chưa đồng ý nhận tiền và bàn giao mặt bằng. Hiện Ủy ban nhân dân thành phố Tuy Hòa đang tiếp tục vận động các hộ này chấp hành quyết định thu hồi đất và nhận tiền đền bù. Trường hợp các hộ dân vẫn không giao đất, chính quyền địa phương sẽ hoàn chỉnh các thủ tục quyết định cưỡng chế theo quy định.
Ngoài ra, các hạng mục dự án cải tạo đoạn Vinh - Nha Trang, tuyến đường sắt Hà Nội - Thành phố Hồ Chí Minh qua tỉnh Phú Yên do Ban Quản lý dự án 85 (thuộc Bộ Giao thông Vận tải) làm chủ đầu tư đã phải gia hạn tiến độ. Theo tiến độ thi công điều chỉnh được Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt, các hạng mục thuộc gói thầu số 8 phải thi công hoàn thành trong tháng 10/2023.
Ngày 17/1/2023, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên có văn bản số 277/UBND-ĐTXD cam kết với chủ đầu tư sẽ hoàn thành và bàn giao mặt bằng cho đơn vị thi công ga Đông Tác trong tháng 3/2023. Đối với hạng mục mở mới ga Xuân Sơn Nam, địa phương cam kết bàn giao mặt bằng cho chủ đầu tư trong tháng 5/2023.
Tính từ thời điểm bàn giao mặt bằng thời gian thi công ga Xuân Sơn Nam là 11 tháng và thời gian thi công nâng cấp, mở rộng ga Đông Tác là 4 tháng. Trong khi đó, đến nay mặt bằng chưa được các địa phương bàn giao nên sẽ không thể đáp ứng tiến độ hoàn thành theo yêu cầu.
Ông Hoàng Vũ Nguyên, đại diện chủ đầu tư Ban Quản lý dự án 85 cho biết, do vướng mặt bằng nên các đơn vị không thể thi công hạng mục một cách đồng loạt. Ban Quản lý dự án 85 đã rất tích cực trong việc phối hợp với chính quyền địa phương để hoàn thành thủ tục thu hồi đất, giải phóng mặt bằng và chi trả đền bù, hỗ trợ tái định cư cho người dân.
Thời gian tới, Ban quản lý mong muốn Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên đẩy nhanh tiến độ giải phóng mặt bằng để tạo thuận lợi cho thi công những hạng mục còn lại. Dự án này cần sự kết nối đồng bộ các hạng mục từ ga Vinh đến ga Nha Trang. Nếu chậm tiến độ quá lâu sẽ ảnh hưởng lớn đến việc đảm bảo an toàn và ổn định thời gian chạy tàu trên tuyến Hà Nội - Thành phố Hồ Chí Minh.