Theo cáo trạng, vụ án được phát hiện và phanh phui thông qua việc Cảnh sát giao thông Thành phố Hồ Chí Minh phát hiện 2 xe ô tô có dấu hiệu cơi nới thành thùng. Từ dấu hiệu tội phạm này, Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã điều tra, xác định đây là hành vi phạm tội có tổ chức, xuyên suốt từ Cục Đăng kiểm Việt Nam đến các Trung tâm đăng kiểm phương tiện cơ giới, Chi cục đăng kiểm phương tiện thủy nội địa tại Thành phố Hồ Chí Minh và nhiều địa phương trên cả nước. Hai cựu Cục trưởng Cục Đăng kiểm Việt Nam Đặng Việt Hà và Trần Kỳ Hình được xác định có vai trò cầm đầu, cùng hơn 200 người khác tại 14 Trung tâm đăng kiểm ở Thành phố Hồ Chí Minh, Long An, Bến Tre và Sóc Trăng.
Trong số các Trung tâm đăng kiểm tư nhân vi phạm, Trần Lập Nghĩa, chủ của 5 trung tâm ở khu vực Tây Nam Bộ bị cáo buộc chỉ đạo nhân viên cấp dưới nhận hối lộ, giả mạo trong công tác để hưởng lợi 14,7 tỷ đồng và đưa hối lộ cho lãnh đạo Cục Đăng kiểm Việt Nam.
Cáo trạng cho thấy, Trần Lập Nghĩa là Giám đốc của các Trung tâm đăng kiểm gồm: Trung tâm 62-03D tại tỉnh Long An; Trung tâm 71-02D tại tỉnh Bến Tre; Trung tâm 83-02D tại tỉnh Sóc Trăng. Đối với Trung tâm 66-02D tại tỉnh Đồng Tháp, Nghĩa nhờ chị ruột tên Trần Thị Ngọc Thúy đứng tên. Đối với Trung tâm Đăng kiểm 84-02D, Nghĩa thuê Phạm Thị Thanh Thùy đứng tên Giám đốc. Nghĩa là người chỉ đạo diều hành, quyết định tất cả mọi hoạt động, hưởng lợi toàn bộ số tiền thu nhập được tại các Trung tâm, kể cả các khoản hưởng lợi bất chính từ các hành vi trái pháp luật trong hoạt động đăng kiểm phương tiện cơ giới.
Nghĩa khai, trong quá trình hoạt động của các Trung tâm đăng kiểm, do thiếu đăng kiểm viên hoặc thiếu đăng kiểm viên bậc cao, Nghĩa đã đưa tên, chứng chỉ của các đăng kiểm viên không thực tế làm việc tại các Trung tâm, rồi chỉ đạo các Phó Giám đốc, các đăng kiểm viên và nhân viên làm việc tại đây điền tên các đăng kiểm viên do Nghĩa đưa mà không thực tế làm việc tại các Trung tâm này vào sổ phân công ngày, rồi ký giả chữ ký của các đăng kiểm viên để bổ túc hồ sơ theo quy định của Cục Đăng kiểm.
Ngoài ra, Nghĩa còn chỉ đạo các nhân viên tập sự trực tiếp đứng chuyền kiểm định phương tiện đến đăng kiểm tại các trung tâm để thực hiện việc đăng kiểm cho các phương tiện và che giấu việc thiếu đăng kiểm viên khỏi sự theo dõi, kiểm tra của Cục Đăng kiểm Việt Nam; đưa nhân viên mặc đồ đăng kiểm viên ở các dây chuyền kiểm định…
Đầu năm 2022, do tình hình kinh tế sau dịch khó khăn, Trần Lập Nghĩa chỉ đạo Huỳnh Thái Bảo, Trần Thị Diễm Mi, Trần Thị Ngọc Thúy, Trần Văn Cảnh, Trần Minh Lý là Phó Giám đốc các Trung tâm 62-03D, 63-02D, 71-02D, 83-02D nhận tiền hối lộ của chủ phương tiện, “cò môi giới” để bỏ qua lỗi của phương tiện trong quá trình kiểm định. Số tiền nhận hối lộ sẽ được chuyển vào tài khoản cho Nghĩa để trả lương nhân viên, chi trả các hoạt động của Trung tâm và chi phí chung chi cho Cục Đăng kiểm Việt Nam.
Tại Cơ quan điều tra, Trần Lập Nghĩa thừa nhận toàn bộ trách nhiệm của mình đối với các hành vi phạm tội xảy ra tại các Trung tâm đăng kiểm với vai trò chỉ đạo, hưởng lợi toàn bộ số tiền do phạm tội mà có và số tiền thu lợi bất chính. Tổng cộng, Nghĩa đã hưởng lợi từ việc nhận hối lộ và ký giả chữ ký của đăng kiểm viên để thực hiện quy trình kiểm định sai quy định hơn 14,7 tỷ đồng.
Ngoài ra, tháng 5/2021, Trần Lập Nghĩa còn chỉ đạo Huỳnh Thái Bảo nhận phần mềm FOMR1 (MDO.exe) sử dụng tại Trung tâm 71-02D để xâm nhập thay đổi, làm giả kết quả trên phần mềm đánh giá, kiểm tra của Cục Đăng kiểm Việt Nam đối với 678 phương tiện từ không đạt thành đạt. Nghĩa khai đã sử dụng số tiền thu lợi bất chính để đưa hối lộ cho hai cựu Cục trưởng Cục Đăng kiểm Việt Nam Trần Kỳ Hình, Đặng Việt Hà.
Bị cáo Trần Lập Nghĩa và 17 bị cáo đồng phạm bị đưa ra xét xử các tội "Nhận hối lộ; Giả mạo trong công tác và Xâm nhập trái phép vào mạng máy tính, mạng viễn thông hoặc phương tiện điện tử của người khác". Trần Lập Nghĩa thừa nhận toàn bộ trách nhiệm của mình trong các hành vi phạm tội với vai trò chỉ đạo, điều hành và hưởng lợi toàn bộ số tiền do phạm tội mà có. Các bị cáo còn lại được Nghĩa thuê để thực hiện nhiệm vụ theo chỉ đạo của Nghĩa và được hưởng lương định kỳ.
Trong số 254 bị cáo, Đỗ Trung Học - cựu Trưởng phòng Tàu sông, Cục Đăng kiểm Việt Nam bị đưa ra xét xử vắng mặt. Theo cáo trạng, Phòng Tàu sông thuộc Cục Đăng kiểm Việt Nam có chức năng quản lý nhà nước về phương tiện thủy nội địa với nhiệm vụ thực hiện, hướng dẫn, chỉ đạo công tác thẩm định thiết kế kỹ thuật tàu sông và công nghệ; tổ chức thực hiện, hướng dẫn chỉ đạo công tác xác nhận, thông báo năng lực cơ sở đóng mới, hoán cải, sửa chữa phục hồi tàu sông theo quy định.
Để được cấp thông báo năng lực, cơ sở đóng tàu tại tỉnh Long An đã liên hệ bị cáo Phạm Hoài Hà (cựu Giám đốc Chi cục Đăng kiểm tỉnh Long An) để được hướng dẫn. Lúc này, Hà giới thiệu bị cáo Nguyễn Xuân Hào (cựu đăng kiểm viên Chi cục Đăng kiểm tỉnh Long An) tiến hành lập hồ sơ của cơ sở đóng tàu này. Nguyễn Xuân Hào đã nhận của chủ các cơ sở đóng tàu số tiền từ 30 triệu đồng đến 150 triệu đồng/xưởng trọn gói đến khi được cấp thông báo năng lực. Sau đó, Nguyễn Xuân Hào đã gửi các hồ sơ này ra Cục Đăng kiểm Việt Nam tiến hành đánh giá.
Trong quá trình đánh giá, bị cáo Đỗ Trung Học là người soát xét hồ sơ, đã yêu cầu bị cáo Phạm Hoài Hà phải đưa tiền để duyệt hồ sơ và cung cấp số tài khoản của bị cáo Nguyễn Thành Lê (44 tuổi, quê Ninh Bình) và của chính Học để Hà chuyển tiền. Sau khi được Học yêu cầu đưa tiền, Phạm Hoài Hà đã yêu cầu Nguyễn Xuân Hào chuyển tiền vào hai tài khoản trên. Trong khoảng thời gian từ tháng 1 đến tháng 12/2021, tổng số tiền Hào đã chuyển vào tài khoản của Lê và Học là 4,1 tỷ đồng.
Hồ sơ đánh giá các cơ sở tại Long An không đủ điều kiện để cấp thông báo năng lực theo quy định, nhưng các bị cáo Đỗ Trung Học và Lê Ngọc Tú (cựu Phó trưởng phòng Tàu sông, Cục Đăng kiểm Việt Nam) vẫn đề xuất bị cáo Trần Kỳ Hình (cựu Cục trưởng Cục Đăng kiểm Việt Nam) ký cấp thông báo năng lực cho các cơ sở đóng tàu này hoạt động trái pháp luật.
Cáo trạng xác định Đỗ Trung Học đã thực hiện hành vi nhận hối lộ hơn 2,8 tỷ đồng từ Nguyễn Xuân Hào để cấp thông báo năng lực cho cơ sở đóng tàu tại Long An như trên.
Trong quá trình điều tra, bị cáo Đỗ Trung Học đã xuất cảnh ra nước ngoài trước khi khởi tố bị can. Ngày 22/1, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã ra quyết định truy nã bị cáo.