Trước đó vào tháng 8/2022, Cơ quan An ninh điều tra Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã hoàn tất Kết luận điều tra số 28. Quá trình hoạt động của Saigon Co.op từ 1999 - 1/2020 có 9 lần tăng vốn điều lệ. Trong đó, việc tăng vốn điều lệ lần thứ 9 từ 3.200 tỉ đồng lên 6.797 tỉ đồng (tăng thêm 3.597 tỉ đồng, chiếm khoảng 53%), với sự chỉ đạo trực tiếp của bị can Diệp Dũng. Việc này có sai phạm và đã gây thiệt hại cho Saigon Co.op gần 115,7 tỉ đồng (trong đó thiệt hại về thuế là hơn 29,7 tỉ đồng).
Cụ thể, ngày 19/8/2016, bị can Diệp Dũng không thông qua Hội đồng quản trị đã tự ý lấy 1.000 tỉ đồng từ tiền huy động vốn nhằm đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam; sau đó, tự ý ký hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á và Công ty Đô Thị Mới với số tiền 1.000 tỉ đồng trên. Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á, Công ty Đô Thị Mới, Saigon Co.op được nhận tỷ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Sau đó bị can Diệp Dũng cũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm.
Sau khi tiếp nhận và nghiên cứu Kết luận điều tra, Viện Kiểm sát nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh quyết định trả hồ sơ, đề nghị điều tra bổ sung 8 vấn đề.
Trong đó đáng chú ý, Viện Kiểm sát đề nghị Cơ quan điều tra xác định rõ bản chất hai hợp đồng mà bị can Diệp Dũng ký với Công ty Đại Á và Công ty Đô Thị Mới là hợp đồng cho vay ngắn hạn hay hợp đồng hợp tác đầu tư với lợi nhuận cố định là 7%/năm trên số tiền góp vốn. Việc Saigon Co.op dùng 1.000 tỉ đồng từ tiền huy động vốn để ký hợp đồng hợp tác với hai Công ty Đại Á và Công ty Đô Thị Mới thì các nhà đầu tư có biết hay không và quan điểm thế nào?
Đây là hai trong 8 yêu cầu điều tra bổ sung mà Viện Kiểm sát đề nghị Cơ quan An ninh điều tra làm rõ. Trước đó ngày 11/10, trong một vụ án có liên quan, ông Diệp Dũng đã bị Tòa án nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh tuyên y án 2 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước” theo Điều 337 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017.