Theo cáo trạng, đầu tháng 4/2019, tại phòng ăn của Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, Nguyễn Văn Sơn (lúc đó là Trung tướng, Tư lệnh Cảnh sát biển) trao đổi với Hoàng Văn Đồng (Trung tướng, Chính ủy); Doãn Bảo Quyết (Thiếu tướng, Phó Chính ủy); Phạm Kim Hậu (Thiếu tướng, Phó Tư lệnh, Tham mưu trưởng); Bùi Trung Dũng (Thiếu tướng, Phó Tư lệnh) về việc chỉ đạo Nguyễn Văn Hưng (Đại tá, Cục trưởng Kỹ thuật) rút 50 tỷ đồng từ nguồn kinh phí cho quản lý hành chính năm 2019 phân bổ cho Cục Kỹ thuật để chi cho các thủ trưởng Bộ Tư Lệnh. Khi đó, tất cả đồng ý và không có ý kiến gì khác.
Chấp hành chỉ đạo, Nguyễn Văn Hưng trao đổi và yêu cầu 6 trưởng phòng nghiệp vụ thuộc Cục Kỹ thuật, khi thực hiện chi tiêu nguồn ngân sách quản lý hành chính phải rút lại tổng số tiền 50 tỷ đồng để Hưng chuyển lại cho Thủ trưởng Bộ Tư lệnh sử dụng vào việc chung. Sau khi nhận được 50 tỷ đồng, Nguyễn Văn Sơn đã chia cho mình và Hoàng Văn Đồng, Phạm Kim Hậu, Doãn Bảo Quyết và Bùi Trung Dũng mỗi người 10 tỷ đồng.
Trả lời Hội đồng xét xử, bị cáo Nguyễn Văn Sơn (cựu Trung tướng, cựu Tư lệnh Cảnh sát biển) trình bày, bị cáo thấy các thủ trưởng của Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển đi công tác rất nhiều và đối ngoại nhiều, trong khi quỹ vốn của đơn vị không có, làm kinh tế doanh nghiệp cũng không có. Do vậy, đầu tháng 4/2019, trong bữa cơm tại phòng ăn của Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, bị cáo có nêu vấn đề tìm nguồn vốn cho các thủ trưởng của Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển hoạt động.
Nguyễn Văn Sơn thừa nhận mình là người đặt vấn đề rút tiền từ nguồn ngân sách Nhà nước cấp cho Cục Kỹ thuật. Sau đó, các thủ trưởng của Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển thống nhất việc để lại một khoản tiền để hoạt động.
Cũng theo lời khai của Nguyễn Văn Sơn, khi đó, bị cáo đã gọi Nguyễn Văn Hưng (Đại tá, Cục trưởng Cục Kỹ thuật) đến phòng làm việc và trao đổi tình hình, đồng thời yêu cầu Nguyễn Văn Hưng giúp cho Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển. “Sau khi nghe bị cáo nói, Nguyễn Văn Hưng đã suy nghĩ và trả lời rằng, cái này khó nhưng sẽ làm được”, bị cáo Sơn khai.
Trên bục khai báo, bị cáo Hoàng Văn Đồng (cựu Trung tướng, cựu Chính ủy Cảnh sát biển) khai, trong bữa cơm trưa, khi nghe Nguyễn Văn Sơn nhắc đến chuyện rút tiền ngân sách Nhà nước, không ai nói gì. “Sau này, tất cả đều nhận thức được, đây là việc nghiêm trọng và ân hận vô cùng. Lúc cầm tiền, bị cáo và các bị cáo khác cũng thấy áy náy, nhưng lại không thể đấu tranh nổi với chính mình để phải đứng trước tòa như ngày hôm nay”, bị cáo Hoàng Văn Đồng nói.
Bị cáo Phạm Kim Hậu (cựu Thiếu tướng, cựu Phó Tư lệnh, cựu Tham mưu trưởng Cảnh sát biển) trình bày, sau khi được Nguyễn Văn Sơn trao đổi về việc rút 50 tỷ đồng từ ngân sách Nhà nước tại bữa cơm trưa ở Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, bị cáo im lặng đồng ý. Đến cuối năm 2019 và đầu năm 2020, mỗi bị cáo là lãnh đạo Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển được nhận 10 tỷ đồng. Bị cáo Hậu cho rằng, đó là tiền để sử dụng cá nhân chứ không phải chi cho đơn vị. Đó là sai lầm lớn nhất của bị cáo.
Đến tháng 6/2020, Phạm Kim Hậu làm đơn gửi cơ quan chức năng kèm hai file ghi âm phản ánh tiêu cực, tham nhũng của mình và một số người là thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển. Do vậy, Đoàn kiểm tra của Bộ Quốc phòng, Ủy ban kiểm tra Trung ương vào cuộc, xác minh các sai phạm.
Trước tòa, bị cáo Doãn Bảo Quyết (cựu Thiếu tướng, cựu Phó Chính ủy Cảnh sát biển) thừa nhận, sau bữa trưa ở Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, khi nghe Nguyễn Văn Sơn nói về chuyện rút tiền ngân sách Nhà nước, Quyết không có ý kiến gì và cũng được nhận tiền như các bị cáo khác.
Bị cáo Bùi Trung Dũng (cựu Thiếu tướng, cựu Phó Tư lệnh Cảnh sát biển) đồng ý với lời khai của các bị cáo khác. Bị cáo Dũng cho rằng, mục đích rút 50 tỷ đồng từ ngân sách Nhà nước để tạo điều kiện cho các thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển có tiền đi công tác. “Việc tiêu số tiền này công tư lẫn lộn, bị cáo chưa kịp sử dụng tiền vào việc gì, vẫn để nguyên ở vali mang về nhà và sau đó đã mang nộp lại”, bị cáo Dũng khai.
Trước bục khai báo, bị cáo Nguyễn Văn Hưng (cựu Đại tá, cựu Cục trưởng Cục Kỹ thuật) và bị cáo Bùi Văn Hòe (cựu Thượng tá, cựu Phó trưởng Phòng Tài chính, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển) đều thừa nhận hành vi phạm tội như các bị cáo trên đã xác nhận.
Theo lời khai của bị cáo Hưng, việc rút tiền ngân sách Nhà nước không phải một mình bị cáo rút tiền được mà phải là cả hệ thống nên lúc đầu bị cáo đã từ chối. Nhưng đến khi bị cáo Sơn nói rằng, việc này đã được các thủ trưởng đơn vị thông qua, bị cáo phải chấp hành và nhận lệnh về nội dung này, sau đó giao cho các trưởng phòng của Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển thực hiện.
Bị cáo Hưng khai thêm: “Ban đầu, các trưởng phòng có người nói không thực hiện được. Khi bị cáo nói rằng, đây là thực hiện nhiệm vụ của Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, các trưởng phòng phải đồng thuận dù vẫn còn băn khoăn...”.
Theo cáo trạng, Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương đánh giá, đây là vụ án tham ô tài sản có tính chất đặc biệt nghiêm trọng. Các bị cáo đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn để cùng tham ô số tiền 50 tỷ đồng từ nguồn ngân sách Nhà nước chi cho quốc phòng. Nguyên nhân trực tiếp dẫn đến hành vi phạm tội là do các bị cáo chấp hành kỷ luật, pháp luật không nghiêm, lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao trong quá trình phân bổ, sử dụng nguồn ngân sách phân cấp cho đơn vị để chiếm đoạt tiền nhằm vụ lợi cá nhân. Ngoài ra, công tác kiểm tra, giám sát của các cơ quan chức năng còn nhiều thiếu sót, là điều kiện làm phát sinh tội phạm và vi phạm kỷ luật.