Thông qua luật sư bào chữa, bị cáo Nguyễn Đức Chung gửi các hồ sơ bệnh án đến Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội. Các hồ sơ bệnh án đều có nội dung chẩn đoán bị cáo Nguyễn Đức Chung bị ung thư trực tràng, theo dõi di căn phổi.
Bị cáo Nguyễn Đức Chung nộp 85 tài liệu là bằng khen, giấy khen, kỷ niệm chương, huân chương trong suốt quá trình công tác. Bị cáo Nguyễn Đức Chung cũng nộp các đơn xác nhận việc làm thiện nguyện cùng đơn của nhiều cá nhân, cơ quan, tổ chức, xin giảm nhẹ cho bị cáo. Bị cáo Nguyễn Đức Chung đề nghị Hội đồng xét xử phúc thẩm xem xét các thành tích cho mình và các giải trình trên.
Tại phiên phúc thẩm, bị cáo Nguyễn Đức Chung giữ nguyên quan điểm, đề nghị Tòa xem xét lại bản án sơ thẩm. Bị cáo Nguyễn Đức Chung cho hay, sau khi nhận bản án sơ thẩm và nghiên cứu, bị cáo đã có bản giải trình dài gần 60 trang để gửi Tòa cấp phúc thẩm. Ngoài ra, các luật sư thu thập thêm nhiều tài liệu chứng minh, gỡ tội, giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo Nguyễn Đức Chung để gửi Hội đồng xét xử.
Trong vụ án này, Tòa sơ thẩm xác định, bị cáo Nguyễn Đức Chung có hành vi can thiệp để Công ty Nhật Cường trúng hai gói thầu số hóa. Tại phiên xét xử sơ thẩm, bị cáo Nguyễn Đức Chung bị Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên phạt 3 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Cũng có kháng cáo trong vụ án này, các bị cáo Nguyễn Thị Kim Tuyến (cựu Trưởng Phòng, Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội) và Phạm Thị Thu Hường (cựu Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội) có đơn đề nghị Tòa xem xét giảm nhẹ hình phạt.
Trả lời thẩm vấn tại Tòa, bị cáo Nguyễn Thị Kim Tuyến cho biết, gói thầu số hóa dữ liệu đăng ký doanh nghiệp năm 2016 do Sở Kế hoạch và Đầu tư làm chủ đầu tư, trước khi mở thầu đã có 6 doanh nghiệp mua hồ sơ tham gia.
Thời điểm này, Công ty Nhật Cường chưa tham gia đấu thầu. Tuy nhiên, trước khi mở thầu khoảng một giờ, tại cuộc họp giao ban, ông Nguyễn Văn Tứ (Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư) bất ngờ thông báo dừng gói thầu. Theo bị cáo Tuyến, ông Tứ có nói đây là chỉ đạo từ Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội. "Tại thời điểm đó, bị cáo nhận thức chỉ đạo của Chủ tịch cũng giống như yêu cầu của cơ quan cấp trên", bị cáo Tuyến giải thích.
Tương tự, bị cáo Phạm Thị Thu Hường cũng khẳng định trước khi mở thầu "mọi thứ đã sẵn sàng" nhưng Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Văn Tứ bất ngờ yêu cầu bà Hường lên họp cùng lãnh đạo. "Tại cuộc họp này, ông Tứ yêu cầu dừng gói thầu, không mở nữa theo chỉ đạo của Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội" - bị cáo Hường khai.
Bị cáo Phạm Thị Thu Hường cho biết đã nhận thức được trách nhiệm của mình trong vụ án nhưng cho rằng bản thân chỉ làm theo chỉ đạo của lãnh đạo Sở, vì "Chủ tịch chỉ đạo". Bị cáo khẳng định trong vụ án này mình "không được lợi gì" nên băn khoăn về việc phải bồi thường một phần số tiền thiệt hại do Nhật Cường gây ra.
Khi được hỏi việc dừng thầu có đúng quy định không thì cả hai bị cáo cho rằng, trong luật không có nội dung quy định rõ chi tiết về việc dừng thầu nên nhóm cán bộ của Sở Kế hoạch và Đầu tư đã vận dụng những quy định khác và gửi thông báo cho các doanh nghiệp về việc dừng thầu.
Sau khi dừng thầu, Công ty Nhật Cường được giới thiệu để làm thí điểm việc số hóa dữ liệu. Quá trình mở thầu lại, Công ty Nhật Cường được tham gia nhưng bố trí "quân xanh" bỏ giá cao hơn nên trúng thầu. Tuy nhiên, công ty này không thực hiện gói thầu mà "bán cái" lại cho Công ty Đông Kinh để hưởng lợi bất chính hơn 19 tỷ đồng.
Theo bản án sơ thẩm, các bị cáo đã làm sai lệch kết quả lựa chọn nhà thầu khiến mục đích, yêu cầu gói thầu không đạt được, khi chỉ có 45% tài liệu được đẩy lên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp. Hành vi sai phạm của các bị cáo gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 26 tỷ đồng.