Theo đó, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đề xuất hai phương án.
Phương án 1 di dời trạm BOT T2 về phía TP Cần Thơ qua ngã 3 Lộ Tẻ (giao Quốc lộ 80 với Quốc lộ 91) tại vị trí khoảng Km49+200 Quốc lộ 91.
Theo đánh giá đại diện Tổng cục Đường bộ Việt Nam, ưu điểm của phương án này sẽ giải quyết căn bản kiến nghị của Hiệp hội vận tải An Giang và các chủ phương tiện lưu thông theo hướng đi từ Quốc lộ 80 (hướng từ tỉnh Kiên Giang, Đồng Tháp) qua trạm T2 về tỉnh An Giang và ngược lại.
Tuy nhiên, phương án này cũng có nhược điểm khi trường hợp phải di dời trạm T2 đến vị trí mới sẽ ảnh hưởng các hộ dân liên quan đến giải phóng mặt bằng để xây dựng trạm; tạo tiền lệ xấu, ảnh hưởng đến tình hình chung của các dự án BOT trong cả nước và chủ trương của Đảng và Nhà nước về kêu gọi nguồn lực xã hội hóa đầu tư.
Mặt khác, di dời trạm T2 sẽ phát sinh chi phí giải phóng mặt bằng, chi phí xây dựng trạm tại vị trí mới khoảng tỷ đồng; việc giải phóng mặt bằng và xây dựng trạm thu phí mất thời gian khoảng hơn 1 năm; làm lại các thủ tục đầu tư rất mất thời gian...
Hơn nữa, dự án tuyến nối Quốc lộ 91 và tuyến tránh thành phố Long Xuyên dự kiến hoàn thành năm 2022. Như vậy, sau khi xây dựng hoàn thành trạm thu phí tại vị trí Km49+200 Quốc lộ 91 được gần 1 năm là lúc dự án tuyến tránh Long Xuyên đưa vào sử dụng. Lưu lượng xe hướng Quốc lộ 80, cầu Vàm Cống, TP Cần Thơ đi Long Xuyên và ngược lại có thể không đi qua trạm thu phí tại vị trí Km49+200 Quốc lộ 91. Do đó, Tổng cục Đường bộ Việt Nam thừa nhận việc di chuyển trạm thu phí sẽ dẫn đến tình trạng lãng phí.
Trên cơ sở phân tích dòng phương tiện các hướng xe lưu thông qua cầu Vàm Cống, cập nhật các chỉ tiêu tài chính đến thời điểm hiện tại, lãnh đạo Tổng cục Đường bộ Việt Nam cho rằng, phương án này sẽ có thời gian thu phí hoàn vốn dự kiến 32 năm 7 tháng.
Về phương án 2, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đề xuất giữ nguyên trạm thu phí T2 tại Km50+050. Phương án này theo phân tích có ưu điểm là tổ chức thu phí lại được ngay tại trạm T2, thời gian thu phí của dự án không bị kéo dài; không gây lãng phí sau khi tuyến tránh thành phố Long Xuyên dự kiến hoàn thành đưa vào vận hành khai thác năm 2022.
Tuy nhiên, nhược điểm của phương án này là chủ các phương tiện đi theo hướng từ Quốc lộ 80 (hướng từ tỉnh Kiên Giang, Đồng Tháp) qua trạm thu phí T2 về tỉnh An Giang và ngược lại, nhất là đối với các phương tiện không nằm trong diện được miễn giảm giá dịch vụ sử dụng khoảng 1,2 km nhưng phải trả tiền dịch vụ cho cả dự án có thể không đồng tình dẫn đến phản đối, gây rối tại trạm thu phí T2, việc giữ ổn định trong tổ chức thu phí gặp nhiều khó khăn.
Qua phân tích các ưu, nhược điểm của cả hai phương án nêu trên, lãnh đạo Tổng cục Đường bộ Việt Nam cho rằng, mỗi phương án đều có những ưu điểm và bất cập riêng. Do đó, để giải quyết đảm bảo hài hòa lợi ích của Nhà nước, nhà đầu tư và người dân, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đề xuất Bộ Giao thông Vận tải chủ trì làm việc với các ngân hàng cho nhà đầu tư điều chỉnh lại cơ cấu trả nợ gốc và giữ nguyên nhóm nợ cho nhà đầu tư.
Khi đó, dự án chỉ tổ chức thu phí hoàn vốn tại trạm thu phí T1 (Km16+905) đến khi dự án tuyến tránh thành phố Long Xuyên hoàn thành đưa vào sử dụng các phương tiện qua khu vực sẽ có sự lựa chọn, không phải qua trạm thu phí T2. Sau đó, nhà đầu tư sẽ tổ chức thu phí tại trạm thu phí T2 Quốc lộ 91 (Km50+050) để hoàn vốn cho dự án đồng thời có giải pháp đẩy nhanh tiến độ thực hiện dự án tuyến tránh thành phố Long Xuyên để sớm hoàn thành, đưa vào khai thác.
Trước đó, Công ty cổ phần Đầu tư Quốc lộ 91 (Cần Thơ - An Giang) - nhà đầu tư dự án đã có đề nghị nhà nước nhận lại dự án và hoàn trả chi phí đầu tư để nhà đầu tư có nguồn vốn trả nợ ngân hàng, ổn định tình hình sản xuất kinh doanh. Trường hợp Chính phủ không có phương án nhận lại dự án, để đảm bảo duy trì thực hiện hợp đồng BOT theo đúng thỏa thuận đã được ký kết giữa nhà đầu tư và Bộ Giao thông Vận tải, nhà đầu tư đề nghị Chính phủ có phương án hỗ trợ dự án 880 tỷ đồng (gồm chi phí giải phóng mặt bằng khoảng 400 tỷ đồng và chi phí xây dựng Quốc lộ 91B khoảng 480 tỷ đồng). Dự án chỉ thực hiện thu phí tại trạm T1 để hoàn vốn đầu tư xây dựng Quốc lộ 91.
Bên cạnh đó, nhà đầu tư kiến nghị Chính phủ, Bộ Giao thông Vận tải có phương án tiếp tục giảm giá phương tiện thuộc tỉnh Đồng Tháp (trước đó Bộ Giao thông Vận tải đã thực hiện giảm phí tổng số 11.757 phương tiện của hộ dân có hộ khẩu thường trú trong phạm vi lân cận trạm T1 và T2 thuộc TP Cần Thơ, tỉnh An Giang, Kiên Giang).
Trong thời gian đưa ra phương án xử lý vướng mắc trạm thu phí T2, đảm bảo hài hòa lợi ích giữa Nhà nước, nhà đầu tư, ngân hàng tài trợ vốn và người sử dụng dịch vụ đường bộ, nhà đầu tư đề nghị Bộ Giao thông Vận tải làm việc với Ngân hàng Nhà nước, ngân hàng tài trợ vốn dự án chấp thuận điều chỉnh lại cơ cấu trả nợ gốc và giữ nguyên nhóm nợ cho nhà đầu tư.
Dự án đầu tư cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 91 theo hình thức BOT với tổng mức đầu tư hơn 1.700 tỷ đồng, có 2 trạm thu phí là trạm T1 đặt ở quận Ô Môn và trạm T2 qua quận Thốt Nốt (Cần Thơ). Năm 2016, hai trạm thu phí này đi vào hoạt động. Sau khi cầu Vàm Cống thông xe ngày 19/5/2019, đến ngày 21/5, nhiều tài xế phản ứng trạm BOT T2, cho rằng trước đây qua phà Vàm Cống, xe ô tô dưới 12 chỗ ngồi và xe tải dưới 3 tấn chỉ mất 25.000 đồng/lượt.
Nay có cầu Vàm Cống, tuy thời gian được rút ngắn do không phải chờ phà nhưng phải qua trạm T2 mất 35.000 đồng/lượt, dù chỉ đi khoảng hơn 200m trên Quốc lộ 91. Do đó, nhiều tài xế đã phản ứng dữ đội bằng cách dừng, đỗ xe trước làn thu phí dẫn đến ùn tắc giao thông, mất an ninh trật tự khu vực và nhà đầu tư liên tục phải xả trạm.
Sau khi xảy ra sự cố tại trạm BOT T2, thực hiện chỉ đạo của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền, nhà đầu tư đã tiến hành xả trạm và không thu phí từ ngày 25/5 đến nay.