Trước đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư có văn bản gửi Văn phòng Chính phủ về kiến nghị của của Liên danh nhà thầu Samsung - Kolon - TSK. Theo đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho rằng việc lựa chọn nhà thầu đối với dự án Vệ sinh môi trường Tp. Hồ Chí Minh được thực hiện theo quy định của Ngân hàng Thế giới (WB). Các nội dung liên quan đến hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ dự thầu cần căn cứ theo “Hướng dẫn đấu thầu mua sắm hàng hoá, công trình và dịch vụ phi tư vấn” của Ngân hàng Thế giới để xem xét, kiến nghị.
Đối với kiến nghị của Liên danh Samsung - Kolon - TSK về việc xung đột lợi ích giữa liên danh này và đơn vị tư vấn (Nippon Koei), Bộ Kế hoạch và Đầu tư nhận thấy xung đột lợi ích này xuất phát từ sự thay đổi tư vấn đấu thầu của chủ đầu tư sau thời điểm liên danh Samsung - Kolon-– TSK đã nộp hồ sơ dự thầu.
Do thay đổi này không xuất phát từ phía nhà thầu tham dự và xảy ra khi nhà thầu đã nộp hồ sơ dự thầu nên để bảo đảm tính khách quan, minh bạch đề nghị UBND Tp. Hồ Chí Minh làm rõ lý do thay đổi đơn vị tư vấn đấu thầu, tác động của việc thay đổi trên đến các nhà thầu tham dự, dẫn chiếu quy định nhà tài trợ về việc này. Đồng thời, đưa ra giải pháp xử lý triệt để không để ảnh hưởng đến quyền và lợi ích hợp pháp của nhà thầu cũng như tuân thủ quy định pháp luật và quy định của nhà tài trợ.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư đề nghị UBND Tp. Hồ Chí Minh khẩn trương xem xét, giải quyết triệt để kiến nghị của nhà thầu, đảm bảo tuân thủ quy định của pháp luật và yêu cầu cạnh tranh, công bằng, minh bạch để lựa chọn được nhà thầu đủ năng lực, kinh nghiệm thực hiện hiệu quả dự án, đồng thời sử dụng tiết kiệm, hiệu quả nguồn vốn vay.
Trong công văn số 4448/BTP-PLQT gửi Văn phòng Chính phủ, Bộ Tư pháp cho rằng việc lựa chọn nhà thầu, nhà đầu tư thuộc dự án có sử dụng vốn hỗ trợ ODA, vốn vay ưu đãi phát sinh từ điều ước quốc tế, thoả thuận quốc tế giữa Việt Nam với nhà tài trợ thì áp dụng theo quy định của điều ước quốc tế và thoả thuận quốc tế. Bộ Tư pháp đề nghị các bên liên quan thực hiện theo đúng quy định của Hiệp định vay đã ký với Ngân hàng Thế giới và pháp luật Việt Nam.
Trước đó, có 7 nhà thầu đạt sơ tuyển; trong đó, có liên danh Samsung - Kolon - TSK (gọi tắt là liên danh 1), liên danh Acciona - Vinci (gọi tắt là liên danh 2) tham gia đấu thầu gói thầu XL-02 (tổng mức đầu tư 307,3 triệu USD) thuộc dự án Vệ sinh môi trường Tp. Hồ Chí Minh giai đoạn 2 (có tổng vốn đầu tư 524 triệu USD; gồm vốn ODA của Ngân hàng Thế giới 450 triệu USD). Liên danh 1 bỏ giá thầu thấp nhất là 222,88 triệu USD nhưng vẫn bị loại vì chủ đầu tư đã chọn liên danh 2 có giá dự thầu 240,64 triệu USD (cao hơn 14,76 triệu USD) liên quan đến vấn đề "xung đột lợi ích" trong đấu thầu.
Từ kết quả này, liên danh 1 cho rằng, việc chủ đầu tư lựa chọn liên danh 2 trong khi liên danh này bỏ giá thầu cao hơn liên danh 1 đã vi phạm quy định của pháp luật về đấu thầu. Liên danh 1 kiến nghị các cơ quan chức năng từ Trung ương đến Tp. Hồ Chí Minh làm rõ kết quả trao thầu nói trên đảm bảo tính cạnh tranh, công bằng, minh bạch, hiệu quả kinh tế vì lợi ích của chủ đầu tư và của quốc gia.
Lý giải về việc không trao thầu cho liên danh 1, đại diện Ban Quản lý đầu tư dự án vệ sinh môi trường thành phố cho biết, trong quá trình đánh giá giá thầu cho gói XL-02, các đơn vị liên quan phát hiện TSK - thành viên của liên doanh 1 sở hữu 2,32% cổ phần vốn tại Nippon Koei, là chuyên gia tư vấn quốc tế giúp chủ đầu tư đánh giá các đơn đăng ký sơ tuyển, chuẩn bị hồ sơ dự thầu và đánh giá hồ sơ dự thầu.
Trên cơ sở tham khảo ý kiến của Ngân hàng Thế giới, chủ đầu tư kết luận rằng, có "xung đột về lợi ích" theo tài liệu đấu thầu, nguyên tắc đấu thầu mà Ngân hàng Thế giới đưa ra. Tình huống này xảy ra trong một khoảng thời gian dài nhưng không được liên danh 1 báo cáo, khi được phát hiện muộn trong thủ tục đấu thầu, chủ đầu tư đã quyết định không trao thầu cho liên danh 1 mà trao thầu cho liên danh 2 là liên danh bỏ giá thầu thấp thứ 2, chỉ sau liên danh 1.
Do có khiếu nại kết quả trúng thầu nên gói thầu XL-02 hiện đang bị ngưng trệ, ảnh hưởng chung đến tiến độ dự án. Cùng với đó, là khiếu nại về công tác nhân sự sau khi Ban Quản lý đầu tư dự án vệ sinh môi trường thành phố sáp nhập thành Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng hạ tầng đô thị, gây tâm lý bất an, hoài nghi trong cán bộ, người lao động đang làm việc tại Ban Quản lý đầu tư dự án vệ sinh môi trường thành phố.