Theo phán quyết của Tòa phúc thẩm, bị cáo Nguyễn Đức Chung được giảm 1 năm tù (trước đó án sơ thẩm là 3 năm) do nộp nhiều bằng khen và chuyển từ kháng cáo kêu oan sang xin giảm nhẹ hình phạt.
Cùng với hai bản án đã có hiệu lực pháp luật trước đó, Tòa buộc bị cáo Chung phải chấp hành tổng hình phạt là 12 năm tù tính từ ngày bị bắt là 28/8/2020.
Hội đồng xét xử nhận thấy, cựu Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Nguyễn Đức Chung đã lợi dụng chức vụ được giao để can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu, gây ảnh hưởng xấu đến lựa chọn nhà thầu, làm bức xức trong xã hội. Gói thầu số hóa dữ liệu đăng ký doanh nghiệp do Sở Kế hoạch và Đầu tư làm chủ đầu tư. Tuy vậy, quá trình thực hiện các gói thầu, từ đề xuất của Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường), bị cáo Nguyễn Đức Chung chỉ đạo dừng thầu trái quy định. Việc này đã tạo điều kiện cho Công ty Nhật Cường trúng hai gói thầu số hóa ở Hà Nội.
Tại Tòa phúc thẩm, Hội đồng xét xử đánh giá bị cáo Chung đã nhận trách nhiệm cá nhân nên được ghi nhận thêm tình tiết giảm nhẹ là thành khẩn khai báo. Hơn nữa, cựu Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội đã xuất trình nhiều giấy khen, bằng khen, giấy tờ thể hiện sự đóng góp với xã hội trong các hoạt động thiện nguyện; bị cáo còn đang mắc bệnh hiểm nghèo phải chữa trị nên Tòa chấp nhận giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo.
Trong hai ngày xét xử trước đó, bị cáo Chung liên tục kháng cáo kêu oan, phủ nhận tạo điều kiện cho Công ty Nhật Cường được dự thầu gói thầu số hóa tại Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội. Bị cáo Chung cho rằng mình chỉ có mối quan hệ xã hội bình thường với ông chủ Nhật Cường từ thời ông còn làm trong ngành Công an. Về việc dừng thầu, ông Chung cho rằng, nguyên nhân chính là hồ sơ mời thầu của Sở Kế hoạch và Đầu tư chưa đạt yêu cầu, có nhiều sai phạm, chưa thẩm định dự án. Ông khai, mình chỉ đạo theo đúng thẩm quyền và không phải để dọn đường như cáo buộc mà để dự án thực hiện đúng pháp luật, tiết kiệm và sử dụng hiệu quả ngân sách Nhà nước.
Tuy nhiên, đến cuối phiên xét xử, bị cáo Chung không kêu oan nữa mà đề nghị Tòa phúc thẩm xem xét giảm nhẹ hình phạt.
Cũng trong phần tuyên án, Tòa phúc thẩm chấp nhận kháng cáo giảm nhẹ hình phạt, tuyên phạt bị cáo Phạm Thị Thu Hường (cựu Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư) 2 năm 8 tháng (sơ thẩm 3 năm 6 tháng); Phạm Thị Kim Tuyến (cựu Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh Sở Kế hoạch và Đầu tư) 3 năm tù (sơ thẩm 4 năm 6 tháng).
Tòa phúc thẩm đánh giá, bản án sơ thẩm đã tuyên với 2 bà Tuyến và Hường là đúng và phù hợp. Tuy nhiên, hai bị cáo này thực hiện hành vi phạm tội theo chỉ đạo của cấp trên và suốt quá trình điều tra, xét xử đã khai báo thành khẩn. Khi Tòa phúc thẩm diễn ra, hai bị cáo đã tác động với gia đình hoàn thành nghĩa vụ dân sự nên được xem xét giảm nhẹ. Về dân sự, Tòa ghi nhận 2 bị cáo Tuyến và Hường đã nộp khắc phục xong hậu quả là mỗi người hơn 3 tỷ đồng.