Hội đồng xét xử và đại diện Viện Kiểm sát đã dành thời gian tập trung làm rõ nội dung có hay không việc cựu Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Nguyễn Đức Chung 3 lần gọi điện thoại chỉ đạo bị cáo Nguyễn Văn Tứ (nguyên Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội) yêu cầu dừng gói thầu số hóa năm 2016, để Công ty Nhật Cường của Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc công ty, hiện đang bỏ trốn) trúng thầu, gây thiệt hại hơn 26 tỷ đồng của Nhà nước. Đồng thời, làm rõ việc có hay không việc bị cáo Chung yêu cầu Sở kế hoạch và Đầu tư tổ chức họp để nghe Công ty Nhật Cường giới thiệu công nghệ mới cho dự án thí điểm.
Trả lời thẩm vấn của đại diện Viện Kiểm sát, bị cáo Tứ xin giữ nguyên các lời khai trong phiên xét xử chiều 27/12 và cho rằng bị cáo đã phải chịu sự chỉ đạo quyết liệt của bị cáo Chung. Bị cáo Tứ trình bày, trong hai cuộc gọi điện thoại đầu tiên, bị cáo Chung nói với bị cáo Tứ rằng Sở Kế hoạch và Đầu tư triển khai không đúng theo yêu cầu của thành phố nên phải dừng đấu thầu. Ở cuộc gọi thứ ba, bị cáo Chung yêu cầu "dừng thầu để đưa vào ứng dụng công nghệ số hóa mới của Nga". Bị cáo Tứ cũng khẳng định cho Công ty Nhật Cường thí điểm và thầu là do bị cáo Nguyễn Đức Chung chỉ đạo.
Bị cáo Tứ cho biết thêm: "Trùng hợp thay là cái công nghệ này, nó lại đúng là công nghệ của Công ty Nhật Cường giới thiệu sau đó với Sở. Công ty Nhật Cường thì giới thiệu đúng cái công nghệ mà bị cáo Chung nói, còn những cái mong muốn của Công ty Nhật Cường thì hoàn toàn trùng khớp với yêu cầu của bị cáo Chung chỉ đạo tôi. Cái công nghệ đó, tôi và anh em trong sở còn chưa nghe đến bao giờ".
Viện Kiểm sát yêu cầu bị cáo Chung đối chất với lời khai của bị cáo Tứ. Bị cáo Chung cho rằng bị cáo Tứ “bịa đặt” và cho rằng không chỉ đạo cụ thể yêu cầu bị cáo Tứ hay Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố làm việc với Nhật Cường Software (đơn vị thành viên của Công ty Nhật Cường). Bị cáo Chung còn đề nghị chỉ rõ là đã gặp bị cáo Tứ ở đâu, vào thời gian nào thì bị cáo Chung sẽ giải trình cụ thể.
Sau cuộc gặp với Công ty Nhật Cường, bị cáo Tứ ký văn bản gửi UBND thành phố, mở đầu bằng câu “Thực hiện chỉ đạo của Chủ tịch UBND thành phố, Sở Kế hoạch và Đầu tư đã làm việc với Nhật Cường Software và đề nghị chấp thuận Công ty Nhật Cường thực hiện thí điểm số hóa hồ sơ đăng ký doanh nghiệp “… Hội đồng xét xử đã trích dẫn nội dung trên và hỏi “bị cáo Chung nói sao về việc này?”.
Bị cáo Chung phản ứng gay gắt và cho rằng nếu nói là “thực hiện ý kiến Chủ tịch” thì phải dẫn chiếu nêu rõ trong bối cảnh ngày, giờ, tháng, năm nào, nội dung ra sao, diễn ra tại đâu. “Tôi chỉ đạo nhưng tôi không nói riêng với ông Tứ” - bị cáo Chung nói.
Về phần mình, bị cáo Tứ chỉ xin bảo lưu tất cả những lời khai của bị cáo tại phiên tòa. Bị cáo Tứ mong được khôi phục lại đoạn ghi âm cuộc nói chuyện với bị cáo Chung vào thời điểm đó để chứng minh độ xác thực của lời khai của mình.
Liên quan đến mối quan hệ với Bùi Quang Huy, Bị cáo Chung nhắc lại lời khai trước đó rằng đó chỉ là quan hệ xã hội, chưa bao giờ đến nhà, ăn cơm hay đi ăn bên ngoài với Bùi Quang Huy. Song bị cáo Chung thừa nhận việc có nhờ Huy đi thăm, chúc Tết một số người quen và gửi cho họ chai rượu. Tuy nhiên, đó là dịp Tết năm 2019, chứ không phải là Tết các năm trước đó.
Bị cáo Chung cũng thừa nhận lại việc có sử dụng địa chỉ email "chunghinhsu" do vợ bị cáo mở tài khoản này, song bản thân ít dùng. "Tôi không bao giờ chỉ đạo điều hành qua email đó", bị cáo Chung khẳng định.
Liên quan đến hợp đồng khống do Công ty Nhật Cường ký với Công ty Minh Hoa do bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa (vợ bị cáo Chung) làm giám đốc, bị cáo Chung khẳng định vợ mình sau này mới biết Bùi Quang Huy dùng tài liệu này làm hồ sơ đấu thầu.