Theo cáo trạng, Vân và anh Nguyễn Văn Thiện (sinh năm 1975) chung sống với nhau tại một căn hộ trên phố Trịnh Công Sơn (phường Nhật Tân, quận Tây Hồ, Hà Nội). Do có mâu thuẫn trong tình cảm và làm ăn nên Vân nảy sinh ý định đưa ma túy vào ô tô của anh Thiện để anh Thiện bị bắt.
Để thực hiện ý định, Vân đưa cho bà Nguyễn Thị Vững (là Thượng úy, công tác tại Cục Cảnh sát phòng chống buôn lậu - Bộ Công an) một phong bì ghi số nhà, số biển kiểm soát xe của anh Thiện. Vân nói với bà Vững là xe anh Thiện có ma túy và nhờ báo công an bắt.
Sáng 28/6/2016, một người đàn ông (chưa xác định được) đã bỏ ma túy vào gốc cây trên phố Trịnh Công Sơn. Vân lấy ma túy này để vào cốp trước trong xe ô tô của anh Thiện. Chiều tối cùng ngày, khi cả Vân và anh Thiện đi gặp khách tại Mỹ Đình, Vân gọi điện báo cho bà Vững lịch trình của ô tô.
Khoảng 21h30 cùng ngày, lực lượng cảnh sát cơ động đã kiểm tra, phát hiện trên xe ô tô của anh Thiện có hơn 7gam heroin và 1,5 gam Methamphetamin. Anh Thiện bị bắt giữ nhưng không đủ cơ sở để chứng minh hành vi phạm tội. Anh Thiện sau đó thu thập chứng cứ rồi tố cáo hành động vu khống của Vân.
Tại cơ quan điều tra, Vân khai đã kể có mâu thuẫn với anh Thiện nên bà Vững nói sẽ cho anh này đi tù với giá 1 tỷ đồng. Vân đồng ý và được bà Vững bảo người mang ma túy tới. Tuy nhiên, Nguyễn Thị Vững phủ nhận các lời khai trên. Cơ quan điều tra kết luận không đủ căn cứ làm rõ bà Vững là đồng phạm với Vân nên tách hồ sơ để tiếp tục điều tra, xử lý sau.
Thấy vậy, anh Thiện đã gửi đơn đề nghị Tòa án nhân dân quận Nam Từ Liêm trả hồ sơ để tiến hành điều tra bổ sung vụ án vì cho rằng Nguyễn Thị Vững có liên quan tới việc mình “bỗng dưng” bị bắt. Trong đơn, anh Thiện khẳng định đã giao nộp một băng ghi âm nói chuyện giữa Vân và Vững dài hơn 3 tiếng nhưng cơ quan điều tra chỉ trích xuất ở phút thứ 59 là thiếu khách quan, bỏ lọt chứng cứ.
Anh Thiện trích dẫn một đoạn bà Vững nói với Vân: “Chị khẳng định mày lượng hàng như thế bắt là chết... Ngay lúc đầu tiên chị đã tin mày, chị giúp mày cái việc đấy, bây giờ mày hỏi mang ma túy vào xe có được không? Chị nói với mày có hàng trong xe là chết có phải không”.
Liên quan đến vụ việc, tháng 12/2017, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội cũng thụ lý vụ tranh chấp tài sản chung giữa nguyên đơn Nguyễn Văn Thiện và bị đơn Nguyễn Thị Vân. Tài sản tranh chấp giữa 2 bên là 7 bất động sản tại quận Tây Hồ và huyện Đông Anh (Hà Nội).