Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, công tác quản lý, sử dụng đất đai, quy hoạch sử dụng đất, thu hồi đất, cho thuê và chuyển đổi mục đích sử dụng đất của tỉnh Quảng Trị còn một số tồn tại, hạn chế.
Nhiều doanh nghiệp được giao đất, thuê đất nhưng do thiếu năng lực, chưa thực hiện đúng các quy định của pháp luật về đất đai, dẫn đến chậm đưa vào sử dụng, gây lãng phí đất đai. Trong đó, một số doanh nghiệp được thuê đất tại các khu công nghiệp, khu kinh tế chưa phù hợp với quy hoạch chi tiết được phê duyệt. Một số doanh nghiệp được UBND tỉnh giao, cho thuê đất, trong đó có đất rừng, nhưng chưa thực hiện đầy đủ trình tự, thủ tục giao, cho thuê đất, chuyển đổi mục đích sử dụng. Một số doanh nghiệp đựợc UBND tỉnh cấp phép khai thác khoáng sản, nhưng chưa có Hợp đồng thuê đất, chưa nộp tiền ký quỹ đảm bảo thực hiện dự án theo quy định.
Đặc biệt, Thanh tra Chính phủ kết luận, UBND tỉnh cấp giấy chứng nhận đầu tư cho Công ty Cổ phần đầu tư Sài Gòn được hưởng ưu đãi không đúng quy định theo Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Đầu tư năm 2005; xác định giá trị tiền sử dụng đất không đúng quy định của Luật Đất đai năm 2003, gây thất thoát ngân sách nhà nước hơn 14,1 tỷ đồng.
UBND tỉnh cho phép bán trụ sở Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật sau khi có ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về việc tạm dừng mà không báo cáo xin ý kiến Thủ tướng Chính phủ. "Cần ngiêm túc kiểm điểm trách nhiệm cá nhân, tổ chức để xảy ra sai phạm. Trách nhiệm thuộc Chủ tịch UBND tỉnh, Giám đốc các Sở: Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tài chính" - Thanh tra Chính phủ kết luận.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ kiểm điểm Chủ tịch, các Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Trị nhiệm kỳ 2011 - 2016 và 2016 - 2021 có liên quan đến các sai phạm; Đồng thời Thanh tra Chính phủ kiến nghị giao Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Trị thu hồi vào ngân sách Nhà nước số tiền hơn 14,25 tỷ đồng (từ Công ty Cổ phần Đầu tư Sài Gòn và thu phí bảo vệ môi trường của 29 chủ đầu tư các dự án khác); thu hồi số tiền 5,718 tỷ đồng đối với các đơn vị còn nợ tiền thuê và tiền sử dụng đất, thu hồi 1,586 tỷ đồng tiền ký quỹ phục hồi môi trường và 5,977 tỷ đồng tiền cấp quyền khai thác của Công ty Cổ phần Phát triển Khoáng sản 4.
Trước đó, ngày 17/2, tại buổi công bố kết luận thanh tra về việc quản lý, sử dụng đất đai, môi trường, đầu tư xây dựng trên địa bàn tỉnh Quảng Trị giai đoạn từ 1/1/2013 đến 30/6/2018 diễn ra tại tỉnh Quảng Trị, sau khi nghe thông báo, UBND tỉnh Quảng Trị đã có giải trình.
Cụ thể giải trình của tỉnh Quảng Trị cho biết: Việc bán trụ sở Chi cục trồng trọt và Bảo vệ thực vật thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có chủ trương của UBND tỉnh Quảng Trị trước chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về tạm dừng thực hiện thủ tục bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất. Cụ thể, ngày 26/7/2016, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Quảng Trị thống nhất, đề nghị UBND tỉnh Quảng Trị cho phép bán đấu giá trụ sở Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật, để có thêm kinh phí xây dựng trụ sở mới của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Sau khi lấy ý kiến các ngành liên quan, UBND tỉnh Quảng Trị đã có văn bản số 4730/UBND-TM, ngày 11/11/2016 về việc đồng ý để Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổ chức bán đấu giá trụ sở Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật theo quy định.
Trong khi đó đến ngày 7/3/2017, Thủ tướng Chính phủ mới có ý kiến chỉ đạo tại văn bản số 342/TTg-V.I về việc tạm dừng bán tài sản và chuyển nhượng sử dụng đất theo Quyết 09/2007/QĐ-TTg.
Từ tháng 3- 8/2017, các sở, ngành tiếp tục thực hiện các quy trình bán đấu giá trụ sở Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật. Đến ngày 28/8/2017, UBND tỉnh Quảng Trị ra quyết định phê duyệt kết quả bán đấu giá trụ sở Chi cục trồng trọt và Bảo vệ thực vật, với tổng số tiền trên 14,5 tỷ đồng; trong đó tài sản trên đất hơn 1,35 tỷ đồng, còn lại trên 13 tỷ đồng là tiền đất.
Với việc thực hiện chủ trương của UBND tỉnh Quảng Trị ban hành từ hơn 7 tháng trước khi có chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại văn bản số 342/TTg-V.I; Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Quảng Trị cho rằng, việc bán đấu giá trụ sở Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật, là quá trình chuyển tiếp thực hiện chủ trương của UBND tỉnh này. Thông báo bán đấu giá trụ sở này đã được Cục Công sản thuộc Bộ Tài chính chấp thuận và đăng tải thông tin trên phạm vi cả nước. Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Quảng Trị: “Đối chiếu với quy định, tài sản trụ sở Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật không thuộc đối tượng dôi dư phải bán theo Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, mà tài sản đã xuống cấp trong khi không có nguồn kinh phí sửa chữa, phải bán thanh lý lấy kinh phí bổ sung đầu tư xây dựng lại trụ sở mới của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, trong đó có Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật”.