Theo đó, sân bay này được quy hoạch công suất 2 triệu hành khách/năm và 4.400 tấn hàng hóa/năm, có thể khai thác máy bay code C hoặc tương đương. Sân bay có tổng số 8 vị trí đỗ tàu bay.
Sân bay Côn Đảo được quy hoạch là cảng hàng không nội địa, dùng chung dân dụng và quân sự. Sân bay Côn Đảo được quy hoạch cấp 4C (theo mã tiêu chuẩn của Tổ chức Hàng không dân dụng quốc tế - ICAO) và sân bay quân sự cấp II.
Quyết định của Bộ Giao thông Vận tải cũng nêu rõ sẽ mở rộng và nâng cấp đường cất hạ cánh trên nền đường cất hạ cánh hiện hữu đạt kích thước 1.830mx45m, lề vật liệu mỗi bên rộng 7,5m; xây dựng đường lăn song song cách tim đường cất hạ cánh khoảng 172,5m; xây dựng 3 đường lăn nối từ đường cất hạ cánh vào đường lăn song song và sân đỗ máy bay.
Về các công trình quản lý, điều hành bay, sẽ xây dựng mới đài kiểm soát không lưu phía Đông nhà ga hành khách; quy hoạch hệ thống đèn tiếp cận chính xác CAT I (năng lực giám sát hàng không mức 1) đầu 11; hệ thống đèn tiếp cận giản đơn đầu 29; lắp đặt hệ thống thiết bị hạ cánh chính xác CAT I tại đầu 11 của đường cất hạ cánh.
Cùng với đó, sân bay được nghiên cứu lắp đặt hệ thống tự động cảnh báo xâm nhập đường cất hạ cánh (ARIWS), hệ thống giám sát đa điểm (MLAT), hệ thống ra đa thời tiết, hệ thống giám sát bề mặt đường cất hạ cánh, hệ thống thiết bị phát hiện và xua đuổi chim khi có nhu cầu. Việc xác định vị trí được chuẩn xác trong các bước tiếp theo để đảm bảo hệ thống trang thiết bị hoạt động tối ưu.
Nhà ga hành khách cảng hàng không được quy hoạch xây dựng nhà ga mới phía Đông Nam nhà ga hiện hữu, 2 cao trình, đáp ứng công suất khai thác 2 triệu hành khách/năm; dự trữ quỹ đất mở rộng về phía Đông khi có nhu cầu.
Sân bay cũng quy hoạch vị trí nhà ga hàng hóa phía Tây nhà ga hành khách trên khu đất có diện tích khoảng 4.315m, xây dựng khi có nhu cầu. Nghiên cứu bố trí điểm xử lý hàng hóa đảm bảo khai thác 4.400 tấn hàng hóa/năm tại khu đất dự kiến quy hoạch nhà ga hàng hóa.
Đáng lưu ý, Bộ Giao thông Vận tải cũng quy hoạch xây dựng nút giao giữa đường khu đô thị và đường trục vào sân bay. Cụ thể, đường trục vào cảng được quy hoạch xây dựng đồng bộ với nhà ga hành khách gồm 1 đường trục chính 4 làn xe chạy kết nối từ tuyến đường trục khu đô thị Cỏ Ống vào khu vực cảng hàng không.
Tổng nhu cầu đất quy hoạch khoảng hơn 181 ha, gồm hơn 104 ha diện tích đất cảng hàng không hiện hữu và diện tích đất bổ sung khoảng gần 77 ha. Trong đó, diện tích đất hàng không dân dụng là hơn 52,5ha, diện tích đất quân sự hơn 9,3ha, diện tích đất dùng chung hơn 119 ha.
Theo Bộ Giao thông Vận tải, tốc độ tăng trưởng hành khách thông qua Cảng hàng không Côn Đảo vượt tốc độ dự báo trong hồ sơ quy hoạch được duyệt.
Cụ thể, theo quy hoạch được duyệt, giai đoạn đến năm 2025, Cảng hàng không Côn Đảo chỉ đạt 500.000 hành khách/năm. Tuy nhiên, thực tế giai đoạn 2010-2016, sân bay này đã đạt mức tăng trưởng trung bình 22,7%/năm.
Năm 2020, dù tình hình dịch bệnh COVID-19 diễn biến phức tạp, nhưng lượng vận chuyển hành khách tại Cảng hàng không Côn Đảo vẫn đạt 447.750 hành khách, tăng 4,1% so với năm 2019. Công suất tiếp nhận hành khách tại Cảng hàng không Côn Đảo đã vượt qua công suất nhà ga hành khách hiện tại.
Theo quy hoạch được duyệt, Cảng hàng không Côn Đảo là sân bay cấp 3C (theo ICAO), chỉ khai thác được tàu bay ATR-72 và tương đương. Tuy nhiên, theo kế hoạch của các hãng hàng không, những năm tới sẽ loại bỏ dần loại máy bay ATR-72. Đồng thời, các loại máy bay A320, A321 hiện nay đang khai thác cũng sẽ được dần thay thế bằng các loại máy bay phản lực thế hệ mới như: A319neo, A320neo, A321neo và tương đương để khai thác các tuyến nội địa.
Do vậy, việc quy hoạch nâng cấp khu bay và mở rộng Cảng hàng không Côn Đảo để đảm bảo khai thác với các loại tàu bay mới như A319neo, A320neo, A321neo và tương đương là cần thiết.