Hội đồng xét xử đã tập trung thẩm vấn xoay quanh việc các bị cáo không có phương án, biện pháp chỉ đạo cụ thể để rà soát, kiểm tra, loại bỏ vật liệu không đảm bảo chất lượng, dẫn đến cả 7 gói thầu đều sử dụng đá tại các mỏ đá đã có cảnh báo về chất lượng kém của Bộ Giao thông vận tải, để làm vật liệu sản xuất các lớp cấp phối đá dăm và bê tông nhựa các loại.
Người đầu tiên trả lời thẩm vấn của Hội đồng xét xử là bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng (Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam - VEC, nguyên Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi). Bị cáo Hùng thừa nhận nội dung cáo trạng truy tố là đúng. Bị cáo Hùng khai nhận có nhận được văn bản khuyến cáo của Bộ Giao thông vận tải, sau đó, bị cáo chuyển văn bản cho Ban quản lý dự án. Bị cáo cho rằng, vật liệu đá do nhà thầu chuẩn bị nên phải chịu trách nhiệm chất lượng, song thừa nhận bản thân bị cáo có “trách nhiệm gián tiếp, đôn đốc, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát”, mặc dù bị cáo đã cố gắng nhưng chưa phát hiện được những sai phạm tại dự án. Bị cáo cũng đề nghị Tòa xem xét lại hành vi chuyển công nghệ thi công VTO sang Novachip được thực hiện sau khi bị cáo không còn phụ trách dự án.
Đồng sự kế nhiệm của bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng là bị cáo Lê Quang Hào cũng thừa nhận nội dung cáo buộc của Viện Kiểm sát, song bị cáo thấy "thực sự giật mình" khi nhận được bản giám định kết luận toàn tuyến cao tốc "hư hại nghiêm trọng". Trong khi giai đoạn bị cáo phụ trách, dù trong thời gian ngắn, kết quả nghiệm thu, giám sát đều cho thấy "cao tốc đạt yêu cầu đưa vào sử dụng". Với vai trò là Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở, bị cáo Hào bị cáo buộc tiến hành nghiệm thu công trình, đưa vào sử dụng không đúng quy định của pháp luật trong khi còn tới 5 trong 7 gói thầu chưa hoàn thành thi công lớp bê tông nhựa tạo nhám. Giải thích điều này, bị cáo Hào nói hợp đồng cho phép nghiệm thu từng phần nên bị cáo chỉ đưa cao tốc vào "sử dụng tạm thời". Bị cáo Hào vẫn yêu cầu các đơn vị tiếp tục rà soát chất lượng để tiến tới đưa vào sử dụng chính thức. Khi bị cáo phụ trách, nền đường đã nghiệm thu xong và cũng chưa có hạng mục nào thi công tiếp. Vì thế, bị cáo cho rằng mình không chịu trách nhiệm nghiệm thu bất cứ phần nào của công trình. Hội đồng xét xử đặt câu hỏi vì sao khi phát hiện các hạng mục thi công mặt đường chưa đạt yêu cầu và chưa hoàn thành, bị cáo lại không làm báo cáo gửi Hội đồng nghiệm thu Nhà nước, bị cáo Hào trả lời: "Trong mẫu báo cáo chỉ yêu cầu báo cáo các hạng mục hoàn thành nên những gì chưa hoàn thành thì bị cáo không báo cáo".
Theo cáo trạng, bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng, Lê Quang Hào đã vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng. Cụ thể, bị cáo Hùng không tổ chức việc nghiệm thu cơ sở sau khi thi công xong lớp đất nền K98, dẫn đến không kiểm soát được chất lượng các hạng mục công trình; để một số nhà thầu tự chuyển công nghệ thi công VTO sang công nghệ Novachip đối với lớp bê tông nhựa tạo nhám khi chưa nghiên cứu, thử nghiệm.
Đặc biệt, ngày 18/5/2016, Bộ Giao thông vận tải có văn bản 1328, cảnh báo về chất lượng kém đối với nguồn vật liệu đá của các mỏ đá tại khu vực Đà Nẵng và Quảng Nam. Tuy nhiên, bị cáo Hùng không có phương án, biện pháp chỉ đạo cụ thể để rà soát, kiểm tra đánh giá, loại bỏ vật liệu không đảm bảo chất lượng.
Kết luận giám định cho thấy, chất lượng công trình xây dựng hoàn thành đối với 7/7 gói thầu (phần đường) thuộc giai đoạn I của dự án (đoạn đường 65 km từ thành phố Đà Nẵng đến thành phố Tam Kỳ, Quảng Ngãi) không đảm bảo chất lượng đúng như tiêu chuẩn kỹ thuật, yêu cầu thiết kế dự án. Mặc dù giá trị các hạng mục công trình xây dựng không đảm bảo nhưng chủ đầu tư và các đơn vị liên quan đã tiến hành nghiệm thu, thanh toán số tiền hơn 811 tỷ đồng cho các đơn vị thi công dự án.