Trong bản án sơ thẩm, Hội đồng xét xử đã tuyên tịch thu 7 bất động sản để sung quỹ Nhà nước, đồng thời không trả lại số tiền mà Phan Văn Anh Vũ đã nộp để mua 7 bất động sản này.
7 bất động sản này bao gồm: Nhà, đất tại số 319 Lê Duẩn (phường Tân Chính, quận Thanh Khê, thành phố Đà Nẵng); Nhà đất tại số 16 Bạch Đằng (phường Thạch Thang, quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng); Khu đất tại đường Ngô Quyền (phường An Hải Bắc, quận Sơn Trà, thành phố Đà Nẵng); Dự án Vệt du lịch ven biển từ Vegas Resort đến Khu Du lịch Bến Thành Non Nước, đường Trường Sa (phường Hòa Hải, quận Ngũ Hành Sơn, thành phố Đà Nẵng); Nhà, đất tại số 15 Thi Sách (Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh); Nhà, đất tại số 8 Nguyễn Trung Trực (Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh); Nhà, đất tại số 129 Pasteur (Phường 6, Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh).
Theo Hội đồng xét xử, tuy 7 bất động sản nói trên thuộc quyền quản lý của Bộ Công an, UBND Thành phố Hồ Chí Minh và UBND thành phố Đà Nẵng nhưng các bị cáo trong vụ án đã lợi dụng chức vụ được giao và thiếu trách nhiệm trong khi thi hành công vụ trong quá trình thực hiện trách nhiệm quản lý công sản, gây thiệt hại đặc biệt lớn cho Nhà nước. Lãnh đạo UBND và các sở, ban, ngành của thành phố Đà Nẵng, Thành phố Hồ Chí Minh không thực hiện đúng quy định của pháp luật trong việc chuyển nhượng, cho thuê quyền sử dụng đất và chuyển nhượng nhà, tài sản gắn liền trên đất cho công ty do Phan Văn Anh Vũ làm Chủ tịch Hội đồng Quản trị và Tổng Giám đốc. Do đó, Cơ quan Cảnh sát Điều tra Bộ Công an đã khởi tố hai vụ án (tại thành phố Đà Nẵng và Thành phố Hồ Chí Minh), khởi tố bị can về các tội danh Vi phạm các quy định về quản lý đất đai và Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí, các vụ án đang trong giai đoạn điều tra. Hội đồng xét xử xác định đây là tài sản được hình thành từ quyết định bất hợp pháp; không phục vụ đúng mục đích nêu trong văn bản đề nghị của Công ty Cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79 và Tổng cục V (Bộ Công an) nên cần tịch thu sung quỹ Nhà nước.
Mặc dù khi nhận quyền sử dụng đất đối với 7 bất động sản, Phan Văn Anh Vũ đều phải nộp tiền theo các mức giá nêu trong nội dung vụ án. Song, việc bị cáo lợi dụng danh nghĩa công ty bình phong để được nhận quyền sử dụng đất không thông qua đấu giá và tìm mọi cách để giảm mức tiền phải nộp (giảm đơn giá, giảm hệ số sinh lợi, đóng tiền một lần để được giảm phần trăm…) nên thực tế, số tiền bị cáo đã nộp khi nhận quyền sử dụng đất và thuê đất thấp hơn rất nhiều so với giá trị thực. Những hành vi nêu trên của bị cáo Vũ thể hiện thủ đoạn lợi dụng chức vụ của mình để vụ lợi cá nhân, hành vi nộp tiền của bị cáo cũng là một trong những thủ đoạn phạm tội rất tinh vi của bị cáo. Do đó, các bất động sản này bị tịch thu sung quỹ Nhà nước nhưng Vũ không được trả lại số tiền đã nộp.
Ngoài ra, Tòa cấp sơ thẩm cũng tuyên tịch thu sung quỹ Nhà nước số tiền 250 tỷ đồng tiền gốc và hơn 18 tỷ đồng tiền lãi từ khoản tiền 280 tỷ đồng Công ty Cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79 cho Tổng Công ty Thủy sản Việt Nam vay. Tổng Công ty Thủy sản Việt Nam có trách nhiệm thi hành nội dung này.
Đồng thời, Tòa còn tuyên tịch thu sung quỹ Nhà nước số tiền của Phan Văn Anh Vũ, Công ty Cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79, Công ty Chấn Phong trong các tài khoản tại một số ngân hàng; Tịch thu số tiền hơn 1,3 tỷ đồng của Phan Văn Anh Vũ đang lưu giữ tại Cục thi hành án dân sự thành phố Hà Nội. Tòa tuyên truy thu sung quỹ Nhà nước số tiền Phan Văn Anh Vũ thu lợi bất chính hơn 5,8 tỷ đồng, trong đó số tiền 540 triệu đồng do Công ty V.I.C thực hiện thay Phan Văn Anh Vũ.
Về trách nhiệm dân sự đối với những người có liên quan đến các bất động sản bị tịch thu, Tòa giao cho UBND Thành phố Hồ Chí Minh tiếp tục quản lý thực hiện dự án 129 Pasteur, Thành phố Hồ Chí Minh. Tòa cũng lưu ý ưu tiên Công ty Madison, Novahome Madison và 114 khách hàng được tiếp tục thực hiện các quyền của mình theo mức thỏa thuận phù hợp với pháp luật và giá cả thị trường.
Bên cạnh đó, Tòa cho phép các cá nhân, tổ chức liên quan đến các dự án đã chuyển nhượng, cho thuê được giành quyền khởi kiện bằng vụ kiện khác, gồm: Công ty Cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Pizza Việt Nam, Công ty Trách nhiệm hữu hạn V.I.C, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Madison, Công ty Cổ phần Novahome Madison, Công ty Cổ phần đầu tư Peak View, Công ty Cổ phần Địa ốc Sài Gòn - Gia Định…