Theo cáo trạng, Nguyễn Sơn Lộ là Viện trưởng Viện Nghiên cứu công nghệ và phát triển SENA (viết tắt là Viện SENA). Viện SENA có nhiệm vụ nghiên cứu, xây dựng và triển khai các chương trình, dự án trên các lĩnh vực kinh tế, khoa học công nghệ, giáo dục đào tạo, môi trường, nghiên cứu, đề xuất các biện pháp quản lý và chính sách phát triển trong các lĩnh vực kinh tế…
Với danh nghĩa là Viện trưởng Viện SENA, Nguyễn Sơn Lộ đã biên soạn biên tập, phát tán nhiều tài liệu; soạn thảo nội dung, thiết kế các trang bìa tài liệu trên máy tính cá nhân sau đó chuyển qua email cho một số nhân viên Viện SENA đi in. Sau đó Nguyễn Sơn Lộ chỉ đạo nhân viên Viện SENA thuê in tài liệu và gửi cho hàng trăm người qua bưu điện. Danh sách người nhận do bị cáo Lộ cung cấp. Ngoài ra, bị cáo còn gửi tài liệu qua thư điện tử cho nhiều cá nhân, tổ chức khác.
Hội đồng Giám định tư pháp của Bộ Thông tin và Truyền thông xác định 6 tài liệu đều có nội dung xâm phạm lợi ích của Nhà nước; quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân.
Hội đồng xét xử xác định đây là hành vi nguy hiểm cho xã hội, gây ảnh hưởng xấu đến an ninh trật tự và an toàn xã hội. Với hành vi này, bị cáo Nguyễn Sơn Lộ đã phạm tội “Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân”.
Tại phiên tòa, bị cáo Lộ thừa nhận hành vi “Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân” như cáo trạng truy tố, tuy nhiên bị cáo cho rằng hành vi của bị cáo chỉ thuộc khoản 1, Điều 331 - Bộ luật Hình sự. Hội đồng xét xử xác định hành vi của bị cáo đã gây ảnh hưởng xấu đến an ninh, trật tự, an toàn xã hội… thuộc quy định của khoản 2, Điều 331 - Bộ luật Hình sự, nên đã kết án bị cáo theo Điều khoản này.
Ngoài ra, từ tháng 11/2020 đến tháng 7/2022, bị cáo còn cho thuê trái phép một phần trụ sở Viện SENA thu lợi hơn 2,3 tỷ đồng. Việc làm này trái với điều lệ hoạt động của Viện, trái với quy định Luật quản lý, sử dụng tài sản công. Căn nhà số 35 Điện Biên Phủ (Hà Nội) thuộc sở hữu Nhà nước, Viện SENA thuê của Nhà nước để làm trụ sở. Nhưng từ năm 2005, Viện SENA không nộp tiền thuê nhà, không thực hiện kê khai cơ sở nhà đất đang quản lý sử dụng, tự ý cho các tổ chức nước ngoài thuê một phần diện tích.
Hội đồng xét xử đánh giá, hành vi cho thuê trụ sở trái phép của bị cáo đã xâm phạm trật tự quản lý hành chính Nhà nước về nhà đất, gây cản trở quyền quản lý, sắp xếp, cho thuê, gây thất thu tiền thuê nhà của Nhà nước, gây bức xúc trong dư luận, phức tạp về an ninh, trật tự. Với việc cho thuê nhà trái phép, bị cáo Lộ bị kết án về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Về hành vi này, bị cáo Lộ thừa nhận hành vi như cáo trạng đã truy tố, tuy nhiên bị cáo không cho đó là hành vi vi phạm pháp luật.
Đối với một số nhân viên của Viện SENA thực hiện theo chỉ đạo của bị cáo Lộ, xét thấy họ không tham gia biên soạn, biên tập, góp ý kiến, không biết tài liệu được giao đi in có nội dung vi phạm pháp luật… nên Cơ quan điều tra không xem xét trách nhiệm hình sự đối với những người này.