Ngành Hải quan đã xây dựng trình Chính phủ ban hành quyết định 149/2005/QĐ-TTg, ngày 20/6/2005, cho phép thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử với mục tiêu: "từng bước cải cách hoạt động nghiệp vụ hải quan theo hướng phù hợp với chuẩn mực của hải quan hiện đại trong khu vực và thế giới; chuyển đổi từ thủ tục hải quan thủ công sang thủ tục hải quan điện tử; tổng kết, rút kinh nghiệm để hoàn thiện quy trình thủ tục hải quan điện tử".
Sau thời gian chuẩn bị, thủ tục hải quan điện tử đã được chính thức thực hiện thí điểm vào tháng 9/2005 tại 2 Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh và Hải Phòng đã đạt được những kết quả khả quan.
Tính đến ngày 21/12/2012, Bộ Tài chính - Tổng cục Hải quan đã triển khai thực hiện thủ tục hải quan điện tử qua 2 giai đoạn: Giai đoạn một là từ tháng 9/2005 đến tháng 11/2009 là giai đoạn thí điểm hẹp theo Quyết định 149/2005/QĐ-TTg ngày 20/6/2005 của Thủ tướng Chính phủ về việc thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử. Giai đoạn hai là từ tháng 12/2009 đến tháng 12/2012, giai đoạn thí điểm mở rộng theo Quyết định 103/2009/QĐ-TTg ngày 12/8/2009 sửa đổi, bổ sung một số điều Quyết định 149/2005/QĐ-TTg về việc thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử.
Sau khi có đầy đủ cơ sở pháp lý và các nguồn lực để thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử, tháng 9/2005 Tổng cục Hải quan ban hành quyết định chính thức vận hành hệ thống thủ tục hải quan điện tử tại Chi cục Hải quan điện tử Hải Phòng - Cục Hải quan TP Hải Phòng; tại Chi cục Hải quan điện tử TP Hồ Chí Minh.
Với mục tiêu thực hiện thí điểm mở rộng, trên cơ sở những kết quả đạt được và chưa đạt được khi thực hiện Quyết định 149/2005/QĐ-TTg, Bộ Tài chính - Tổng cục Hải quan nhận thấy những vấn đề đã thực hiện thành công, cần nhanh chóng tiếp tục mở rộng phạm vi thực hiện (loại hình kinh doanh, gia công, sản xuất xuất khẩu) cho các Chi cục của Cục Hải quan trọng điểm, cho tất cả các doanh nghiệp được tham gia.
Ngày 12/8/2009, Chính phủ đã ban hành Quyết định 103/2009/QĐ-TTg sửa đổi, bổ sung một số điều Quyết định 149/2005/QĐ-TTg về việc thí điểm thủ tục hải quan điện tử. Địa bàn thí điểm mở rộng: 13 Cục Hải quan tỉnh, thành phố gồm: Cục Hải quan TP Hải Phòng, Thành phố Hồ Chí Minh, Hà Nội, Đà Nẵng, Đồng Nai, Bình Dương, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bà Rịa - Vũng Tàu, Quảng Ngãi và Cục Hải quan các tỉnh, thành phố khác.
Loại hình xuất nhập khẩu thực hiện thí điểm cũng đã được áp dụng thủ tục hải quan điện tử cho 3 loại hình chính (hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán, gia công, sản xuất hàng xuất khẩu) và 6 loại hình khác (chế xuất ưu tiên, tạm nhập tái xuất, XNK dự án đầu tư, XNK tại chỗ, XNK trả lại, chuyển cửa khẩu).
Theo đánh giá của ngành Hải quan, Quyết định 103/2009/QĐ-TTg có vai trò to lớn, làm tiền đề cho việc đẩy nhanh tiến độ cải cách hiện đại hóa ngành Hải quan nói chung cũng như triển khai TTHQĐT nói riêng, đảm bảo nguyên tắc vừa tạo điều kiện thuận lợi cho thương mại vừa đảm bảo yêu cầu quản lý nhà nước của cơ quan Hải quan. Ưu điểm nổi trội là việc mở rộng đối tượng và phạm vi thực hiện so với giai đoạn 1. Theo đó, tất cả các tổ chức, cá nhân xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa có nhu cầu đều được tham gia thực hiện TTHQĐT; địa bàn thực hiện TTHQĐT từ 2 Cục Hải quan tăng lên 21 Cục Hải quan tỉnh, thành phố.
Đối với cơ quan Hải quan, khi tham gia TTHQĐT cán bộ hải quan đã nhận thức rõ cải cách hiện đại hóa là xu thế tất yếu để phát triển bộ máy nhà nước nói chung, cơ quan Hải quan nói riêng; thực hiện thành công việc cải cách thủ tục hành chính: Với phương thức quản lý hiện đại thông qua áp dụng các phương thức kiểm tra, đối chiếu và xử lý tự động một số bước trong quy trình thủ tục, một số giấy tờ thuộc bộ hồ sơ hải quan cũng như một số thủ tục hành chính được cắt giảm khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử mà vẫn đảm bảo quản lý; tiết kiệm chi phí; tăng hiệu quả quản lý qua việc thủ tục hải quan điện tử được thực hiện trên nền tảng quản lý rủi ro, kiểm tra trọng tâm trọng điểm; đảm bảo tính chính xác trong việc thống kê; nâng cao tinh thần trách nhiệm, tính chuyên nghiệp và đạo đức của công chức hải quan; nâng cao hình ảnh ngành Hải quan đối với xã hội, các cơ quan quản lý nhà nước và cộng đồng doanh nghiệp…
Đối với cộng đồng doanh nghiệp rõ nhất là tiết kiệm thời gian do việc tự động hóa của hệ thống, tiết kiệm chi phí cho doanh nghiệp, bao gồm: chi phí đi lại khi thực hiện khai báo trên Internet; chi phí mua tờ khai hải quan; chi phí chuẩn bị bộ hồ sơ giấy và chi phí nhân lực…
Tính toán chi phí sơ bộ khi thực hiện một thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực hải quan trước và sau khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử cho thấy tổng chi phí hàng năm mà các cá nhân, tổ chức tiết kiệm được là trên 20%.
Đối với các cơ quan, tổ chức có liên quan là việc tạo động lực cho các cơ quan bộ, ngành đẩy nhanh tốc độ cải cách hiện đại hóa, điện tử hóa thủ tục hành chính trong lĩnh vực quản lý được Chính phủ giao, góp phần thực hiện mục tiêu hiện đại hóa chung của đất nước.