Bị cáo Nguyễn Đức Chung (cựu Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội) bị Tòa tuyên phạt 3 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, tổng hợp với bản án 5 năm tù trước đó về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước”, hình phạt chung áp dụng đối với bị cáo Chung là 8 năm tù. Mới đây, ngày 13/12/2021, bị cáo Nguyễn Đức Chung còn bị tuyên phạt 8 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, nhưng do bị cáo Chung đang kháng cáo nên Hội đồng xét xử chưa tổng hợp hình phạt.
Hội đồng xét xử nhận định, mặc dù gói thầu số hóa năm 2016 do Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội làm chủ đầu tư và người có thẩm quyền đối với gói thầu là Giám đốc Sở, nhưng bị cáo Nguyễn Đức Chung (với vai trò là Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội) đã chỉ đạo đình chỉ, dừng thực hiện gói thầu số hóa năm 2016 trái quy định của pháp luật. Sau khi dừng thầu, bị cáo Chung đã yêu cầu Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội lựa chọn công nghệ số hóa cơ sở dữ liệu doanh nghiệp đảm bảo tích hợp với hệ thống dùng chung của thành phố trong khi thành phố chưa hình thành cơ sở hệ thống dữ liệu dùng chung và cho Công ty Nhật Cường thí điểm số hóa để Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh hợp thức hóa hồ sơ năng lực để dự thầu và trúng thầu.
Hành vi này của bị cáo Nguyễn Đức Chung bị Tòa xác định là đã vi phạm Điều 89, khoản 2 - Luật Đấu thầu về các hành vi bị cấm trong đấu thầu: “Lợi dụng chức vụ quyền hạn để can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu".
Hội đồng xét xử kết luận, hành vi của bị cáo Nguyễn Đức Chung là nguy hiểm cho xã hội, vi phạm luật hình sự, xâm phạm hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước, ảnh hưởng xấu đến việc lựa chọn nhà thầu khách quan, công bằng, minh bạch, gây bức xúc trong xã hội. Do đó, bị cáo Nguyễn Đức Chung đã phạm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo quy định tại Điều 281, khoản 1 - Bộ luật hình sự năm 1999.
Đối với nhóm các bị cáo phạm tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, Hội đồng xét xử cho rằng, đây là vụ án có tính chất đồng phạm, các bị cáo đều là người trực tiếp thực hiện hành vi phạm tội. Trong vụ án này, bị can Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường) là người giữ vai trò cao nhất, lên kế hoạch, tác động đến Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội - người giữ vị trí cao nhất trong bộ máy hành chính của thành phố Hà Nội để đình chi, dùng thực hiện gói thầu, can thiệp không đúng pháp luật vào việc mở thầu ngày 16/5/2016 của gói thầu số hóa năm 2016. Sau đó, chỉ đạo các bị cáo khác thuộc Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh tác động để người có thẩm quyền trong cơ quan Nhà nước và các doanh nghiệp khác gian lận thầu, thông thầu, chuyển nhượng thầu trái pháp luật nhằm hưởng lợi bất chính.
Các bị cáo Nguyễn Văn Tứ, Phạm Thị Kim Tuyến, Phạm Thị Thu Hường, Nguyễn Tiến Học là những người giữ chức vụ trong Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội, trực tiếp chịu trách nhiệm về việc tổ chức, triển khai, thực hiện gói thầu số hóa năm 2016, 2017 nhưng đã không thực hiện đúng quy định của pháp luật trong đấu thầu, dừng thầu trái quy định của pháp luật, cho Công ty Nhật Cường Software vào làm thử, đưa thêm các tiêu chí kỹ thuật tạo lợi thế cho liên danh trên trúng thầu, được hưởng lợi trái pháp luật từ việc đó.
Trong nhóm các bị cáo này, bị cáo Tứ là Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư chịu trách nhiệm chỉ đạo chung, bị cáo Học là Phó Giám đốc phụ trách công tác đấu thầu. Tuy nhiên hai bị cáo này là những người chỉ đạo chung, có thời gian tham gia ngắn, chỉ liên quan đến sai phạm trong thời gian thực hiện gói thầu năm 2016 với thiệt hại được xác định là hơn 18 tỷ đồng.
Bị cáo Tuyến (Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Tổ trưởng Tổ chuyên gia đấu thầu) và bị cáo Hường (Chánh văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư, Tổ phó Tổ chuyên gia đấu thầu) là những người chịu trách nhiệm xuyên suốt trong toàn bộ quá trình đấu thầu đối với cả hai gói thầu 2016 và 2017. Các bị cáo đã tham mưu, soạn thảo văn bản đề xuất dừng thầu trái pháp luật, trực tiếp trao đổi với Lê Duy Tuấn bổ sung các yêu cầu kỹ thuật vào hồ sơ mời thầu tạo lợi thế cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh, tách yêu cầu về thực hiện hợp đồng tương tự tại mục chứng minh năng lực, kinh nghiệm trong hồ sơ mời thầu ra thành hai loại hợp đồng khác không đúng quy định, hoàn thiện và trình duyệt, phát hành hồ sơ mời thầu, tham gia chấm thầu, đàm phán hợp đồng, đề xuất trao thầu cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh, đề xuất thanh toán cho nhà thầu. Hậu quả vụ án mà hai bị cáo Tuyến, Hường gây ra lớn hơn các bị cáo Tứ, Học.
Mặt khác, quá trình điều tra và tại phiên tòa, gia đình bị cáo Tứ đã nộp 1,8 tỷ đồng, gia đình bị cáo Học đã nộp 100 triệu đồng để khắc phục hậu quả vụ án, nên có thể giảm nhẹ cho các bị cáo một phần trách nhiệm hình sự. Do vậy, mức hình phạt đối với hai bị cáo Tuyến, Hường cần cao hơn hai bị cáo Tứ, Học.
Về trách nhiệm dân sự, Tòa tuyên buộc Công ty Đông Kinh phải hoàn trả số tiền hơn 6,6 tỷ đồng cho Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội.
Trừ bị cáo Chung, các bị cáo còn lại phải liên đới bồi thường số tiền còn lại. Trong đó, bị cáo Tứ phải bồi thường 2,3 tỷ đồng, đã nộp 1,8 tỷ đồng; bị cáo Học bồi thường 2,3 tỷ đồng, đã nộp 100 triệu đồng; bị cáo Tuyến phải bồi thường 3,5 tỷ đồng, đã nộp 30 triệu đồng; bị cáo Hường phải bồi thường 3 tỷ đồng, đã nộp 25 triệu đồng; bị cáo Hùng phải bồi thường số tiền 4,6 tỷ đồng, đã nộp 2,5 tỷ đồng; bị cáo Tuấn phải bồi thường số tiền hơn 4 tỷ đồng, đã nộp 300 triệu đồng.
Các bị cáo có quyền yêu cầu Bùi Quang Huy và Công ty Nhật Cường bồi hoàn theo quy định của pháp luật sau khi các bị cáo đã thực hiện trách nhiệm bồi thường cho Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội. Trường hợp có tranh chấp, các bên có quyền khởi kiện bằng một vụ án dân sự khác khi có yêu cầu.