Xã Nhị Khê hiện đã có di tích nhà thờ Nguyễn Trãi được xếp hạng di tích cấp quốc gia năm 1964, song nhà thờ này thực chất là nhà thờ họ Nguyễn có quy mô nhỏ hẹp nằm trên khuôn viên đất do dòng họ quản lý. Năm 2004, nhà thờ xuống cấp, địa phương lập dự án tu bổ và xây dựng nhà phương đình trong khuôn viên trường học cũ của thân phụ của cụ Nguyễn Trãi là nhà nho Nguyễn Phi Khanh, cách khuôn viên nhà thờ khoảng 500 mét.
Bà Lê Thị Liễu, Phó Chủ tịch UBND huyện Thường Tín cho rằng các hạng mục kiến trúc có quy mô nhỏ hẹp, không gian phân tán nên chưa bao hàm, tương xứng với ý nghĩa, giá trị của khu di tích.
Hồ sơ thiết kế khu lưu niệm Danh nhân văn hóa Nguyễn Trãi do UBND huyện Thường Tín lập năm 2017, trong số các hạng mục xây dựng có cả đền thờ mới. Đây chính là vấn đề mà nhiều nhà khoa học không đồng tình.
Nhiều nhà khoa học cho rằng nhà thờ Nguyễn Trãi đã được công nhận di tích cấp quốc gia và nó vẫn vẹn nguyên các giá trị văn hóa, lịch sử. Đặc biệt, trên phạm vi cả nước không một làng nào có hai nhà thờ hoặc hai đền thờ, thờ chung một vị thần hay một Anh hùng dân tộc, danh nhân văn hóa.
Phó Giáo sư, Tiến sĩ Phạm Mai Hùng, Phó Chủ tịch Hội đồng Khoa học Lịch sử Việt Nam cho rằng, huyện Thường Tín biện luận nhà thờ Nguyễn Trãi thuộc sở hữu của dòng họ Nguyễn ở Nhị Khê, việc quản lý cũng như phát huy giá trị di tích vẫn thuộc quyền của dòng họ nên cần thiết phải xây dựng đền thờ không có tính thuyết phục. Việc xây dựng mới đền thờ Nguyễn Trãi sẽ tạo nên sự bất hòa không đáng có giữa dòng họ Nguyễn ở Nhị Khê với chính quyền địa phương.
Đồng quan điểm này, Kiến trúc sư Lê Thành Vinh, nguyên Viện trưởng Viện Bảo tồn di tích khẳng định, không thể xóa bỏ một nhà thờ đã tồn tại nhiều năm trong lịch sử và đã được xếp hạng di tích cấp quốc gia. Việc tạo ra hai nơi thờ Danh nhân Nguyễn Trãi tại xã Nhị Khê hoàn toàn không hợp lý. Từ trước đến nay, nhà thờ Nguyễn Trãi đã làm tốt vai trò của nó trong lịch sử và hoàn toàn đáp ứng được nhu cầu thăm viếng, thờ tự, tín ngưỡng, tưởng niệm Danh nhân Nguyễn Trãi, vì vậy cần tiếp tục duy trì, bảo tồn, tôn tạo nhà thờ hiện nay.
Hiện, các nhà nghiên cứu văn hóa, các nhà khoa học cũng như huyện Thường Tín cùng thống nhất không xây mới đền thờ mà chỉ xây nhà lưu niệm và nhà trưng bày cùng các hạng mục khác tại Khu tưởng niệm Danh nhân văn hóa Nguyễn Trãi. Nhà lưu niệm không phải thiết kế như một ngôi đền cổ song vẫn cần có đầy đủ các yêu cầu về văn hóa tâm linh, có bàn thờ, có bát nhang... với ý nghĩa biểu trưng để tránh sự lẫn lộn, trùng lặp với nhà thờ Nguyễn Trãi hiện nay. Vì vậy không nên làm tượng và các đồ thờ liên quan. Nhân vật biểu trưng ở đây ngoài Nguyễn Trãi nên có cả nhà nho Nguyễn Phi Khanh - thân phụ của Nguyễn Trãi.
Cần nghiên cứu đầy đủ, kỹ lưỡng
Theo dự thảo quy hoạch tổng thể khu lưu niệm danh nhân văn hóa Nguyễn Trãi, diện tích đất dự kiến xây dựng khu lưu niệm rộng tới 3,5 ha trên cơ sở mở rộng khu Ao Huê, Vườn Ổi, trong đó một công trình chức năng chính là nhà lưu niệm hay còn gọi là đền chính có diện tích 300 m2 và 15 hạng mục khác phụ trợ cho công trình chính. Tính tất cả các hạng mục xây dựng trong khu này, tổng diện tích đất là 1.210 m2, chiếm 3% diện tích khu đất.
Theo đánh giá của các nhà khoa học, diện tích khu đất và các công trình không tương xứng nhau và như vậy là vô cùng lãng phí đất. Hơn nữa có những hạng mục công trình không hợp lý như lầu chiêng, gác trống không phù hợp với việc lưu niệm Danh nhân Nguyễn Trãi. Cả khu lưu niệm này không thể hiện được bản sắc và tính tiêu biểu của khu tưởng niệm Danh nhân Nguyễn Trãi.
Các nhà khoa học cho rằng, trên cơ sở khu vực Ao Huê, Trại Ổi hiện nay, có thể mở rộng phạm vi kết hợp với đền thờ Nguyễn Trãi và khuôn viên tượng đài hiện nay cũng như các dấu tích liên quan khác sẽ tạo thành một hệ thống địa điểm, công trình lưu niệm, tưởng niệm Nguyễn Trãi. Các thành phần khu lưu niệm mang tính chất lưu niệm chứ không phải tưởng niệm vì chức năng tưởng niệm đã có di tích đền thờ Nguyễn Trãi đảm nhiệm. Khu lưu niệm sẽ có những hạng mục có chức năng lưu giữ, trưng bày, giới thiệu những di tích, di vật, sự kiện, tác phẩm của danh nhân Nguyễn Trãi.
Nhiều người cũng đưa ra ý tưởng có thể kết hợp khu lưu niệm Danh nhân văn hóa Nguyễn Trãi với một công viên văn hóa lịch sử tại đây. Theo Phó Giáo sư, Tiến sĩ Đặng Văn Bài, Phó Chủ tịch Hội Di sản Văn hóa Việt Nam, công viên văn hóa lịch sử Nguyễn Trãi hay không gian văn hóa Nguyễn Trãi mới là đích cần hướng tới. Theo ông, cần tận dụng không gian của địa điểm lưu niệm Nguyễn Phi Khanh và Nguyễn Trãi ở Trại Ổi để xây dựng một công viên văn hóa lịch sử này.
Phó Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Công Việt, nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu Hán Nôm cũng đồng quan điểm rằng, chúng ta có thể xây dựng một địa điểm văn hóa mang tầm quy mô gắn với Nguyễn Trãi và Nguyễn Phi Khanh vì cội nguồn vấn đề là Nhị Khê tiên sinh với lưu tích lớp học cụ dạy ở Ao Hoa, Trại Ổi. Có thể gọi nơi đây là khu văn hóa hay trung tâm văn hóa gắn với tên tự của Nguyễn Trãi hay tên hiệu Ức Trai.
Còn thực tế, sau khi xem xét các ý tưởng và văn bản, đặc biệt là dự thảo quy hoạch xây dựng, nhà Sử học Lê Văn Lan nhận xét, huyện Thường Tín còn sơ sài trong việc chuẩn bị xây dựng khu lưu niệm Danh nhân văn hóa Nguyễn Trãi. Thậm chí có nhà khoa học còn cho rằng, ý tưởng và cách tiếp cận của dự án không hợp lý, không được tính toán cụ thể. Huyện Thường Tín cần làm lại theo từng bước chắc chắn, từ việc nghiên cứu đầy đủ, kỹ lưỡng, xây dựng ý tưởng trên những cơ sở khoa học và thực tiễn, có cách tiếp cận đúng và phù hợp, xây dựng dự án từ bước sơ bộ đến chi tiết một cách chuyên nghiệp. Việc tôn vinh Anh hùng dân tộc, Danh nhân văn hóa Nguyễn Trãi để xứng đáng với tầm vóc và vị thế của ông cần phải phù hợp và có ý nghĩa.