Trước đó, khoảng 12 giờ 45 phút ngày 12/4, tại hầm Bãi Gió, tuyến đường sắt Bắc - Nam trong điều kiện thời tiết bình thường đã xảy ra sạt lở đất, đá trong khi đơn vị thi công đang sửa chữa tuyến hầm này. Theo đó, hiện tượng sạt lở đất đá trên đỉnh hầm làm ách tắc vận tải đường sắt.
Ngay sau khi xảy ra sự cố, Bộ Giao thông vận tải đã chỉ đạo Ban Quản lý dự án 85 (Chủ đầu tư), các nhà thầu thi công và Tổng công ty Đường sắt Việt Nam phối hợp, huy động các nguồn lực thi công xuyên đêm để khắc phục trong thời gian sớm nhất.
Tại thời điểm đó, hầm Bãi Gió xuống cấp nghiêm trọng, điều kiện địa chất phức tạp, mặt bằng thi công hạn chế nên mới khắc phục được vị trí sạt lở đầu tiên, chưa khắc phục xong vị trí sạt lở thứ 2.
Hầm Bãi Gió được xây dựng trên tuyến đường sắt Hà Nội - TP Hồ Chí Minh từ thời Pháp với tuổi thọ hơn 100 năm, việc có nguy cơ xảy ra sạt lở hầm đã được nhận định, dự báo, đánh giá từ trước.
Khi xảy ra sự cố, theo ghi nhận tại hiện trường, sạt lở không gây thiệt hại về người. Khoảng 180 m3 đất đá đổ xuống bịt đường hầm. Tuyến đường sắt Bắc - Nam bị ách tắc.
Ban đầu, Công ty cổ phần Đường sắt Phú Khánh đã huy động hai đoàn tàu công trình vào từ hai đầu để vận chuyển đất, đá bị sạt, lở trong hầm để phun bê tông gia cố tạm vỏ hầm.
Ngành đường sắt phối hợp hai địa phương Phú Yên, Khánh Hòa cũng huy động hàng trăm lượt phương tiện giao thông đường bộ trung chuyển khách đi tàu giữa 2 ga Giã (Khánh Hòa) và Tuy Hòa (Phú Yên) tiếp tục hành trình đi tàu.