Theo đó, Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa kiến nghị phải xử phạt hành chính đối với Trường THPT chuyên Lam Sơn trong việc tổ chức dạy thêm, học thêm và thu nhiều khoản tiền khác trái quy định; đề nghị nhà trường phải truy thu tổng số tiền 116,4 triệu đồng là tiền đã cấp phụ cấp ưu đãi cho hiệu trưởng và tiền chi không đúng quy định khác. Nhà trường chấm dứt việc dạy thêm, học thêm trong hè và thu tiền bỗi dưỡng môn chuyên trong hè…
Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa xác định việc để xảy ra những sai phạm tại Trường THPT Chuyên Lam Sơn thời gian qua là do ông Chu Anh Tuấn, Hiệu trưởng nhà trường không thực hiện nghiêm các quy định của pháp luật và các chỉ đạo của UBND tỉnh Thanh Hóa. Do vậy, Sở Giáo dục và Đào tạo Thanh Hóa đã giao cho Hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lam Sơn tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm cá nhân, tập thể có sai phạm; chấm dứt việc lập quỹ trái quy định và các vi phạm khác; báo cáo kết quả khắc phục về Sở Giáo dục và Đào tạo trước ngày 10/4/2019.
Trước đó, thực hiện Công văn của Ban Nội chính Tỉnh ủy Thanh Hóa về việc giải quyết đơn phản ánh của một số giáo viên, phụ huynh Trường THPT Chuyên Lam Sơn, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Thanh Hóa đã tổ chức thanh kiểm tra công tác quản lý của nhà trường trong 3 năm (từ 2016-2019).
Theo đó, trong công tác tuyển dụng giáo viên, nhân viên từ năm 2017-2019, Trường THPT chuyên Lam Sơn đã ký hợp đồng làm việc với 3 giáo viên và cho hưởng lương theo ngạch bậc, hưởng phụ cấp ưu đãi từ ngân sách nhà nước không đúng quy định. Trong đó, có 1 giáo viên hợp đồng dạy môn thể dục - quốc phòng, dù giáo viên của trường không thiếu, đã gây lãng phí ngân sách Nhà nước hơn 72 triệu đồng.
Các môn Toán, Hóa, tiếng Anh nhà trường đã phân công 1 giáo viên dạy 2 lớp chuyên (bằng nhiệm vụ của 2 giáo viên), trong khi trường vẫn đủ giáo viên và đủ năng lực, nên việc bố trí như vậy là không đúng quy định về chế độ làm việc và khung vị trí việc làm.
Đối với công tác dạy thêm, học thêm: Các năm học 2016-2017 và 2017-2018, Trường THPT chuyên Lam Sơn không được cấp phép dạy thêm, học thêm nhưng nhà trường đã tự ý tổ chức cho tất cả các lớp học thêm từ thứ 2 đến thứ 6 trong tuần, thu tiền dạy thêm cao hơn mức quy định. Ngoài ra, từ năm học 2018-2019 trường đã tổ chức dạy 2 ca/môn/buổi không đúng quy định.
Năm học 2016-2017 và 2017-2018, trường tự ý phát hành vở viết gắn logo của trường không xin phép; thu tiền bảo vệ xe của học sinh với mức 15.000 đồng/tháng/học sinh đối với xe đạp và 20.000 đồng/tháng/học sinh đối với xe đạp điện để chi trả công cho 5 bảo vệ là sai quy định. Vì số lượng bảo vệ quá nhiều, trong khi nhà trường đã được đầu tư tiền xây dựng nhà để xe cho từng lớp.
Đáng chú ý, trường còn lập quỹ khuyến học và quỹ thi đua khen thưởng để thu tổng số tiền hơn 1 tỷ đồng trái phép. Hiệu trưởng đã trực tiếp ban hành các quyết định khen thưởng và lấy tiền từ các quỹ ra chi, nhưng nhiều khoản chi trùng lặp với các khoản đã chi tiền từ ngân sách. Cá biệt, trường đã lấy hơn 188 triệu đồng từ quỹ trên chi không đúng mục đích, như chi cho cán bộ, giáo viên nhân ngày giỗ tổ Hùng Vương và dịp nghỉ lễ 30/4.
Ngoài những vi phạm trên, Trường THPT chuyên Lam Sơn còn cho thuê một số phòng trong nhà chức năng trái quy định; tự ý cho mở dịch vụ ăn sáng trong trường; thu tiền của phụ huynh để mua 16 cây sưa; sử dụng kinh phí chi thường xuyên để trả tiền công di chuyển cây trái quy định; tiếp nhận 4 hồ sơ dự tuyển của giáo viên không hợp lệ; phối hợp tổ chức dạy tiếng Anh nhưng không qua thẩm định của Sở Giáo dục và Đào tạo.
Đối với cá nhân ông Chu Anh Tuấn, Hiệu trưởng Trường THPT chuyên Lam Sơn, đoàn thanh tra của Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Thanh Hóa chỉ rõ nhiều sai phạm. Cụ thể, năm học 2016-2017 ông Tuấn không tham gia giảng dạy; năm học 2017-2018 chỉ dạy 7 tiết/37 tuần (thiếu 67 tiết); năm học 2018-2019 tính đến ngày 24/1/2019 mới dạy có 3 tiết/19 tuần (thiếu 35 tiết). Tuy nhiên, chính ông Chu Anh Tuấn đã quyết định và chi cho bản thân mình đầy đủ tiền phụ cấp ưu đãi.