Theo đó, Ủy ban nhân dân tỉnh Bình Thuận quyết định thi hành kỷ luật với hình thức giáng chức đối với ông Lê Nguyễn Thanh Danh, Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Bình Thuận. Lý do được xác định là: Ông Lê Nguyễn Thanh Danh được phân công phụ trách lĩnh vực đất đai, là Chủ tịch Hội đồng thẩm định quy hoạch sử dụng đất; bản thân là người tham mưu và nắm rõ các văn bản chỉ đạo của Ủy ban nhân dân tỉnh, các hướng dẫn, chỉ đạo của Sở Tài nguyên và Môi trường tuy nhiên đã thiếu trách nhiệm, không kiểm tra để Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh, Chi nhánh Văn phòng Đăng ký đất đai Phan Thiết đề nghị và ký cho tách thửa trên một khu đất với số lượng lớn, dẫn đến việc hình thành khu dân cư tự phát; chuyển thông tin địa chính không đúng quy định làm thất thoát ngân sách Nhà nước như Kết luận số 1696/KL-UBND của Ủy ban nhân dân tỉnh.
Ông Lê Nguyễn Thanh Danh đã trực tiếp ký cho phép tách thửa không đúng quy định, không chỉ đạo kiểm tra việc UBND thành phố Phan Thiết cho phép chuyển mục đích sử dụng đất trái quy định tạo điều kiện cho các hộ gia đình, cá nhân thực hiện phân lô, bán nền, hình thành các khu dân cư tự phát để trục lợi; trong đó có trường hợp khi phát hiện Ủy ban nhân dân thành phố Phan Thiết không đồng ý cho tách thửa thì Sở Tài nguyên và Môi trường cũng không thu hồi văn bản cho tách thửa đã ký và chỉ đạo Văn phòng Đăng ký đất đai dừng việc ký tách thửa này.
Các sai phạm nêu trên gây dư luận không tốt về công tác quản lý Nhà nước trên lĩnh vực đất đai, quy hoạch đô thị tại địa bàn thành phố Phan Thiết, ảnh hưởng đến uy tín của địa phương, uy tín của cá nhân ông Lê Nguyễn Thanh Danh, của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh.
Trước đó, theo Kết luận thanh tra số 1696/KL-UBND ngày 16/5/2019 về công tác quản lý Nhà nước về quản lý đất đai, quản lý trật tự xây dựng trên địa bàn các xã Tiến Lợi, Thiện Nghiệp và Phong Nẫm, thành phố Phan Thiết từ đầu năm 2016 đến tháng 9/2018 có nhiều hạn chế, sai phạm: Có biểu hiện tùy tiện trong việc lập, phê duyệt quy hoạch sử dụng đất hàng năm của các xã Thiện Nghiệp, Phong Nẫm và Tiến Lợi, không phù hợp với Quy hoạch sử dụng đất thành phố Phan Thiết giai đoạn 2011-2020 đã được UBND tỉnh Bình Thuận phê duyệt, dẫn đến các sai phạm có hệ thống như: Cho phép các hộ gia đình, cá nhân chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở nông thôn có diện tích lớn (khoảng gần 1.000m2 trở lên) nhưng không thực hiện việc thẩm định điều kiện, nhu cầu sử dụng đất của hộ gia đình, cá nhân, không đúng theo kế hoạch sử dụng đất hàng năm của thành phố Phan Thiết đã được UBND tỉnh phê duyệt. Từ đó, các hộ gia đình, cá nhân xin chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở nông thôn, sau đó thực hiện thủ tục hợp thửa, tách thửa, tự san lắp mặt bằng, đầu tư cơ sở hạ tầng và phân lô bán nền đất ở nông thôn, đã và đang hình thành các điểm dân cư tạo mới không đúng quy chuẩn, tiêu chuẩn về xây dựng, chưa có quy hoạch chi tiết xây dựng, quy hoạch điểm dân cư nông thôn được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt hoặc không phù hợp quy hoạch xây dựng nông thôn mới ở các xã.
UBND thành phố Phan Thiết từ đầu năm 2016 đến tháng 9/2018 có quyết định cho 139 thửa đất với tổng diện tích 176.815 m2 chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp trồng cây hàng năm, cây lâu năm sang đất ở nông thôn trên địa bàn xã Tiến Lợi, xã Thiện Nghiệp, xã Phong Nẫm không đúng quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất hàng năm đã được UBND tỉnh phê duyệt, làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý đất đai (Điều 52, Luật Đất đai năm 2013). UBND thành phố Phan Thiết cố ý, tùy tiện làm trái các quy định của Nhà nước trong việc xác định khu vực, vị trí thửa đất, mục đích sử dụng đất trước khi chuyển mục đích không đúng thực tế, không đúng quy định (xác định vị trí thửa đất trước khi chuyển mục đích, thay đổi, điều chỉnh thông tin bất thường, luôn xác định thấp hơn quy định) gây thất thoát cho ngân sách Nhà nước.
Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh khi cho tách thửa đất ở nông thôn không kiểm tra việc UBND thành phố Phan Thiết cho phép chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở nông thôn nên không phát hiện việc UBND thành phố Phan Thiết cho chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở nông thôn trái quy định, dẫn đến các hộ gia đình, cá nhân lợi dụng việc cơ quan có thẩm quyền cho tách thửa đất ở trên diện tích được chuyển mục đích sử dụng đất trái quy định; phân lô nền đất, thực hiện việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất ở nông thôn (nền đất ở) rất nhiều trên địa bàn các xã Thiện Nghiệp, Phong Nẫm, Tiến Lợi. Các cá nhân chuyển nhượng đất ở nộp tiền sử dụng đất thấp hơn so với quy định, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước.
Kết luận thanh tra nêu rõ: Việc UBND thành phố Phan Thiết cho chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp trồng cây hàng năm, cây lâu năm sang đất ở nông thôn trái với các quy định pháp luật, làm phá vỡ quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch xây dựng, quy hoạch xây dựng nông thôn mới trên địa bàn xã Tiến Lợi, xã Thiện Nghiệp, xã Phong Nẫm, đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Việc UBND thành phố Phan Thiết cho phép chuyển mục đích sử dụng đất đối với 139 thửa đất với tổng diện tích 176.815 m2 trái quy định pháp luật và Sở Tài nguyên và Môi trường (cơ quan có thẩm quyền) cho tách thửa ở trên các thửa đất này không đúng kế hoạch sử dụng đất hàng năm đã được UBND tỉnh phê duyệt. Các cá nhân lợi dụng việc cơ quan có thẩm quyền cho tách thửa đất ở, trên diện tích được chuyển mục đích sử dụng đất trái quy định; phân lô bán nền đất, thực hiện việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất ở (nền đất ở) rất nhiều trên địa bàn xã Thiện Nghiệp, xã Phong Nẫm, xã Tiến Lợi đã tạo điều kiện, giúp sức cho một số cá nhân tách thửa đất, hợp thửa hình thành điểm dân cư tạo mới, phân lô bán nền đất thu lợi bất chính số tiền lớn, gây thất thoát cho ngân sách Nhà nước, gây bức xức trong dư luận.
Tháng 9/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an tỉnh Bình Thuận đã thực hiện Lệnh bắt tạm giam ông Trần Hoàng Khôi (Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Phan Thiết), ông Phạm Thanh Thái (Trưởng phòng Tài nguyên Môi trường, thành phố Phan Thiết) và ông Lê Hoàng Anh Tân (chuyên viên phòng Tài nguyên Môi trường, thành phố Phan Thiết) để điều tra về hành vi "Vi phạm các quy định về quản lý đất đai" (quy định tại khoản 3 Điều 229 Bộ luật Hình sự năm 2015) xảy ra tại thành phố Phan Thiết.
Liên quan đến những sai phạm "Vi phạm các quy định về quản lý đất đai" xảy ra tại thành phố Phan Thiết, đầu tháng 11/2019, Sở Tài nguyên Môi trường tỉnh Bình Thuận cũng đã kỷ luật giáng chức Giám đốc Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh Bình Thuận đối với ông Phạm Văn Quân (ông Quân giữ chức Phó Giám đốc đơn vị này từ ngày 1/11); cách chức Phó Giám đốc Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh Bình Thuận đối với ông Nguyễn Hữu Đức; cách chức Giám đốc, Phó Giám đốc Chi nhánh Văn phòng Đăng ký đất đai thành phố Phan Thiết đối với ông Nguyễn Ngọc Hải và Nguyễn Hữu Hoành; cảnh cáo và khiển trách 2 cán bộ của Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh Bình Thuận.