Theo đó, phần hầm hở Quốc lộ 1 (hướng từ TP Hồ Chí Minh đi tỉnh Đồng Nai) được sử dụng tổ chức giao thông hai chiều đối với các loại xe ô tô tải, xe ô tô khách và xe container (mỗi chiều lưu thông một làn đường rộng 5,6m) và bố trí dải phân cách bê tông phân cách hai chiều lưu thông. Các loại xe ô tô con lưu thông vào phần đường song hành hai bên theo đường hiện hữu.
Việc tổ chức điều chỉnh, phân luồng nhằm đảm bảo trật tự an toàn giao thông trong quá trình thi công giai đoạn 3 và giai đoạn 4 gói thầu xây lắp số 1 thuộc Dự án xây dựng cầu vượt trước bến xe miền Đông mới trên Xa lộ Hà Nội.
Dự án cầu vượt trước Bến xe niền Đông mới trên Xa lộ Hà Nội có tổng mức đầu tư 437 tỷ đồng khởi công tháng 11/2019. Dự án gồm xây cầu vượt số 3 (vượt tuyến chính Quốc lộ 1) gồm 3 làn xe (sát bên cầu vượt số 2 của nút giao Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh); cầu vượt số 4 (vượt tuyến chính Quốc lộ 1) gồm 3 làn xe để tổ chức cho các dòng xe từ bến xe miền Đông mới rẽ trái quay đầu về hướng trung tâm TP Hồ Chí Minh và về Bình Dương. Đồng thời, xây dựng đường chui trên phần đường song hành Quốc lộ 1 cho xe 2 bánh đi thẳng.
Dự án dự kiến hoàn thành vào tháng 12/2020. Đây là khu vực trước bến xe có lượng phương tiện đi lại lớn, thường xuyên ùn tắc giao thông. Sau khi hoàn thành, cầu vượt này có vai trò quan trọng trong việc giảm ùn tắc giao thông khu vực này.
Trong khi đó, bến xe miền Đông mới hiện đã hoàn thành và theo kế hoạch được đưa vào khai thác từ 15/8. Tuy nhiên, là do dịch COVID-19 diễn biến phức tạp, Tổng công ty Cơ khí giao thông vận tải Sài Gòn (Samco) đã gửi văn bản tới UBND TP Hồ Chí Minh tiếp tục lùi thời gian đưa vào khai thác.