Trường Đại học Khoa học và Công nghệ Hà Nội là trường đại học công lập thuộc hệ thống giáo dục quốc dân, được thành lập theo Hiệp định giữa Chính phủ nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam (Việt Nam) và Chính phủ nước Cộng hòa Pháp (Pháp) về thành lập và phát triển Trường Đại học Khoa học và Công nghệ Hà Nội ký ngày 12/11/2009 và Quyết định số 2067/QĐ-TTg ngày 09/12/2009 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Trường Đại học Khoa học và Công nghệ Hà Nội.
Trường trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam (Viện Hàn lâm), chịu sự quản lý Nhà nước về giáo dục và đào tạo của Bộ Giáo dục và Đào tạo; chịu sự quản lý hành chính theo lãnh thổ của UBND TP Hà Nội.
Trường có chức năng và nhiệm vụ đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao về khoa học và công nghệ phục vụ sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội của Việt Nam, đặc biệt trong những lĩnh vực khoa học, công nghệ mũi nhọn.
Bên cạnh đó, đào tạo các trình độ đại học, thạc sĩ, tiến sĩ; gắn kết chặt chẽ hoạt động đào tạo với hoạt động nghiên cứu khoa học. Sinh viên, học viên, nghiên cứu sinh hoàn thành chương trình đào tạo được Trường cấp bằng tương ứng với trình độ đào tạo; nghiên cứu khoa học và công nghệ trong mối liên hệ chặt chẽ với doanh nghiệp; phổ biến kết quả nghiên cứu và thực hiện chuyển giao công nghệ.
Trường được xây dựng theo hướng đề cao nguyên tắc tự chủ, tự chịu trách nhiệm, tự do học thuật trong đào tạo và nghiên cứu. Trong đó, Trường được quyết định về cơ cấu tổ chức các đơn vị trực thuộc và ban hành các quy định nội bộ phù hợp với quy định của pháp luật. Trường được tuyển dụng, quản lý và sử dụng cán bộ, giảng viên, người lao động theo quy định của Nhà nước. Trường được quyết định số lượng người làm việc và được thành lập Hội đồng chức danh giáo sư cơ sở.
Trường được quyền huy động, quản lý, sử dụng các nguồn lực nhằm thực hiện mục tiêu đào tạo của Trường, được tự quyết định sử dụng nguồn kinh phí theo quy chế chi tiêu nội bộ của Trường.
Về cơ cấu tổ chức, Trường có Hội đồng trường, Hội đồng Nội trị (Senat), Ban Giám hiệu, Hội đồng khoa học và đào tạo, các khoa, phòng, ban, các đoàn thể và tổ chức chính trị - xã hội.
Hội đồng trường là tổ chức chịu trách nhiệm quyết định về phương hướng hoạt động của Trường, huy động và giám sát việc sử dụng các nguồn lực dành cho Trường, gắn Trường với cộng đồng và xã hội.
Các thành viên của Hội đồng trường do Chủ tịch Viện Hàn lâm bổ nhiệm theo đề nghị của hai Bên (Bên Việt Nam do Chủ tịch Viện Hàn lâm đề xuất; Bên Pháp do Đại sứ quán Pháp tại Việt Nam đề xuất). Hội đồng trường gồm 20 thành viên (trong đó có 1 Chủ tịch và 2 Phó Chủ tịch) không thuộc biên chế của Trường, không hưởng lương, nhưng được hưởng thù lao và phụ cấp khi tham gia các hoạt động của Hội đồng trường.
Mức thù lao, phụ cấp sẽ được xác định trong quy chế chi tiêu nội bộ của Trường. Thành viên Hội đồng trường của mỗi Bên bao gồm: 2 đại diện do Chính phủ hai nước cử; 3 đại diện các trường đại học và tổ chức nghiên cứu; 2 nhà khoa học ở ngoài Trường; 3 đại diện từ các tổ chức kinh tế - xã hội.
Hiệu trưởng không là thành viên của Hội đồng trường, được mời tham gia các cuộc họp của Hội đồng trường nhưng không có quyền biểu quyết.
Nhiệm kỳ của Hội đồng trường là 5 năm. Hết nhiệm kỳ, mỗi Bên bổ nhiệm mới 50% và bổ nhiệm lại 50% số thành viên. Thành viên không tham gia Hội đồng trường quá hai nhiệm kỳ liên tục.