Trước đó, ngày 28/4, Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh xử sơ thẩm đã tuyên án ba bị cáo: Diệp Dũng 2 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước”; Nguyễn Hoài Bắc (nguyên cán bộ Công an) 5 năm tù, Lê Thị Phương Hồng 6 năm tù, cùng tội “Cố ý làm lộ bí mật nhà nước” theo Điều 337 Bộ luật Hình sự năm 2015. Sau bản án sơ thẩm, bị cáo Dũng kháng cáo kêu oan; hai bị cáo còn lại không kháng cáo.
Theo nội dung vụ án, tháng 12/2020, Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã khởi tố vụ án "Lạm quyền trong khi thi hành công vụ" và "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng", khởi tố bị can, bắt tạm giam ông Diệp Dũng.
Sau khi Cơ quan điều tra làm việc với Chủ tịch Hội đồng quản trị Saigon Co.op Diệp Dũng, Nguyễn Hoài Bắc là thành viên tổ xác minh có kết quả làm việc và phương hướng kiểm tra xác minh việc thu thập hồ sơ liên quan đến hai hợp đồng hợp tác đầu tư 1.000 tỷ đồng ngày 19/8/2016 và việc huy động vốn năm 2016 của Saigon Co.op để thực hiện thương vụ BigC. Sau đó, Bắc trao đổi những nội dung này qua tin nhắn với một người khác, mục đích để xác minh, thu thập thông tin làm rõ bản chất vụ án.
Lê Thị Phương Hồng sống như vợ chồng với Nguyễn Hoài Bắc. Bằng nhiều cách thức, Hồng biết được nội dung nhắn tin, trao đổi của Bắc. Từ đó, Hồng đã cung cấp cho Diệp Dũng một số thông tin có trong báo cáo tiến độ giải quyết và kết quả quá trình xác minh vụ việc sai phạm tại Saigon Co.op, là những thông tin thuộc chế độ “mật” theo quy định pháp luật.
Vào tháng 8/2022, Cơ quan An ninh điều tra Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã hoàn tất kết luận điều tra, chuyển hồ sơ sang Viện Kiểm sát nhân dân cùng cấp đề nghị truy tố Diệp Dũng và 8 bị can.
Theo Cơ quan điều tra, quá trình hoạt động của Saigon Co.op từ 1999 - 1/2020 có 9 lần tăng vốn điều lệ. Trong đó, việc tăng vốn điều lệ lần thứ 9 từ 3.200 tỉ đồng lên 6.797 tỉ đồng (tăng thêm 3.597 tỉ đồng, chiếm khoảng 53%), với sự chỉ đạo trực tiếp của Diệp Dũng. Cụ thể, ngày 19/8/2016, Diệp Dũng không thông qua Hội đồng quản trị đã tự ý lấy 1.000 tỉ đồng từ tiền huy động vốn nhằm đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam; sau đó, tự ý ký hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á và Công ty Đô thị mới với số tiền 1.000 tỉ đồng trên.
Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á, Công ty Đô thị mới, Saigon Co.op được nhận tỷ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Sau đó, Diệp Dũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm. Việc này gây thiệt hại cho Saigon Co.op gần 115,7 tỉ đồng (trong đó thiệt hại về thuế là hơn 29,7 tỉ đồng).