Quá trình điều tra cũng như tại phiên tòa, Nguyễn Văn Khuê đã thừa nhận việc thực hiện ký 8 hợp đồng cho thuê 9 ki-ốt bán hàng trong thời gian 10 năm và thu số tiền 1,8 tỷ đồng nhưng không nhập vào quỹ của Hợp tác xã mà giữ lại để sử dụng. Lời khai của bị cáo phù hợp với lời khai của những người có liên quan và các tài liệu chứng cứ đã thu thập được có trong hồ sơ vụ án. Tuy nhiên, Nguyễn Văn Khuê không thừa nhận việc chiếm đoạt số tiền 1,8 tỷ đồng của Hợp tác xã Nghĩa Phương.
Sau khi xem xét toàn diện nội dung vụ án, căn cứ vào các tài liệu chứng cứ có trong hồ sơ, lời khai của bị cáo, quan điểm của Viện Kiểm sát và bào chữa của luật sư, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân tỉnh Hòa Bình đã tuyên phạt bị cáo Nguyễn Văn Khuê 12 năm tù giam về tội "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản", được quy định tại khoản 4, Điều 175 Bộ luật Hình sự năm 2015. Về trách nhiệm dân sự, buộc bị cáo phải bồi hoàn số tiền 1,8 tỷ đồng đã chiếm đoạt.
Trước đó, năm 1992, Nguyễn Văn Khuê bị Tòa án nhân dân tỉnh Hòa Bình xử phạt 9 tháng tù nhưng cho hưởng án treo về tội "Cố ý gây thương tích hoặc gây tổn hại cho sức khỏe người khác" nay đã được xóa án tích. Tháng 4/2021, Tòa án nhân dân tỉnh Hòa Bình tiếp tục xử phạt Khuê 15 tháng tù về tội "Chống người thi hành công vụ".
Theo hồ sơ vụ án, Hợp tác xã Nghĩa Phương được cấp giấy chứng nhận đăng ký Hợp tác xã lần đầu năm 1998 và đăng ký thay đổi lần thứ nhất vào năm 2019. Hợp tác xã hoạt động dựa trên cơ sở Luật Hợp tác xã và điều lệ của Hợp tác xã Nghĩa Phương. Nguyễn Văn Khuê là Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Giám đốc Hợp tác xã, là người đại diện cho Hợp tác xã tiến hành ký các hợp đồng và thực hiện các quyền, nghĩa vụ khác theo quy định.
Năm 2011, Hợp tác xã Nghĩa Phương có chủ trương xây dựng, sửa chữa, cải tạo và nâng cấp chợ Nghĩa Phương. Tuy nhiên, do khó khăn về kinh phí, Hợp tác xã mới chỉ thực hiện xây dựng, sửa chữa, cải tạo và nâng cấp được một số hạng mục. Do vậy, Hợp tác xã có chủ trương cho thuê các ki-ốt bán hàng trong 10 năm để lấy tiền phục vụ công tác xây dựng, sửa chữa, cải tạo và nâng cấp chợ.
Căn cứ vào chủ trương của Hợp tác xã và chức trách của Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Giám đốc Hợp tác xã Nghĩa Phương, trong các năm 2016 và 2017, Nguyễn Văn Khuê đã tiến hành ký 8 hợp đồng cho 8 hộ cá nhân thuê 9 ki-ốt với giá 200 triệu đồng/ki-ốt. Sau khi ký hợp đồng, Nguyễn Văn Khuê đã trực tiếp thu về tổng số tiền 1,8 tỷ đồng và sử dụng vào mục đích cá nhân.
Để hợp thức hóa các loại giấy tờ có liên quan, Nguyễn Văn Khuê đã sử dụng phiếu thu có chữ ký khống của thủ quỹ, không nằm trong hệ thống quản lý của Hợp tác xã Nghĩa Phương cũng như không thông báo, không nộp vào quỹ của Hợp tác xã, bỏ ngoài sổ sách kế toán nhằm che giấu và thoát khỏi sự theo dõi, quản lý của Hợp tác xã để chiếm đoạt số tiền 1,8 tỷ đồng. Hành vi gian dối của Nguyễn Văn Khuê sau đó đã được phát giác và tố cáo đến cơ quan chức năng.
Quá trình điều tra, Nguyễn Văn Khuê giải trình số tiền 1,8 tỷ đồng thu được từ việc cho thuê 9 ki-ốt của Hợp tác xã được Khuê sử dụng vào việc xây dựng, sửa chữa, cải tạo chợ Nghĩa Phương. Tuy nhiên, quá trình điều tra, xác minh không có tài liệu nào thể hiện việc Khuê đã chi số tiền 1,8 tỷ đồng vào việc xây dựng, sửa chữa chợ.