Theo CMSA, tàu Thần Châu-16, được phóng lên bằng tên lửa đẩy Trường Chinh-2F từ Trung tâm phóng vệ tinh Tửu Tuyền sáng 30/5, đã tiến hành kết nối tự động nhanh chóng với trạm vũ trụ và ghép nối với module lõi Thiên Hà của trạm Thiên Cung ở độ cao 400 km phía trên Trái Đất, vào lúc 12h49 chiều 30/5 (theo giờ Bắc Kinh - tức 13h49 theo giờ Hà Nội).
Thông báo của CMSA cho biết 3 phi hành gia trên tàu Thần Châu-16 sẽ bước vào module Thiên Hà và 3 phi hành gia của sứ mệnh Thần Châu-15 đã sẵn sàng đón tiếp đoàn phi hành gia mới đến.
Đây là chuyến bay đầu tiên của thế hệ phi hành gia thứ 3 của Trung Quốc và là lần đầu tiên có sự tham gia của phi hành gia dân sự trong sứ mệnh trên tàu vũ trụ. Nhóm phi hành gia này sẽ tiến hành các nhiệm vụ nghiên cứu chuyên sâu kéo dài 5 tháng trên Thiên Cung, tiếp quản công tác từ các đồng nghiệp thuộc sứ mệnh Thần Châu-15, sau khi họ kết thúc nhiệm vụ 6 tháng làm việc tại đây. Chuyến bay của tàu Thần Châu đánh giá bước tiến mới của Trung Quốc trên con đường trở thành một cường quốc không gian.