Theo đó, 5 bị cáo là cựu cán bộ, lãnh đạo của Bộ Y tế gồm: Cao Minh Quang (sinh năm 1956, cựu Thứ trưởng Bộ Y tế) bị Tòa tuyên phạt 30 tháng tù treo; Dương Huy Liệu (sinh năm 1948, cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế) 24 tháng tù treo; Nguyễn Nam Liên (sinh năm 1970, cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế, Phó Trưởng ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế) 24 tháng tù; Phạm Thị Minh Nga (sinh năm 1972, chuyên viên Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế, cựu Kế toán trưởng Ban quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A (H5N1) Bộ Y tế) 15 tháng tù treo; Nguyễn Việt Hùng (sinh năm 1956, cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế) 30 tháng tù về cùng tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng". Riêng bị cáo Hùng do đã bị tuyên phạt 3 năm tù trong một bản án trước đó, Hội đồng xét xử tổng hợp hình phạt chung đối với bị cáo Hùng là 5 năm 6 tháng tù.
Ba bị cáo còn lại gồm: Lương Văn Hóa (sinh năm 1957, cựu Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) bị tuyên phạt 9 năm tù, Nguyễn Văn Thanh Hải (sinh năm 1967, cựu Kế toán trưởng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) 6 năm tù, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (sinh năm 1952, cựu Giám đốc Chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành phòng xuất nhập khẩu thuộc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) 5 năm tù về cùng tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Bản án sơ thẩm nêu, thực hiện kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir phòng, chống dịch cúm A (H5N1) tại Việt Nam của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở thông báo giá thành sản xuất thuốc Oseltamivir của Bộ Tài chính, Bộ Y tế giao kế hoạch và đặt hàng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long (viết tắt là Công ty CPDP Cửu Long) sản xuất thuốc Oseltamivir từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu theo hình thức ký và thực hiện các hợp đồng kinh tế.
Theo quy định, Công ty CPDP Cửu Long phải chấp hành cơ chế quản lý giá và các mức giá do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định. Quá trình thực hiện kế hoạch sản xuất thuốc, Công ty CPDP Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu từ bên bán nhưng với động cơ vụ lợi, Lương Văn Hóa đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, chỉ đạo Nguyễn Văn Thanh Hải hạch toán trái nguyên tắc kế toán; chỉ đạo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa lập thư giãn nợ để che giấu việc kiểm tra, thanh tra; đồng thời chỉ đạo Nguyễn Văn Thanh Hải, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa hợp thức hồ sơ thanh toán che giấu nhằm giữ lại số tiền giảm giá mua nguyên liệu 3.848.000 USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng) để sử dụng, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Hội đồng xét xử đánh giá vai trò của 3 bị cáo: Dương Huy Liệu, Nguyễn Nam Liên và Phạm Thị Minh Nga được giao nhiệm vụ ký kết, theo dõi việc thực hiện, thanh quyết toán hợp đồng sản xuất thuốc giữa Bộ Y tế và Công ty CPDP Cửu Long. Quá trình thực hiện hợp đồng và khi thanh lý hợp đồng, các bị cáo này đã không xem xét, kiểm tra việc thực hiện điều khoản đàm phán, giảm giá mua nguyên liệu được quy định trong hợp đồng (không kiểm tra chứng từ thanh toán mua nguyên liệu; không yêu cầu báo cáo việc thực hiện điều khoản đàm phán giảm giá).
Đối với cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang, biết Công ty CPDP Cửu Long chưa thanh toán số tiền 3.848.000 USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo tiếp tục kiểm tra, làm rõ. Sau đó, Bộ Tài chính có Công văn số 32/BTC-HCSN ngày 11/02/2009 đề nghị Bộ Y tế tiếp tục kiểm tra làm rõ bản chất số tiền Công ty CPDP Cửu Long chậm trả nhà cung cấp nguyên liệu hay đã được giảm giá để có biện pháp thu hồi cho Nhà nước, tuy nhiên bị cáo Cao Minh Quang không thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ được giao.
Bản án sơ thẩm xác định: Bị cáo Lương Văn Hóa với vai trò là Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng Giám đốc Công ty CPDP Cửu Long, là người chịu trách nhiệm chính trong việc thực hiện Hợp đồng sản xuất thuốc với Bộ Y tế. Bị cáo Lương Văn Hóa biết rõ các quy định của pháp luật về việc quản lý giá đối với hàng hóa, dịch vụ do Nhà nước đặt hàng bằng nguồn ngân sách Nhà nước và điều khoản của Hợp đồng sản xuất thuốc với Bộ Y tế. Mặc dù Công ty CPDP Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu nhưng bị cáo Hóa đã chỉ đạo đồng phạm hạch toán kế toán trái quy định, lập thư giãn nợ, hợp thức hồ sơ thanh toán báo cáo sai sự thật với Bộ Y tế, che giấu việc giảm giá mua nguyên liệu, nhằm giữ lại số tiền hơn 3,8 triệu USD để sử dụng tại Công ty, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Đối với bị cáo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa, bị cáo có nhiệm vụ tham mưu cho Tổng Giám đốc trong việc ký kết và thực hiện các hợp đồng mua bán nguyên liệu; lập các hợp đồng kinh tế về nhập khẩu nguyên liệu, theo dõi thực hiện hợp đồng đó, kiểm tra thanh lý các hợp đồng đã hoàn tất; thực hiện đầy đủ những quy định của Nhà nước, của Công ty trong việc quản lý tiền hàng…
Quá trình điều tra bị cáo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa không thừa nhận việc Công ty Mambo cho giảm giá mua nguyên liệu, không nhận là người tham mưu để lãnh đạo Công ty CPDP Cửu Long ký Hợp đồng, phụ lục hợp đồng với Công ty ZPT nhằm hợp thức hồ sơ che giấu Bộ Y tế về việc được giảm giá mua nguyên liệu.
Tuy nhiên, tại phiên tòa, bị cáo Nghĩa đã thừa nhận một phần hành vi vi phạm, bị cáo thừa nhận việc soạn thư giãn nợ là không đúng.
Hội đồng xét xử phân tích, mặc dù biết việc Công ty Mambo đồng ý giảm giá mua nguyên liệu, nhưng theo chỉ đạo của Lương Văn Hóa, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa đã lập thư giãn nợ ngày 25/8/2006, lập hợp đồng, phụ lục hợp đồng với Công ty ZPT để giúp bị cáo Hóa hợp thức hồ sơ thanh toán, nhằm che giấu Bộ Y tế việc được giảm giá mua nguyên liệu. Hành vi của bị cáo Nghĩa đã phạm tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Trong nhóm các bị cáo bị truy tố về hành vi "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ", Tòa xác định bị cáo Hóa là chủ mưu, chỉ đạo các bị cáo khác thực hiện hành vi che giấu, hợp thức hồ sơ thanh toán, giữ lại khoản tiền hơn 3,8 triệu USD của Nhà nước nên bị cáo Hóa phải chịu trách nhiệm cao nhất trong vụ án. Hai bị cáo Hải, Nghĩa là đồng phạm, tham gia giúp sức bị cáo Hóa thực hiện hành vi phạm tội.
Hội đồng xét xử kết luận, hành vi của các bị cáo là nghiêm trọng, gây bất bình trong dư luận xã hội, làm ảnh hưởng xấu tới uy tín của ngành Y… do vậy cần có hình phạt nghiêm minh, tương xứng đối với các bị cáo để cảnh cáo, răn đe và phòng ngừa chung.