Tàu Tiến bộ MS-09 được phóng từ Sân bay vũ trụ Baikonur, Kazakhstan bằng tên lửa đẩy Soyuz 2.1 vào lúc 21h51 phút (giờ GMT) ngày 9/7 và kết nối với ISS vào sáng sớm 10/7.
Cơ quan Vũ trụ Liên bang Nga cho rằng thời gian bay của tàu Tiến bộ MS-09 được rút ngắn là nhờ việc sử dụng hệ thống dẫn đường mới.
Tháng 2/2018, Cơ quan Vũ trụ Liên bang Nga đã phải hủy bỏ việc phóng tàu Tiến bộ MS-07 vào phút chót. Lần này, tàu vũ trụ không người lái của Nga mang theo hơn 2 tấn nhiên liệu, thực phẩm và các nguyên liệu phục vụ thí nghiệm khoa học để cung cấp cho phi hành đoàn hiện đang ở ISS bao gồm 6 người (3 phi hành gia của Cơ quan Hàng không Vũ trụ Mỹ - NASA, 1 phi hành gia người Đức của Cơ quan vũ trụ châu Âu và 2 phi hành gia Nga).