Trong vụ án này, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đã truy tố 12 bị can gồm: Nguyễn Quang Tuấn (sinh năm 1967, nguyên Giám đốc, Chủ tịch Hội đồng mua sắm Bệnh viện Tim Hà Nội, nguyên Giám đốc Bệnh viện Bạch Mai), Hoàng Thị Ngọc Hưởng (sinh năm 1961, nguyên Phó Giám đốc Bệnh viện Tim Hà Nội), Nguyễn Thị Dung Hạnh (sinh năm 1969, nguyên Kế toán trưởng, Trưởng phòng Tài chính kế toán Bệnh viện Tim Hà Nội), Đoàn Trọng Bình (sinh năm 1960, nguyên Phó Trưởng phòng vật tư y tế Bệnh viện Tim Hà Nội), Nghiêm Tuấn Linh (sinh năm 1980, nguyên Phó Trưởng phòng vật tư y tế Bệnh viện Tim Hà Nội), Nguyễn Đức Đảng (sinh năm 1976, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty cổ phần thiết bị y tế Hoàng Nga – viết tắt là Công ty Hoàng Nga), Phan Tuấn Đạt (sinh năm 1967, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên Phó Giám đốc Công ty cổ phần công nghệ sinh học Kim Hòa Phát, viết tắt là Công ty Ki Hòa Phát), Phạm Huy Lập (sinh năm 1952, Giám đốc Công ty Hoàng Nga), Phạm Thị Kim Oanh (sinh năm 1981, Kế toán Trưởng Công ty Hoàng Nga), Trần Phú Hưng (sinh năm 1976, Phó Tổng Giám đốc Công ty cổ phần đầu tư và định giá AIC Việt Nam, viết tắt là Công ty định giá AIC), Nguyễn Hồng Dũng (sinh năm 1982, Phó Tổng Giám đốc, Thẩm định viên Công ty định giá AIC), Nguyễn Trung Dũng (sinh năm 1989, nhân viên thẩm định giá Công ty định giá AIC) về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 222, khoản 3 – Bộ luật Hình sự.
Theo cáo trạng, từ năm 2015, Nguyễn Quang Tuấn, Giám đốc, Chủ tịch Hội đồng mua sắm Bệnh viện Tim Hà Nội đã có chủ trương cho một số doanh nghiệp được ký gửi vật tư tại Bệnh viện Tim Hà Nội, để bệnh viện sử dụng trước, sau đó chỉ đạo cấp dưới hợp thức, hoàn thiện các thủ tục cho các doanh nghiệp trúng thầu để thanh toán. Do có mối quan hệ quen biết từ trước, Nguyễn Đức Đảng, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Hoàng Nga; Phan Tuấn Đạt, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Kim Hòa Phát đến đặt vấn đề và được Nguyễn Quang Tuấn đồng ý cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát được bán các mặt hàng vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch vào bệnh viện với đơn giá theo thỏa thuận giữa Nguyễn Quang Tuấn với Nguyễn Đức Đảng, Phan Tuấn Đạt.
Trong năm 2016-2017, Bệnh viện Tim Hà Nội tổ chức đấu thầu riêng 5 gói thầu chuyên mua sắm vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch, tổng trị giá hơn 595 tỷ đồng. Trong đó, gói thầu số 5 năm 2016 tổ chức theo hình thức đấu thầu rộng rãi 223 mặt hàng, có trị giá trên 247 tỷ đồng; 4 gói thầu năm 2017 được áp dụng theo hình thức chỉ định thầu rút gọn mua 5 mặt hàng, trị giá gần là 348 tỷ đồng. Công ty Hoàng Nga đã tham gia và trúng 5 gói thầu, gồm: 1.911 Stent, 149 bộ dụng cụ thả dù, 165 bộ dù đóng thông liên nhĩ, 80 cái dù đóng còn ống động mạch, 12 cái dù đóng thông liên thất, 1.800 cái bóng nong động mạch vành loại áp lực cao các loại trị giá hơn 92 tỷ đồng, cùng một số vật tư khác. Công ty Kim Hòa Phát đã trúng 4 gói thầu gồm 400 Stent và một số vật tư khác.
Để hợp thức hồ sơ thầu mua vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch của Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát, các bị can: Nguyễn Quang Tuấn, Giám đốc Bệnh viện, Chủ tịch Hội đồng mua sắm; Hoàng Thị Ngọc Hưởng, Phó Giám đốc Bệnh viện; Nguyễn Thị Dung Hạnh, Kế toán trưởng Bệnh viện; Nghiêm Tuấn Linh, Phó Trưởng phòng Vật tư, thiết bị y tế và Đoàn Trọng Bình, Phó Trưởng phòng phụ trách Phòng Vật tư, thiết bị y tế đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu. Những người này đã thông đồng với bị can tại Công ty Hoàng Nga và Công ty Kim Hòa Phát, gồm: Nguyễn Đức Đảng, Chủ tịch Hội đồng quản trị; Phạm Huy Lập, Giám đốc và Phạm Thị Kim Oanh, Kế toán trưởng Công ty Hoàng Nga; Phan Tuấn Đạt, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Kim Hòa Phát để thực hiện nhiều sai phạm từ khâu lập hồ sơ thầu, đơn giá, chủng loại, số lượng Stent và các vật tư khác mà Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát sẽ bán cho Bệnh viện Tim Hà Nội. Sau đó, các bị can tại Bệnh viện Tim Hà Nội thông đồng với các bị can tại Công ty định giá AIC: Trần Phú Hưng, Chủ tịch Hội đồng quản trị; Nguyễn Hồng Dũng, Phó Tổng Giám đốc kiêm Kế toán trưởng, Thẩm định viên; Nguyễn Trung Dũng, Chuyên viên thẩm định, ban hành Chứng thư thẩm định giá số 062512/2015/CT-AIC đề ngày 25/12/2015 theo yêu cầu và giá ấn định của Bệnh viện Tim Hà Nội tại kế hoạch mua sắm năm 2016 đã được Nguyễn Quang Tuấn phê duyệt, đảm bảo cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát trúng thầu, bán vật tư y tế trái quy định Luật đấu thầu, gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim Hà Nội, Quỹ bảo hiểm xã hội số tiền hơn 22,8 tỷ đồng đối với Gói thầu số 5 năm 2016.
Đến năm 2017, Nguyễn Quang Tuấn và đồng phạm tiếp tục hợp thức thủ tục chỉ định thầu đối với 4 gói chỉ định thầu rút gọn, sử dụng đơn giá vật tư của gói thầu năm 2016 để thanh toán hàng ký gửi, hàng đã sử dụng trước cho Công ty Hoàng Nga, Công ty Kim Hòa Phát và một số công ty gửi hàng trước đã gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim Hà Nội, Quỹ bảo hiểm xã hội với số tiền hơn 30 tỷ đồng.
Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao kết luận: Hành vi của Nguyễn Quang Tuấn và đồng phạm đã vi phạm Điều 22, khoản 1, điểm a; Điều ; Điều 89, khoản 2 của Luật Đấu thầu, gây thiệt hại tổng số tiền 53,6 tỷ đồng; phạm vào tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, quy định tại Điều 222, khoản 3 – Bộ luật Hình sự.