Hội đồng xét xử cũng tuyên buộc các bị cáo truy nộp lại khoản tiền nhuận bút được xác định là tiền thu lợi bất chính, đồng thời phạt quản chế 3 năm tại địa phương đối với mỗi bị cáo sau khi chấp hành xong hình phạt tù.
Hội đồng xét xử nhận định, tại phiên tòa dù các bị cáo không thừa nhận hành vi của mình là phạm tội nhưng đã khai nhận toàn bộ hành vi như cáo trạng đã truy tố. Cáo trạng của Viện kiểm sát nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh truy tố các bị cáo là đúng người, đúng tội, không oan sai.
Theo Hội đồng xét xử, hành vi chống phá Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam của các bị cáo là đặc biệt nghiêm trọng, gây nguy hiểm cho xã hội, đã tiếp tay cho các phần tử bất mãn, cơ hội chính trị, làm xói mòn lòng tin của nhân dân đối với Đảng và Nhà nước, gây hoang mang trong dư luận quần chúng. Các bị cáo là những người có trình độ văn hóa, nhận thức pháp luật nhưng với tư tưởng bất mãn nên đã cố tình phạm tội. Từ những phân tích trên, Hội đồng xét xử đã tuyên phạt các bị cáo mức án nghiêm khắc như trên để răn đe và phòng ngừa, giáo dục chung.
Đây là vụ án làm, tàng trữ, phát tán, tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống Nhà nước Việt Nam do ba bị cáo Phạm Chí Dũng (sinh năm 1966 tại Hà Nội, cư trú tại quận Tân Bình, Thành phố Hồ Chí Minh), Nguyễn Tường Thụy (sinh năm 1950 tại Nam Định, cư trú tại Hà Nội), Lê Hữu Minh Tuấn (sinh năm 1989 tại Đắk Lắk, cư trú tại Quảng Nam) thực hiện, với mục đích tuyên truyền, xuyên tạc, đường lối chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước.
Từ năm 2014, Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy và Lê Hữu Minh Tuấn thường xuyên tiếp xúc các đối tượng, tổ chức có tư tưởng bất mãn về chính trị trong và ngoài nước. Từ đó, Dũng nảy sinh tư tưởng bất mãn với chính quyền nên đã khởi xướng thành lập cái gọi là “Hội nhà báo độc lập Việt Nam". Sau khi thành lập hội, Phạm Chí Dũng giữ vai trò Chủ tịch hội, Nguyễn Tường Thụy làm Phó Chủ tịch. Cơ cấu tổ chức của hội này gồm Văn phòng hội, Ban sự kiện và đào tạo, Ban truyền thông, Ban cải cách thể chế, Ban quan hệ quốc tế, Chi hội miền Bắc (Nguyễn Tường Thụy phụ trách), Chi hội miền Trung, chi hội miền Nam và Chi hội hải ngoại.
Phạm Chí Dũng chỉ đạo Đoàn Thị Phương Thảo (hiện ở nước ngoài) tạo lập trang web và blog “Việt Nam Thời Báo” do Dũng quản trị, tiếp nhận và duyệt đăng thông tin, bài viết của mình, của hội viên và của các cộng tác viên. Để thực hiện việc điều hành trang web, blog trên, Dũng chỉ đạo Lê Hữu Minh Tuấn và Đoàn Thị Phương Thảo trực tiếp quản trị, quản lý kỹ thuật và thực hiện việc đăng tải các thông tin, bài viết sau khi được Dũng duyệt. Để tăng lượng truy cập 2 trang web, blog trên, Dũng chỉ đạo lập và sử dụng các tài khoản mạng xã hội Facebook (giao cho Nguyễn Tường Thụy phụ trách và duyệt nội dung), Twitter, Youtube... đặt cùng tên “Việt Nam Thời Báo” và các tài khoản Facebook cá nhân để quảng bá các nội dung, thông tin bài viết của “Hội nhà báo độc lập Việt Nam".
Dũng trực tiếp quản lý nguồn tiền hoạt động của hội, thực hiện việc chi tiền nhuận bút cho các hội viên, cộng tác viên và chi cho các hoạt động khác của hội. Dũng ban hành "Quy chế quản lý tài chính - Kế toán" và đăng tải trên các trang mạng xã hội, kêu gọi các hội viên, đối tượng, tổ chức trong và ngoài nước đóng góp tiền tạo quỹ hoạt động cho hội. Dũng lập ra các dự án truyền thông gửi các tổ chức phi chính phủ để nhận tài trợ. Ngoài ra, Dũng còn chủ động liên hệ gửi bài viết, làm cộng tác viên cho các trang tin điện tử, truyền thông nước ngoài và đã nhận nhuận bút với số tiền là hơn 75.000 USD và hơn 1.000 Bảng Anh.
Đối với các tin, bài viết của hội viên có tính thời sự về tình hình ở Việt Nam được dư luận xã hội và các đối tượng quốc tế quan tâm, Dũng quy định tiền nhuận bút cho mỗi tin là 100.000 đồng, mỗi bài viết từ 200.000 đồng đến 300.000 đồng. Đến năm 2018, Dũng điều chỉnh tiền nhuận bút cho mỗi bài viết lên từ 300.000 đồng đến 500.000 đồng. Tổng cộng, Phạm Chí Dũng đã nhận hơn 477 triệu đồng từ hội (gồm tiền thù lao trách nhiệm và tiền nhuận bút); Nguyễn Tường Thụy đã nhận tổng cộng hơn 300 triệu đồng từ hội, trong đó có 180 triệu đồng là tiền nhuận bút. Còn Tuấn được Dũng chuyển cho tổng cộng hơn 1,4 tỷ đồng; trong đó có 423 triệu đồng là tiền nhuận bút của Tuấn, còn lại là tiền nhuận bút của các hội viên.
Tính từ ngày 4/7/2014 đến 21/11/2019, 2 trang web và blog “Việt Nam Thời Báo” đã đăng tải hơn 23.500 bài viết, trong đó Dũng viết và đăng tải khoảng 1.530 tin bài, Nguyễn Tường Thụy 245 tin bài và Minh Tuấn 534 tin bài. Qua giám định, cơ quan chức năng xác định có 25 bài viết của Phạm Chí Dũng, 5 bài viết của Nguyễn Tường Thụy và 6 bài viết của Lê Hữu Minh Tuấn có nội dung tuyên truyền, xuyên tạc, phỉ báng chính quyền nhân dân, bịa đặt, xâm phạm uy tín của Đảng Cộng sản Việt Nam, chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.