3 bị cáo cấp dưới gồm: Đoàn Hùng Thắng (nguyên Trưởng phòng Quản lý công nghệ thông tin), Lê Tiến Dĩnh (nguyên Giám đốc Trung tâm tích hợp dữ liệu) và Nguyễn Thị Hiếu (nguyên kế toán Trung tâm tích hợp dữ liệu).
Cụ thể: Bị cáo Lê Thanh Phương bị tuyên phạt 2 năm tù (cho hưởng án treo), Đoàn Hùng Thắng bị phạt 2 năm tù, Lê Tiến Dĩnh bị phạt 1 năm 6 tháng tù (cho hưởng án treo) và Nguyễn Thị Hiếu bị phạt 1 năm tù (cho hưởng án treo).
Về trách nhiệm bồi thường thiệt hại, các bị cáo phải liên đới bồi thường cho Sở Thông tin Truyền thông tỉnh Phú Yên số tiền hơn 1,1 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, từ năm 2012 đến tháng 2/2014, Lê Thanh Phương với vai trò là Giám đốc Sở Thông tin Truyền thông và Đoàn Hùng Thắng, Trưởng phòng Quản lý Công nghệ thông tin đã có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế tài chính, trong đó có ký các hợp đồng với công ty iNet.
Lê Tiến Dĩnh với vai trò là Giám đốc Trung tâm tích hợp dữ liệu và Nguyễn Thị Hiếu là kế toán của Trung tâm đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn được giao, cùng nhau lập khống chứng từ lấy tiền bỏ ngoài sổ sách; chi không đúng nguyên tắc tài chính kế toán gây thiệt hại cho Nhà nước.