Trong đó, Tòa phúc thẩm quyết định giảm nhẹ hình phạt cho 10 bị cáo có đơn kháng cáo, không chấp nhận kháng cáo của 5 nhà thầu.
Tòa phúc thẩm chấp nhận kháng cáo của bị cáo Mai Tuấn Anh (nguyên Tổng Giám đốc Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam - VEC) và 9 bị cáo khác. Tòa tuyên phạt bị cáo Mai Tuấn Anh mức án 36 tháng tù nhưng cho hưởng án treo (án sơ thẩm 42 tháng tù giam) về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Những bị cáo còn lại là nguyên Giám đốc chất lượng của nhà thầu thi công các gói thầu, nguyên Kỹ sư vật liệu của các gói thầu (thuộc Dự án Cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi) được Tòa phúc thẩm chấp nhận kháng cáo và nhận mức án từ 2 năm - 5 năm tù (án sơ thẩm 30 tháng tù đến 6 năm tù) về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng”.
Hội đồng xét xử nhận định: Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi là công trình trọng điểm quốc gia, do Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) làm chủ đầu tư, có tổng chiều dài gần 140km.
Cụ thể, giai đoạn 1 dài 65km từ thành phố Đà Nẵng tới thành phố Tam Kỳ (Quảng Nam), thông xe tháng 8/2017, gồm 8 gói thầu. Giai đoạn 2 dài hơn 74km, từ Tam Kỳ đến thành phố Quảng Ngãi, thông xe tháng 9/2018, gồm 5 gói thầu. Nhưng khi vừa đi vào sử dụng, đường cao tốc đã xuất hiện nhiều điểm hư hỏng, ảnh hưởng nghiêm trọng tới vận hành khai thác, an toàn giao thông.
Theo Hội đồng xét xử, hành vi phạm tội của các bị cáo là nguy hiểm cho xã hội; việc đưa các bị cáo ra xét xử là cần thiết. Tuy nhiên, Hội đồng xét xử cũng xét thấy các bị cáo đều có nhân thân tốt, tích cực hợp tác trong quá trình điều tra; họ đều là người làm công ăn lương, có trình độ chuyên môn cao, không tư lợi và đều mong muốn tuyến đường được sử dụng, khai thác hiệu quả… nên có cơ sở chấp nhận kháng cáo của các bị cáo.
Đối với bị cáo Mai Tuấn Anh,Tòa phúc thẩm nhận định, nguyên Tổng Giám đốc VEC đã buông lỏng công tác quản lý, không kiên quyết chỉ đạo để kịp thời khắc phục những tồn tại trong quá trình thực hiện dự án về nguồn vật liệu, công tác thi công và nghiệm thu dự án. Ngoài ra, bị cáo Tuấn Anh cũng không kiểm tra, kiểm soát chất lượng thi công, dẫn đến thi công không đúng thiết kế dự án, không đảm bảo chất lượng công trình, gây thiệt hại cho tài sản Nhà nước với hậu quả đặc biệt nghiêm trọng. Tại phiên phúc thẩm, Hội đồng xét xử thấy rằng nguyên Tổng Giám đốc VEC có nhiều đóng góp trong công tác, khắc phục 300 triệu đồng nên việc áp dụng mức án tù giam là không cần thiết. Từ đó, Hội đồng xét xử quyết định chấp nhận kháng cáo của bị cáo Mai Tuấn Anh.
Bên cạnh đó, Hội đồng xét xử nhận thấy kết luận giám định đảm bảo tính khách quan, chính xác. Quá trình giải quyết vụ án cho thấy đã có sự sai phạm dẫn đến chất lượng công trình chưa đảm bảo. Việc VEC thanh toán 460 tỷ đồng cho các nhà thầu thi công là không đúng quy định bởi khi công trình có hư hỏng thì cần sửa chữa, nếu không khắc phục được thì phải thi công lại. Vì vậy, Hội đồng xét xử buộc nhà thầu thi công phải hoàn trả cho VEC số tiền 460 tỷ đồng như bản án sơ thẩm đã tuyên, tương ứng với các gói thầu không đảm bảo chất lượng.
Trước đó, Hội đồng xét xử sơ thẩm Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên buộc 5 nhà thầu phải bồi thường cho chủ đầu tư là Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam với tổng số tiền 460 tỷ đồng, tương ứng giá trị các gói thầu không đạt chất lượng. Trong đó, Tổng công ty Xây dựng số 1 (CC1) bồi thường cho gói A1 giá trị 47,5 tỷ đồng; Tập đoàn công trình giao thông tỉnh Sơn Đông (Trung Quốc) bồi thường gói A2 giá trị 129 tỷ đồng; Tập đoàn xây dựng tỉnh Giang Tô (Trung Quốc) bồi thường gói A3 trị giá 85 tỷ đồng; Tập đoàn Lotte E&C (Hàn Quốc) bồi thường gói A4 trị giá 127 tỷ đồng và Tập đoàn Posco E&C (Hàn Quốc) bồi thường gói A4 trị giá 71 tỷ đồng. Tòa sơ thẩm ghi nhận nhà thầu CC1 không yêu cầu các bị cáo bồi hoàn. Sau đó, 5 nhà thầu kháng cáo do không đồng ý với phần trách nhiệm phải bồi thường.