Trong vụ án này, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao ra cáo trạng truy tố 21 bị can và phân công Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội thực hành quyền công tố, kiểm sát xét xử sơ thẩm vụ án theo quy định của Bộ luật Tố tụng Hình sự năm 2015. Ba kiểm sát viên tham gia giữ quyền công tố tại phiên tòa gồm: ông Nguyễn Mạnh Thường, ông Nguyễn Minh Đồng và ông Nguyễn Thanh Lâm. Trong đó, ông Nguyễn Mạnh Thường (Phó Vụ trưởng Vụ 5, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao) và ông Nguyễn Minh Đồng là hai kiểm sát viên cao cấp được Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao biệt phái về Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội để phối hợp thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử tại phiên tòa.
Ngoài ra, Tòa án và Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội còn bố trí thêm: 6 thẩm phán dự khuyết, 2 hội thẩm nhân dân dự khuyết và 1 kiểm sát viên dự khuyết tại phiên tòa.
Để chuẩn bị cho công tác xét xử tại phiên tòa, Hội đồng xét xử đã triệu tập 37 người và tổ chức có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan, trong đó có các công ty: Xây dựng 79, Xây dựng Bắc Nam 79, I.V.C, Hưng Minh Phát, Nhất Gia Phúc, Du lịch Đà Nẵng, Xuất nhập khẩu Đà Nẵng… Đại diện Ủy ban nhân dân thành phố Đà Nẵng cũng đến tham dự phiên tòa với tư cách là nguyên đơn dân sự.
Ngoài ra, Hội đồng xét xử cũng đã triệu tập 5 điều tra viên; giám định viên của các cơ quan: Bộ Tài chính, Bộ Xây dựng, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Hội đồng định giá Trung ương đến phiên tòa.
21 bị cáo trong vụ án này gồm: Trần Văn Minh (sinh năm 1955, nguyên Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng, giai đoạn từ năm 2006-2011); Văn Hữu Chiến (sinh năm 1954, nguyên Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng, giai đoạn từ năm 2011-2014); Phan Văn Anh Vũ (sinh năm 1975, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty cổ phần Xây dựng 79, Công ty cổ phần Bắc Nam 79, Công ty trách nhiệm hữu hạn I.V.C, Công ty cổ phần đầu tư Nhất Gia Phúc); Nguyễn Ngọc Tuấn (sinh năm 1958, nguyên Phó Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng); Phan Xuân Ít (sinh năm 1954, nguyên Phó Chánh Văn phòng UBND thành phố Đà Nẵng); Nguyễn Điểu (sinh năm 1958, nguyên Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố Đà Nẵng); Trần Văn Toán (sinh năm 1957, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố Đà Nẵng); Lê Cảnh Dương (sinh năm 1975, nguyên Giám đốc Ban Xúc tiến và Hỗ trợ đầu tư thành phố Đà Nẵng); Nguyễn Thanh Sang (sinh năm 1957, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài chính thành phố Đà Nẵng); Nguyễn Thị Thu Hà (sinh năm 1957, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài chính thành phố Đà Nẵng); Nguyễn Văn Cán (sinh năm 1954, nguyên Chánh Văn phòng UBND thành phố Đà Nẵng); Đào Tấn Bằng (sinh năm 1975, nguyên Phó Chánh Văn phòng UBND thành phố Đà Nẵng); Nguyễn Viết Vĩnh (sinh năm 1978, nguyên chuyên viên, nguyên Trưởng phòng Quản lý đô thị thuộc Văn phòng UBND thành phố Đà Nẵng, nguyên Giám đốc Cảng vụ đường thủy nội địa, Sở Giao thông Vận tải thành phố Đà Nẵng); Nguyễn Đình Thống (sinh năm 1954, nguyên Giám đốc Công ty Quản lý và khai thác đất Đà Nẵng); Nguyễn Công Lang (sinh năm 1954, nguyên Giám đốc Công ty Quản lý nhà Đà Nẵng); Trần Phi (sinh năm 1955, nguyên Tổng Giám đốc Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Đà Nẵng); Phan Ngọc Thạch (sinh năm 1961, nguyên Giám đốc Công ty cổ phần du lịch Đà Nẵng); Huỳnh Tấn Lộc (sinh năm 1952, nguyên Giám đốc Công ty cổ phần công nghệ phẩm Đà Nẵng); Lê Anh Tuấn (sinh năm 1959, Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Giám đốc Công ty cổ phần Cung ứng tàu biển Đà Nẵng); Nguyễn Quang Thành (sinh năm 1980, nguyên Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Minh Hưng Phát); Phan Minh Cương (sinh năm 1971, nguyên Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn I.V.C, Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Xây dựng 79).
Trong đó 7 bị cáo: Nguyễn Thanh Sang, Nguyễn Thị Thu Hà, Nguyễn Công Lang, Huỳnh Tấn Lộc, Phan Ngọc Thạch, Trần Phi và Lê Anh Tuấn bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" theo quy định tại Điều 219, khoản 3 – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Bảy bị cáo: Nguyễn Điểu, Trần Văn Toán, Lê Cảnh Dương, Nguyễn Văn Cán, Đào Tấn Bằng, Nguyễn Viết Vĩnh và Nguyễn Đình Thống bị truy tố về tội "Vi phạm các quy định đề quản lý đất đai" theo quy định tại Điều 229, khoản 3 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Bảy bị cáo còn lại gồm: Trần Văn Minh, Văn Hữu Chiến, Phan Văn Anh Vũ, Nguyễn Ngọc Tuấn, Phan Xuân Ít, Nguyễn Quang Thành và Phan Minh Cương bị truy tố về cả 2 tội danh nói trên.
Trong số 21 bị cáo, có 3 bị cáo bị tạm giam, 18 bị cáo bị áp dụng biện pháp ngăn chặn cấm đi khỏi nơi cư trú.
Có tổng số 26 luật sư tham gia bào chữa cho các bị cáo, trong đó bị cáo Trần Văn Minh và Văn Hữu Chiến đều có 2 luật sư bào chữa, Phan Văn Anh Vũ có 1 luật sư bào chữa… Hai bị cáo: Huỳnh Tấn Lộc và Phan Ngọc Thạch không mời luật sư bào chữa nhưng do hai bị cáo bị Viện Kiểm sát truy tố ở khung hình phạt lên đến 20 năm tù, theo quy định bắt buộc phải có người bào chữa nên Hội đồng xét xử đã chỉ định luật sư bào chữa cho 2 bị cáo này. Trong số 21 bị cáo, duy nhất bị cáo Nguyễn Viết Vĩnh không có luật sư bào chữa.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, vụ án "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí" và "Vi phạm các quy định về quản lý đất đai" xảy ra tại thành phố Đà Nẵng là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, được dư luận xã hội quan tâm. Các bị cáo trong vụ án là người giữ vị trí lãnh đạo chủ chốt của UBND thành phố Đà Nẵng thực hiện chức năng quản lý Nhà nước và bộ máy hành chính của thành phố Đà Nẵng, lãnh đạo và tổ chức thực hiện các biện pháp phát triển kinh tế - xã hội trên địa bàn thành phố Đà Nẵng.
Vì những động cơ khác nhau, Trần Văn Minh và các đồng phạm đã vi phạm pháp luật nghiêm trọng, cố ý làm trái các quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, các quy định về quản lý đất đai trong thời gian dài từ năm 2006 đến năm 2014 giúp cho Phan Văn Anh Vũ thu lợi bất chính đặc biệt lớn thông qua việc nhận nhiều đất dự án, mua nhà thuộc sở hữu Nhà nước, tạo dư luận bức xúc, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng cho ngân sách Nhà nước.
Từ hành vi trái pháp luật nêu trên, Trần Văn Minh và đồng phạm đã tạo điều kiện cho Phan Văn Anh Vũ trực tiếp được nhận chuyển giao tài sản, quyền quản lý, khai thác đối với 15/22 nhà đất công sản và 6/7 Dự án đất trên cơ sở tạo cơ hội cho Phan Văn Anh Vũ có quyền quyết định việc chuyển nhượng, khai thác, sử dụng… nhằm trục lợi.
Hậu quả, số tiền Nhà nước bị thiệt hại tại 22 nhà đất công sản là trên 2.400 tỷ đồng; tại 7 dự án là trên 19.600 tỷ đồng. Tổng số tiền nhà nước bị thiệt hại là hơn 22.000 tỷ đồng, riêng Dự án 29 ha Khu đô thị Quốc tế Đa Phước số tiền Nhà nước đã thiệt hại là trên 11.200 tỷ đồng.
Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao cũng xác định, ngoài 4 bất động sản trị giá trên 874 tỷ đồng đã được Tòa án tuyên thu hồi tài sản cho Nhà nước (Bản án hình sự phúc thẩm số 346/2019/HSPT ngày 13/6/2019 của TAND cấp cao tại Hà Nội) thì toàn bộ 42 tài sản là bất động sản liên quan đến hành vi phạm tội hoặc sở hữu của Phan Văn Anh Vũ cũng được kê biên trong vụ án này và 2 dự án gồm: 29 ha và Dự án Phú Gia Compound đã bị chuyển dịch trái pháp luật với tổng giá trị trên 15.700 tỷ đồng cần phải thu hồi để bảo vệ tài sản Nhà nước.