Hội đồng cấp phúc thẩm xem xét kháng cáo của 7 bị cáo, trong đó có 4 cựu sỹ quan Học viện Quân y gồm: Hồ Anh Sơn (cựu Thượng tá, Phó Giám đốc, Viện nghiên cứu Y - Dược học Quân sự), Nguyễn Văn Hiệu (cựu Đại tá, Trưởng Phòng Trang bị - Vật tư), Ngô Anh Tuấn (cựu Thiếu tá, Trưởng Phòng Tài chính), Lê Trường Minh (cựu Thiếu tá, Trưởng Ban Hóa dược, Phòng Trang bị - Vật tư). Hai bị cáo thuộc Công ty Cổ phần công nghệ Việt Á (Công ty Việt Á) là Phan Quốc Việt, Tổng Giám đốc Công ty và Vũ Đình Hiệp, Phó Tổng Giám đốc Công ty. Bị cáo còn lại là Trịnh Thanh Hùng, cựu Phó Vụ trưởng Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành Kinh tế - Kỹ thuật (Bộ Khoa học và Công nghệ).
Trước đó, Tòa án sơ thẩm tuyên án Phan Quốc Việt 15 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" và 10 năm tù cho tội "Vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng", tổng hợp hình phạt là 25 năm tù. Hai bị cáo bị tuyên phạm tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" với mức án cụ thể là Trịnh Thanh Hùng 15 năm tù; Hồ Anh Sơn 12 năm tù. Bốn người khác bị tòa xác định phạm tội "Vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng", gồm Nguyễn Văn Hiệu 7 năm tù; Ngô Anh Tuấn 4 năm tù; Lê Trường Minh 6 năm tù; Vũ Đình Hiệp 6 năm tù.
Sau đó, các bị cáo trong vụ kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt; bị đơn dân sự là Công ty Việt Á kháng cáo xin xem xét lại phần trách nhiệm dân sự. Tòa án cũng triệu tập bà Hồ Thị Thanh Thủy - vợ bị cáo Phan Quốc Việt, đến tham dự với vai trò người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Theo bản án sơ thẩm thể hiện, khi COVID-19 xuất hiện ở nước ngoài và có nguy cơ cao lây lan vào Việt Nam, Ban Giám đốc Học viện Quân y có văn bản gửi Bộ Khoa học và Công nghệ về việc đề xuất nhiệm vụ phát triển kit chẩn đoán viêm phổi do virus corona.
Do vụ lợi cá nhân nên từ tháng 1/2020, Trịnh Thanh Hùng đã thông đồng với Phan Quốc Việt và Hồ Anh Sơn để đưa Công ty Việt Á vào tham gia đề tài với vai trò là cơ quan phối hợp, sản xuất 20.000 kit test (kit xét nghiệm) thử nghiệm, sau đó, để Việt Á được cấp phép, sản xuất thương mại trái pháp luật bộ kit.
Ngày 6/2/2020, Học viện Quân y ký hợp đồng thực hiện Đề tài khoa học và công nghệ với Văn phòng các chương trình trọng điểm cấp Nhà nước, Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành Kinh tế - Kỹ thuật. Tổng kinh phí đề tài là gần 19 tỷ đồng. Quá trình nghiên cứu đề tài, Trịnh Thanh Hùng, Hồ Anh Sơn, Phan Quốc Việt xác định kit Công ty Việt Á cung cấp tốt hơn nên Hùng, Sơn, Việt thống nhất không đặt vấn đề Học viện Quân y chuyển giao quy trình nghiên cứu của mình để Công ty Việt Á sản xuất 20.000 kit test thử nghiệm. Việt không yêu cầu Học viện Quân y chuyển giao quy trình nghiên cứu để Công ty Việt Á sản xuất 20.000 kit test thử nghiệm theo nhiệm vụ của Đề tài. Trịnh Thanh Hùng đã thông đồng với Phan Quốc Việt, Hồ Anh Sơn đưa bộ kit do Công ty Việt Á cung cấp (không được sản xuất theo quy trình nghiên cứu của Học viện Quân y) đi thử nghiệm tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương và sử dụng sản phẩm này để nghiệm thu giai đoạn 1 của Đề tài, nghiệm thu Đề tài.
Hội đồng nghiệm thu giai đoạn 1 của Đề tài và nghiệm thu Đề tài không biết Hùng, Việt, Sơn gian dối trong việc sử dụng bộ kit Công ty Việt Á cung cấp (không được sản xuất theo quy trình nghiên cứu của Học viện Quân y) và quy trình nghiên cứu của Học viện Quân y không liên quan đến bộ kit Công ty Việt Á để nghiệm thu thông qua Đề tài, dẫn đến quy trình nghiên cứu của Học viện Quân y không có sản phẩm được thử nghiệm, đánh giá. Hậu quả là Đề tài của Học viện Quân y không hoàn thành.
Trong vụ án này, Việt đã gian dối trong làm thủ tục cấp phép bộ sản phẩm kit tại Bộ Y tế để được Bộ Y tế ra Quyết định cấp phép tạm thời và Quyết định cấp phép lưu hành bộ kít cho Công ty Việt Á trái pháp luật. Hành vi gian dối này của các bị cáo trong việc tiếp nhận, nghiên cứu, nghiệm thu, quyết toán số tiền Bộ Khoa học và Công nghệ giao Học viện Quân y nghiên cứu Đề tài, đã gây thiệt hại gần 18,5 tỷ đồng. Sau khi được Bộ Y tế cấp phép, Phan Quốc Việt cảm ơn Trịnh Thanh Hùng bằng 350 nghìn USD (khoảng 8 tỷ đồng) và cho Hồ Anh Sơn 2,5 tỷ đồng tiền "hoa hồng".
Cũng trong năm 2020, khi Phan Quốc Việt đề nghị Hồ Anh Sơn đi mua tăm bông và các ống môi trường về bán cho Công ty Việt Á để doanh nghiệp này bán lại. Sơn sẽ được hưởng "toàn bộ lợi nhuận" từ việc này. Sơn đồng ý và chỉ đạo cấp dưới đi tìm mua các ống falcon, tăm bông trên địa bàn Hà Nội rồi đóng gói, chuyển cho Công ty Việt Á. Trên nhiều sản phẩm, Hồ Anh Sơn còn cho đóng logo của Viện nghiên cứu y dược học quân sự, Học viện Quân y. Khi nhận hàng từ Sơn, Công ty Việt Á bán lại cho một số cơ sở y tế nhà nước hoặc bệnh viện tư nhân, thu tổng số tiền hơn 3,6 tỷ đồng. Trừ các khoản thuế, số tiền còn lại là hơn 3,1 tỷ đồng được Việt Á chuyển lại cho bị cáo Sơn. Cơ quan tố tụng xác định, trừ các chi phí hợp lý, bị cáo Sơn hưởng lợi hơn 2,1 tỷ đồng qua việc làm ăn với Việt Á.
Sai phạm tiếp theo được cơ quan tố tụng xác định là Học viện Quân y mua kit xét nghiệm của Công ty Việt Á với giá cao trong quá trình chống dịch tại Bắc Ninh, Bắc Giang và Thành phố Hồ Chí Minh.